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万見
- PDB-9glf: Anthraquinone Pigment Production Regulated by Cinnamic Acid -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9glf
タイトルAnthraquinone Pigment Production Regulated by Cinnamic Acid
要素AntI
キーワードLYASE / Pigment Biosynthesis / Type II Polyketide Synthase System / Competitive Inhibition / Regulation
機能・相同性Peptidase S9, prolyl oligopeptidase, catalytic domain / Prolyl oligopeptidase family / Alpha/Beta hydrolase fold / ACETATE ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / PHENYLETHYLENECARBOXYLIC ACID / Photorhabdus luminescens subsp. laumondii TTO1 complete genome segment 15/17
機能・相同性情報
生物種Photorhabdus luminescens (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Su, L. / Schmalhofer, M. / Grammbitter, G.L.C. / Paczia, N. / Glatter, T. / Groll, M. / Bode, H.B.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)SFB1309 ドイツ
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2025
タイトル: The Isopropylstilbene Precursor Cinnamic Acid Inhibits Anthraquinone Pigment Production by Targeting AntI.
著者: Su, L. / Schmalhofer, M. / Grammbitter, G.L.C. / Paczia, N. / Glatter, T. / Groll, M. / Bode, H.B.
履歴
登録2024年8月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年7月2日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AntI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,3978
ポリマ－45,7811
非ポリマー6167
水4,756264
1
A: AntI
ヘテロ分子

A: AntI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,79316
ポリマ－91,5622
非ポリマー1,23114
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_557x,-y,-z+21
Buried area5840 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area27880 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)54.380, 154.460, 91.060
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-650-

HOH

21A-760-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 AntI


分子量: 45781.145 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Photorhabdus luminescens (バクテリア)
遺伝子: plu4186 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7MZT8

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非ポリマー , 7種, 271分子

#2: 化合物 ChemComp-TCA / PHENYLETHYLENECARBOXYLIC ACID


分子量: 148.159 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H8O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 264 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.1 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.6 / 詳細: 0.1 M NaAc, 0.1M HEPES, 25% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→30 Å / Num. obs: 74543 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.03 / Net I/σ(I): 20.2
反射 シェル解像度: 1.4→1.5 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.662 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 13812 / % possible all: 98.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.4→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.979 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.973 / SU B: 1.998 / SU ML: 0.035 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.061 / ESU R Free: 0.057 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1809 3727 5 %RANDOM
Rwork0.1472 ---
obs0.1488 70809 98.42 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 76.67 Å2 / Biso mean: 25.737 Å2 / Biso min: 14.32 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.77 Å20 Å20 Å2
2---0.06 Å20 Å2
3---0.83 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.4→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3049 0 41 265 3355
Biso mean--40.77 37.66 -
残基数----377
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0133211
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0162984
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3651.6284339
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4031.5796882
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9035388
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.24422.965172
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.41815545
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.6151515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.2396
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.023639
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02783
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.39436185
LS精密化 シェル解像度: 1.4→1.436 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.46 274 -
Rwork0.469 5195 -
all-5469 -
obs--98.33 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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