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万見
- PDB-9giq: BFL1 covalently bound to inhibitor compound 13 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9giq
タイトルBFL1 covalently bound to inhibitor compound 13
要素Bcl-2-related protein A1
キーワードAPOPTOSIS / BFL / BCL / covalent / inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


Regulation of MITF-M-dependent genes involved in apoptosis / mitochondrial fusion / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / release of cytochrome c from mitochondria / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / channel activity / mitochondrial outer membrane / positive regulation of apoptotic process / negative regulation of apoptotic process ...Regulation of MITF-M-dependent genes involved in apoptosis / mitochondrial fusion / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / release of cytochrome c from mitochondria / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / channel activity / mitochondrial outer membrane / positive regulation of apoptotic process / negative regulation of apoptotic process / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Bcl-2-related protein A1 / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl2-like / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family ...Bcl-2-related protein A1 / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl2-like / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Bcl-2-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / (2S,3S)-butane-2,3-diol / Bcl-2-related protein A1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.421 Å
データ登録者Cottee, M.A.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Other private 英国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2024
タイトル: Structure-Based Discovery of a Series of Covalent, Orally Bioavailable, and Selective BFL1 Inhibitors.
著者: Palisse, A. / Cheung, T. / Blokhuis, A. / Cogswell, T. / Martins, B.S. / Riemens, R. / Schellekens, R. / Battocchio, G. / Jansen, C. / Cottee, M.A. / Ornell, K. / Sacchetto, C. / Leon, L. / ...著者: Palisse, A. / Cheung, T. / Blokhuis, A. / Cogswell, T. / Martins, B.S. / Riemens, R. / Schellekens, R. / Battocchio, G. / Jansen, C. / Cottee, M.A. / Ornell, K. / Sacchetto, C. / Leon, L. / van Hoek-Emmelot, M. / Bostock, M. / Brauer, B.L. / Beaumont, K. / Lucas, S.C.C. / Ahmed, S. / Blackwell, J.H. / Borjesson, U. / Gohlke, A. / Gramatikov, I.M.T. / Hargreaves, D. / van Hoeven, V. / Kantae, V. / Kupcova, L. / Milbradt, A.G. / Seneviratne, U. / Su, N. / Vales, J. / Wang, H. / White, M.J. / Kinzel, O.
履歴
登録2024年8月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年1月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bcl-2-related protein A1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,9783
ポリマ－17,4431
非ポリマー5352
水1,49583
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area8300 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)45.792, 43.386, 43.627
Angle α, β, γ (deg.)90, 114.54, 90
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Bcl-2-related protein A1 / Bcl-2-like protein 5 / Bcl2-L-5 / Hemopoietic-specific early response protein / Protein BFL-1 / Protein GRS


分子量: 17442.889 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BCL2A1, BCL2L5, BFL1, GRS, HBPA1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Gold / 参照: UniProt: Q16548
#2: 化合物 ChemComp-BUD / (2S,3S)-butane-2,3-diol / (2S,3S)-2,3-ブタンジオ-ル


分子量: 90.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2
#3: 化合物 ChemComp-A1ILV / ~{N}-[4-[(1~{R},3~{R})-3-azanylcyclopentyl]oxyphenyl]-~{N}-[(1~{S})-1-(4-chlorophenyl)-3-methyl-3-oxidanyl-butyl]propanamide


分子量: 444.994 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H33ClN2O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 83 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.3 % / 解説: Angular plates
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.5
詳細: Protein:ligand complex at ~4mg/ml in 20 mM HEPES pH 7.5, 150 mM NaCl, 5% glycerol, 2 mM TCEP, 1%DMSO. 150nL mixed with 150nL of well solution, 0.1M PCPT* pH 9.50, Na3 Citrate 0.60 M. *PCPT = ...詳細: Protein:ligand complex at ~4mg/ml in 20 mM HEPES pH 7.5, 150 mM NaCl, 5% glycerol, 2 mM TCEP, 1%DMSO. 150nL mixed with 150nL of well solution, 0.1M PCPT* pH 9.50, Na3 Citrate 0.60 M. *PCPT = Sodium propionate, sodium cacodylate trihydrate, bis-tris propane buffer system. Using STPLabtech Mosquito.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.98011 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年3月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98011 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.421→37.562 Å / Num. obs: 21747 / % possible obs: 73.7 % / 冗長度: 3.5 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.122 / Rpim(I) all: 0.075 / Rrim(I) all: 0.144 / Net I/σ(I): 9.9
反射 シェル解像度: 1.421→1.536 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.83 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 1089 / CC1/2: 0.457 / Rpim(I) all: 0.524 / Rrim(I) all: 0.985 / % possible all: 17.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.8精密化
XDSJan 10, 2022データ削減
Aimless0.7.7データスケーリング
autoPROC20211020data processing
STARANISO20211020データスケーリング
PHASERccp4-8.0位相決定
Coot0.9.8.83モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.421→37.56 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.898 / SU R Cruickshank DPI: 0.097 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.097 / SU Rfree Blow DPI: 0.1 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.1
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2567 1039 -RANDOM
Rwork0.2163 ---
obs0.2183 21747 73.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 15.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.0851 Å20 Å2-0.6241 Å2
2---0.696 Å20 Å2
3----1.3891 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.22 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.421→37.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1185 0 37 83 1305
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0111290HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.031756HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d456SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes223HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1290HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion167SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact1272SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.95
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.12
LS精密化 シェル解像度: 1.421→1.5 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3096 18 -
Rwork0.2914 --
obs--10.47 %
精密化 TLSOrigin x: 1.6268 Å / Origin y: -0.0133 Å / Origin z: 11.2202 Å
111213212223313233
T-0.0357 Å2-0.0232 Å2-0.0055 Å2--0.1281 Å2-0.0234 Å2---0.1217 Å2
L1.3545 °2-0.9024 °2-0.0479 °2-1.7815 °2-0.2574 °2--2.2608 °2
S0.0446 Å °0.0389 Å °0.1351 Å °0.0389 Å °-0.0265 Å °0.1013 Å °0.1351 Å °0.1013 Å °-0.0181 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A4 - 151
2X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A202

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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