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- PDB-9gk1: SSX structure of human cytochrome P450 3A4 at room temperature -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9gk1
タイトルSSX structure of human cytochrome P450 3A4 at room temperature
要素Cytochrome P450 3A4
キーワードOXIDOREDUCTASE / monooxygenase
機能・相同性
機能・相同性情報


quinine 3-monooxygenase / 1,8-cineole 2-exo-monooxygenase / albendazole monooxygenase (sulfoxide-forming) / quinine 3-monooxygenase activity / 1,8-cineole 2-exo-monooxygenase activity / 1-alpha,25-dihydroxyvitamin D3 23-hydroxylase activity / vitamin D3 25-hydroxylase activity / vitamin D 24-hydroxylase activity / vitamin D catabolic process / retinoic acid 4-hydroxylase activity ...quinine 3-monooxygenase / 1,8-cineole 2-exo-monooxygenase / albendazole monooxygenase (sulfoxide-forming) / quinine 3-monooxygenase activity / 1,8-cineole 2-exo-monooxygenase activity / 1-alpha,25-dihydroxyvitamin D3 23-hydroxylase activity / vitamin D3 25-hydroxylase activity / vitamin D 24-hydroxylase activity / vitamin D catabolic process / retinoic acid 4-hydroxylase activity / caffeine oxidase activity / estrogen 16-alpha-hydroxylase activity / lipid hydroxylation / aflatoxin metabolic process / anandamide 8,9 epoxidase activity / anandamide 11,12 epoxidase activity / anandamide 14,15 epoxidase activity / testosterone 6-beta-hydroxylase activity / alkaloid catabolic process / Aflatoxin activation and detoxification / Biosynthesis of maresin-like SPMs / monoterpenoid metabolic process / estrogen 2-hydroxylase activity / oxidative demethylation / vitamin D metabolic process / steroid catabolic process / Atorvastatin ADME / steroid hydroxylase activity / Xenobiotics / Phase I - Functionalization of compounds / retinoic acid metabolic process / retinol metabolic process / estrogen metabolic process / unspecific monooxygenase / long-chain fatty acid biosynthetic process / Prednisone ADME / Aspirin ADME / steroid metabolic process / androgen metabolic process / xenobiotic catabolic process / cholesterol metabolic process / steroid binding / xenobiotic metabolic process / monooxygenase activity / oxygen binding / lipid metabolic process / oxidoreductase activity / iron ion binding / intracellular membrane-bounded organelle / heme binding / endoplasmic reticulum membrane / enzyme binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, E-class, group II / Cytochrome P450, E-class, CYP3A / : / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Cytochrome P450 3A4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Glerup, J. / Branden, G. / Uwangue, O.
資金援助 スウェーデン, 4件
組織認可番号国
Swedish Research Council2017-06734 スウェーデン
Swedish Research Council2021-05662 スウェーデン
Swedish Research Council2021-05981 スウェーデン
The Swedish Foundation for Strategic ResearchID17-0060 スウェーデン
引用ジャーナル: Arch.Biochem.Biophys. / 年: 2025
タイトル: Microcrystallization and room-temperature serial crystallography structure of human cytochrome P450 3A4.
著者: Uwangue, O. / Glerup, J. / Dunge, A. / Bjelcic, M. / Wehlander, G. / Branden, G.
履歴
登録2024年8月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年5月7日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome P450 3A4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,9672
ポリマ－55,3501
非ポリマー6161
水362
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: SAXS, Crystal is formed by monomers, determined by SAXS to form a tetramer in solution.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1210 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area19880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.950, 103.740, 128.640
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 Cytochrome P450 3A4 / 1 / 4-cineole 2-exo-monooxygenase / 8-cineole 2-exo-monooxygenase / Albendazole monooxygenase ...1 / 4-cineole 2-exo-monooxygenase / 8-cineole 2-exo-monooxygenase / Albendazole monooxygenase (sulfoxide-forming) / Albendazole sulfoxidase / CYPIIIA3 / CYPIIIA4 / Cholesterol 25-hydroxylase / Cytochrome P450 3A3 / Cytochrome P450 HLp / Cytochrome P450 NF-25 / Cytochrome P450-PCN1 / Nifedipine oxidase / Quinine 3-monooxygenase


分子量: 55350.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CYP3A4, CYP3A3 / 器官: Liver / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
参照: UniProt: P08684, unspecific monooxygenase, 1,8-cineole 2-exo-monooxygenase, albendazole monooxygenase (sulfoxide-forming), quinine 3-monooxygenase
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.95 % / 解説: Square rods
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.3
詳細: Final droplet contained 6%v/v PEG3350, 50 mM sodium malonate, 15 mg/mL CYP3A4, 25 mM KPi pH 7.3, 100 mM KCl, 1 mM DTT, 0.5 mM EDTA, 10%v/v glycerol, 1%v/v DMSO and 100 uM beta-napthoflavone. ...詳細: Final droplet contained 6%v/v PEG3350, 50 mM sodium malonate, 15 mg/mL CYP3A4, 25 mM KPi pH 7.3, 100 mM KCl, 1 mM DTT, 0.5 mM EDTA, 10%v/v glycerol, 1%v/v DMSO and 100 uM beta-napthoflavone. The droplet was equillibrated against a reservoir of 100 mM sodium malonate and 12%v/v PEG3350. The crystalisation droplet swelled due to high glycerol concentration.

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年12月9日
詳細: BioMAX components: undulator, two front-end beam position monitors, front-end fluorescent screen, optics hutch fixed mask, double-crystal monochromator, fluorescent screen, NanoBPM, slits, ...詳細: BioMAX components: undulator, two front-end beam position monitors, front-end fluorescent screen, optics hutch fixed mask, double-crystal monochromator, fluorescent screen, NanoBPM, slits, vertical focusing mirror, horizontal focusing mirror, NanoBPM, beam conditioning unit (BCU), sample and detector. The BCU chamber includes slits, diagnostics, two diamond beam position monitors, attenuators, shutter, slits and diagnostics.
放射モノクロメーター: Si (111) horizontal double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.95→80.75 Å / Num. obs: 11603 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 416.91 % / Biso Wilson estimate: 121.39 Å2 / CC1/2: 0.9953922 / CC star: 0.9988447 / R split: 0.0543 / Net I/σ(I): 14.758752
反射 シェル解像度: 2.95→3 Å / 冗長度: 282.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 547 / CC1/2: 0.5453646 / CC star: 0.8401232 / R split: 0.7304 / % possible all: 100
Serial crystallography measurementCollection time total: 2 hours / Collimation: Kirkpatrick-Baez mirror pair
Serial crystallography sample delivery解説: Serial X SPINE-mounted Kapton membrane sandwich on a plastic frame
手法: fixed target
Serial crystallography sample delivery fixed target解説: 8 x 1 uL crystal slurry on kapton films
詳細: Arinax Microdiffractomer MD3-down mini-kappagoniometer head
Motion control: Arinax Microdiffractomer MD3-down
Sample dehydration prevention: Encapsulated by kapton film and glue
Sample holding: Serial X SPINE-mounted Kapton membrane sandwich on a plastic frame
Support base: SPINE-compatible
Serial crystallography data reductionFrames indexed: 52670 / Frames total: 169142 / Lattices indexed: 66748

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
CrystFEL0.10.1-6データスケーリング
CrystFEL0.10.1-6データ削減
PHASER2.8.3位相決定
Coot0.9.8.92モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.95→80.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 65.754 / SU ML: 0.524 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.519 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29508 589 5.1 %RANDOM
Rwork0.24369 ---
obs0.24643 11009 99.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 143.605 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.74 Å2-0 Å20 Å2
2--0.1 Å2-0 Å2
3---1.64 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.95→80.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3738 0 43 2 3783
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0020.0133878
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0153771
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2081.6695259
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9751.5878715
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.6825461
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.47422.204186
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.10515698
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.9771522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0350.2493
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.024253
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02871
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.57310.3981853
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.57310.3971852
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.06915.5892311
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.06915.5892312
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.31910.3792024
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.31910.3812022
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other0.93915.5352948
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.95→3.027 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.454 43 -
Rwork0.393 791 -
obs--100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -20.331 Å / Origin y: -24.132 Å / Origin z: -13.432 Å
111213212223313233
T0.1421 Å20.0375 Å20.0624 Å2-0.068 Å2-0.0232 Å2--0.1301 Å2
L3.9801 °2-1.5181 °2-0.9572 °2-4.9795 °20.974 °2--2.6633 °2
S0.0898 Å °0.3009 Å °-0.4567 Å °-0.0277 Å °-0.1837 Å °-0.2245 Å °0.2071 Å °0.2403 Å °0.0939 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A28 - 497
2X-RAY DIFFRACTION1A601

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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