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万見
- PDB-9gkf: Amyloid Fibril of Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein A1A ind... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9gkf
タイトルAmyloid Fibril of Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein A1A induced by RNA binding
要素Isoform A1-A of Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein A1
キーワードRNA BINDING PROTEIN / Amyloid Fibril of Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein A1A induced by RNA binding
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to sodium arsenite / SARS-CoV-1-host interactions / import into nucleus / telomeric repeat-containing RNA binding / alternative mRNA splicing, via spliceosome / G-rich strand telomeric DNA binding / pre-mRNA binding / nuclear export / RNA export from nucleus / miRNA binding ...cellular response to sodium arsenite / SARS-CoV-1-host interactions / import into nucleus / telomeric repeat-containing RNA binding / alternative mRNA splicing, via spliceosome / G-rich strand telomeric DNA binding / pre-mRNA binding / nuclear export / RNA export from nucleus / miRNA binding / FGFR2 alternative splicing / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / negative regulation of telomere maintenance via telomerase / regulation of RNA splicing / SARS-CoV-1 modulates host translation machinery / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / mRNA transport / cellular response to glucose starvation / positive regulation of telomere maintenance via telomerase / catalytic step 2 spliceosome / mRNA Splicing - Major Pathway / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / single-stranded DNA binding / single-stranded RNA binding / ribonucleoprotein complex / protein domain specific binding / synapse / DNA binding / RNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
hnRNP A3, RNA recognition motif 2 / hnRNP A1, RNA recognition motif 1 / Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein A1/A2, C-terminal / Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein A1, LC domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein A1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.21 Å
データ登録者Frey, L. / Riek, R.P. / Arosio, P. / Morelli, C.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
ETH Zurich スイス
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: hnRNPA1A and RNA binding
著者: Frey, L. / Riek, R.P.
履歴
登録2024年8月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年9月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年9月3日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年9月3日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年9月3日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年9月3日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年9月3日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年9月3日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isoform A1-A of Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein A1
B: Isoform A1-A of Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein A1
C: Isoform A1-A of Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein A1
D: Isoform A1-A of Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein A1
E: Isoform A1-A of Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein A1
F: Isoform A1-A of Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein A1
G: Isoform A1-A of Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein A1
H: Isoform A1-A of Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein A1
I: Isoform A1-A of Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein A1
J: Isoform A1-A of Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein A1
K: Isoform A1-A of Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein A1
L: Isoform A1-A of Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein A1
M: Isoform A1-A of Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein A1
N: Isoform A1-A of Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein A1
O: Isoform A1-A of Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein A1
P: Isoform A1-A of Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein A1
Q: Isoform A1-A of Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein A1
R: Isoform A1-A of Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein A1
S: Isoform A1-A of Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein A1
T: Isoform A1-A of Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein A1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)684,92520
ポリマ－684,92520
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質
Isoform A1-A of Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein A1 / hnRNP A1 / Helix-destabilizing protein / Single-strand RNA-binding protein / hnRNP core protein A1


分子量: 34246.227 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HNRNPA1, HNRPA1 / 発現宿主: Bacteria (unknown) / 参照: UniProt: P09651
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: hnRNPA1A with poly U RNA / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他)
由来(組換発現)生物種: Bacteria (unknown) / 株: BL21 DE3
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 15 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: OTHER / 倍率（公称値）: 130000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 60 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOCONTINUUM (6k x 4k)
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV / 位相板: OTHER

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1crYOLO粒子像選択
2EPU2画像取得
4CTFFIND4CTF補正
7RELION5モデルフィッティング
11RELION分類
12RELION３次元再構成
13ISOLDEモデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
らせん対称
IDImage processing-ID回転角度/サブユニット (°)軸方向距離/サブユニット (Å)らせん対称軸の対称性
11-2.944.83C1
21-2.944.83C1
粒子像の選択選択した粒子像数: 120000
3次元再構成解像度: 3.21 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 100000 / 対称性のタイプ: HELICAL
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 78.32 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00328300
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.650911060
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0478740
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00311680
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d10.44522740

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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