PDB-9gle: Jumonji domain-containing protein 2A with crystallization epitope...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9gle

タイトル

Jumonji domain-containing protein 2A with crystallization epitope mutations A91T:T93S

要素

Lysine-specific demethylase 4A

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Crystal Epitopes / Jumonji domain / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC

機能・相同性

機能・相同性情報

[histone H3]-trimethyl-L-lysine36 demethylase / histone H3K36me2/H3K36me3 demethylase activity / apoptotic chromosome condensation / histone H3K36 demethylase activity / cardiac muscle hypertrophy in response to stress / histone H3K9me2/H3K9me3 demethylase activity / [histone H3]-trimethyl-L-lysine9 demethylase / histone H3K9 demethylase activity / negative regulation of astrocyte differentiation / histone demethylase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.88 Å

データ登録者

Fairhead, M. / Strain-Damerell, C. / Ye, M. / Mackinnon, S.R. / Pinkas, D. / MacLean, E.M. / Koekemoer, L. / Damerell, D. / Krojer, T. / Arrowsmith, C.H. ...

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: A fast, parallel method for efficiently exploring crystallization behaviour of large numbers of protein variants
著者: Fairhead, M. / Strain-Damerell, C. / Ye, M. / Mackinnon, S.R. / Pinkas, D. / MacLean, E.M. / Koekemoer, L. / Damerell, D. / Krojer, T. / Yue, W. / Burgess-Brown, N. / Marsden, B. / von Delft, F.

履歴

登録	2024年8月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年9月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9gle.cif.gz	286.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9gle.ent.gz	225.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9gle.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9gle_validation.pdf.gz	462.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9gle_full_validation.pdf.gz	468.7 KB	表示
XML形式データ	9gle_validation.xml.gz	36.6 KB	表示
CIF形式データ	9gle_validation.cif.gz	50 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gl/9gle ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gl/9gle	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8ru1C 8ru5C 9gdkC 9gh3C 9giiC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (3) #155 - 2012年11月ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #98 - 2008年2月低分子干渉RNA (Small Interfering RNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Lysine-specific demethylase 4A

B: Lysine-specific demethylase 4A

ヘテロ分子

84.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Lysine-specific demethylase 4A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
42.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Lysine-specific demethylase 4A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
42.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	117.7, 90.78, 90.67
Angle α, β, γ (deg.)	90, 107.19, 90
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LEU / Beg label comp-ID: LEU / End auth comp-ID: PHE / End label comp-ID: PHE / Auth seq-ID: 9 - 354 / Label seq-ID: 9 - 354

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Lysine-specific demethylase 4A / JmjC domain-containing histone demethylation protein 3A / Jumonji domain-containing protein 2A / ...JmjC domain-containing histone demethylation protein 3A / Jumonji domain-containing protein 2A / [histone H3]-trimethyl-L-lysine(36) demethylase 4A / [histone H3]-trimethyl-L-lysine(9) demethylase 4A 分子量: 41870.617 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KDM4A, JHDM3A, JMJD2, JMJD2A, KIAA0677 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: O75164, [histone H3]-trimethyl-L-lysine9 demethylase, [histone H3]-trimethyl-L-lysine36 demethylase

#1: タンパク質

Lysine-specific demethylase 4A / JmjC domain-containing histone demethylation protein 3A / Jumonji domain-containing protein 2A / ...

分子量: 41870.617 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KDM4A, JHDM3A, JMJD2, JMJD2A, KIAA0677 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O75164, [histone H3]-trimethyl-L-lysine9 demethylase, [histone H3]-trimethyl-L-lysine36 demethylase

-
非ポリマー , 5種, 461分子

#2: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION 分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 446 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.76 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.48 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2M lithium sulfate, 25% PEG3350, 0.1M bis-tris pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.976 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年8月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.88→40.449 Å / Num. obs: 73694 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.4 % / CC_1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 12.5
反射シェル	解像度: 1.88→1.93 Å / Num. unique obs: 5432 / CC_1/2: 0.783

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0430 (refmacat 0.4.77)	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.88→40.449 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.946 / SU B: 3.638 / SU ML: 0.104 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.13 / ESU R Free: 0.126 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2223	3667	4.976 %
R_work	0.1854	70026	-
all	0.187	-	-
obs	-	73693	99.447 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.163 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.908 Å²	0 Å²	0.588 Å²
2-	-	1.152 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.873 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.88→40.449 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5498	0	53	446	5997

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.012	5805
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.016	5167
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.053	1.824	7895
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.863	1.744	11935
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.08	5	702
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	8.906	5	32
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.594	10	901
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.517	10	273
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.114	0.2	819
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	6889
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	1427
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.208	0.2	1102
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.167	0.2	4738
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.183	0.2	2868
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	2842
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.163	0.2	395
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.03	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.269	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.584	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.183	0.2	66
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.685	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.23	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.843	3.75	2790
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.844	3.75	2790
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.1	6.717	3498
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	6.1	6.718	3499
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.403	4.032	3015
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.402	4.032	3016
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.379	7.235	4397
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.378	7.235	4398
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.858	38.361	6685
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.859	38.331	6574
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.101	0.05	11112

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10105	0.05008
1	2	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10105	0.05008

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.88-1.929	0.319	259	0.289	5156	0.29	5465	0.928	0.936	99.0851	0.268
1.929-1.981	0.315	262	0.256	5039	0.258	5320	0.932	0.952	99.6429	0.231
1.981-2.039	0.274	239	0.24	4858	0.242	5133	0.95	0.958	99.2987	0.216
2.039-2.101	0.252	243	0.222	4797	0.223	5061	0.954	0.965	99.5851	0.198
2.101-2.17	0.261	219	0.205	4583	0.208	4826	0.956	0.971	99.5027	0.183
2.17-2.246	0.266	225	0.2	4476	0.203	4730	0.95	0.973	99.3869	0.18
2.246-2.33	0.237	219	0.187	4310	0.189	4541	0.965	0.976	99.7357	0.169
2.33-2.425	0.255	231	0.197	4111	0.2	4358	0.959	0.974	99.6329	0.182
2.425-2.533	0.239	216	0.19	3966	0.192	4197	0.957	0.977	99.6426	0.177
2.533-2.656	0.253	220	0.185	3824	0.189	4053	0.959	0.978	99.7779	0.177
2.656-2.799	0.228	205	0.179	3572	0.181	3796	0.965	0.981	99.4995	0.173
2.799-2.968	0.206	193	0.178	3421	0.179	3624	0.972	0.98	99.7241	0.176
2.968-3.171	0.213	182	0.189	3181	0.19	3384	0.971	0.979	99.3794	0.192
3.171-3.424	0.241	190	0.205	2984	0.207	3190	0.966	0.976	99.4984	0.215
3.424-3.748	0.246	123	0.19	2791	0.192	2933	0.961	0.979	99.3522	0.202
3.748-4.186	0.196	115	0.16	2493	0.162	2642	0.979	0.984	98.7131	0.182
4.186-4.825	0.163	122	0.133	2217	0.134	2355	0.982	0.99	99.3206	0.158
4.825-5.888	0.145	88	0.158	1899	0.157	1999	0.988	0.988	99.3997	0.188
5.888-8.24	0.185	71	0.176	1491	0.176	1575	0.978	0.983	99.1746	0.202
8.24-40.449	0.225	45	0.195	857	0.196	911	0.967	0.974	99.0121	0.227

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