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万見
- PDB-9gks: Crystal structure of artificial enzyme LmrR_pAF variant RMH in cr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9gks
タイトルCrystal structure of artificial enzyme LmrR_pAF variant RMH in crystal form 2
要素Transcriptional regulator, PadR-like family
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Artificial enzyme / unnatural amino acid / 4-aminophenylalanine / directed evolution
機能・相同性: / Transcription regulator PadR, N-terminal / Transcriptional regulator PadR-like family / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Transcriptional regulator, PadR-like family
機能・相同性情報
生物種Lactococcus cremoris subsp. cremoris MG1363 (乳酸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.24 Å
データ登録者Thunnissen, A.M.W.H. / Leveson-Gower, R.B. / Rozeboom, H.J. / Roelfes, G.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)885396European Union
引用ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2025
タイトル: Evolutionary Specialization of a Promiscuous Designer Enzyme.
著者: Leveson-Gower, R.B. / Tiessler-Sala, L. / Rozeboom, H.J. / Thunnissen, A.W.H. / Marechal, J.D. / Roelfes, G.
履歴
登録2024年8月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年2月26日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional regulator, PadR-like family
B: Transcriptional regulator, PadR-like family


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,3262
ポリマ－30,3262
非ポリマー00
水39622
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3150 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area12810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.927, 35.303, 68.180
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.27, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Transcriptional regulator, PadR-like family


分子量: 15163.173 Da / 分子数: 2 / 変異: V15pAF, N19M, A92R, F93H / 由来タイプ: 組換発現
詳細: LmrR carrying a C-terminal strep-tag, V15 replaced by para-aminophenylalanine (pAF) and with mutations A92R, N19M, F93H (RMH)
由来: (組換発現) Lactococcus cremoris subsp. cremoris MG1363 (乳酸菌)
遺伝子: llmg_0323 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A2RI36
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.44 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Protein solution: 7-8 mg/ml in 20 mM Tris-HCl, pH 8.0, 280 mM NaCl and 1 mM EDTA. Crystallization solution: 10-13% PEG 2000 MME in 0.1 M Bis-Tris propane, pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.96546 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96546 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.24→52.04 Å / Num. obs: 11930 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 2.9 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.042 / Rpim(I) all: 0.029 / Rrim(I) all: 0.051 / Χ2: 0.5 / Net I/σ(I): 9.9 / Num. measured all: 34336
反射 シェル解像度: 2.24→2.31 Å / % possible obs: 86.2 % / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.57 / Num. measured all: 2720 / Num. unique obs: 959 / CC1/2: 0.467 / Rpim(I) all: 0.403 / Rrim(I) all: 0.702 / Χ2: 0.19 / Net I/σ(I) obs: 1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.20rc1_4395精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.24→52.04 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.12 / 位相誤差: 36.03 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2945 1081 5.03 %
Rwork0.2268 --
obs0.2302 10740 91.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.24→52.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1734 0 0 22 1756
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0141760
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3692354
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.287686
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.059251
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009295
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.24-2.340.35021110.30852336X-RAY DIFFRACTION83
2.34-2.460.33641230.26292402X-RAY DIFFRACTION88
2.46-2.620.26671210.28722691X-RAY DIFFRACTION96
2.62-2.820.37131330.28752679X-RAY DIFFRACTION96
2.82-3.110.30231560.28142649X-RAY DIFFRACTION95
3.11-3.550.33921540.24982425X-RAY DIFFRACTION89
3.55-4.480.28721360.20732640X-RAY DIFFRACTION95
4.48-52.040.25731470.18452578X-RAY DIFFRACTION93
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.35410.0316-3.02712.5730.96064.0413-0.1652-0.0999-0.18910.2121-0.0872-0.21270.275-0.1590.16710.3565-0.007-0.01870.2841-0.0090.458216.326-1.56110.245
22.8467-0.60181.37291.08511.3134.9872-0.2848-0.75-0.1110.45460.432-0.18330.0873-1.1614-0.08250.78550.075-0.03840.90620.01720.55768.7612.42131.243
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 4:111 )A4 - 111
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN B AND RESID 2:111 )B2 - 111

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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