PDB-9gih: Structure of the mouse 8-oxoguanine DNA Glycosylase mOGG1 in comp...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9gih

タイトル

Structure of the mouse 8-oxoguanine DNA Glycosylase mOGG1 in complex with ligand TH14047

要素

N-glycosylase/DNA lyase

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / OGG1 / glycosylase

機能・相同性

機能・相同性情報

Cleavage of the damaged pyrimidine / oxidized base lesion DNA N-glycosylase activity / Displacement of DNA glycosylase by APEX1 / APEX1-Independent Resolution of AP Sites via the Single Nucleotide Replacement Pathway / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine / negative regulation of double-strand break repair via single-strand annealing / oxidized purine nucleobase lesion DNA N-glycosylase activity / DNA N-glycosylase activity / 8-oxo-7,8-dihydroguanine DNA N-glycosylase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.271 Å

データ登録者

Scaletti Hutchinson, E. / Stenmark, P.

資金援助

スウェーデン, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of the mouse 8-oxoguanine DNA Glycosylase mOGG1 in complex with ligand TH14047
著者: Scaletti Hutchinson, E. / Stenmark, P.

履歴

登録	2024年8月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年9月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9gih.cif.gz	371.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9gih.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9gih.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9gih_validation.pdf.gz	722.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9gih_full_validation.pdf.gz	735.9 KB	表示
XML形式データ	9gih_validation.xml.gz	39.7 KB	表示
CIF形式データ	9gih_validation.cif.gz	52.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gi/9gih ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gi/9gih	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#91 - 2007年7月チミン２量体 (Thymine Dimers) 類似性 (1)

登録構造単位

A: N-glycosylase/DNA lyase

B: N-glycosylase/DNA lyase

C: N-glycosylase/DNA lyase

ヘテロ分子

108 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: N-glycosylase/DNA lyase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
36.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: N-glycosylase/DNA lyase

登録者が定義した集合体
35.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: N-glycosylase/DNA lyase

登録者が定義した集合体
35.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	79.976, 80.764, 166.815
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 90
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A
3	2	A
4	2	A
5	3	A
6	3	A

NCSドメイン領域:

Beg auth comp-ID: HIS / Beg label comp-ID: HIS / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 10 - 324 / Label seq-ID: 3 - 317

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID
1	1	1
2	1	1
3	2	2
4	2	2
5	3	3
6	3	3

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6

#1: タンパク質	N-glycosylase/DNA lyase 分子量: 35816.652 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ogg1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: O08760, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素, DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase
#2: 化合物	ChemComp-A1IL2 / ~{N}-(3,4-dichlorophenyl)-1~{H}-pyrazolo[3,4-b]pyridin-4-amine 分子量: 279.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₈Cl₂N₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION 分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 103 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.94 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.09M Halogens, 0.1M MOPS/HEPES-Na pH 7.5, 50% v/v EDO_P8K (Morpheus Screen, Molecular Dimensions).

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.976 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年3月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.27→83.407 Å / Num. obs: 49693 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 13.3 % / CC_1/2: 0.989 / Net I/σ(I): 14.1
反射シェル	解像度: 2.27→2.31 Å / Num. unique obs: 2504 / CC_1/2: 0.759

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.271→83.407 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.929 / SU B: 9.296 / SU ML: 0.215 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.325 / ESU R Free: 0.249 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2666	2417	4.868 %
R_work	0.2081	47236	-
all	0.211	-	-
obs	-	49653	97.993 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 62.272 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.321 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	1.191 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.871 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.271→83.407 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7476	0	24	103	7603

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.012	7710
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	7136
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.638	1.819	10494
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.567	1.757	16372
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.235	5	935
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	11.068	5.462	65
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.291	10	1218
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.072	10	366
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.077	0.2	1121
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	9352
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1912
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.227	0.2	1573
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.199	0.2	6169
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.184	0.2	3704
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.084	0.2	3957
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.141	0.2	154
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.053	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.335	0.2	26
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.23	0.2	91
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.252	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	6.31	5.953	3755
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	6.307	5.954	3755
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	8.89	10.681	4685
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	8.891	10.683	4686
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	7.294	6.483	3955
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	7.189	6.483	3952
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	10.33	11.611	5809
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	10.288	11.605	5804
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	12.82	59.379	8507
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	12.803	59.273	8504
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.124	0.05	9791
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.136	0.05	9584
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.124	0.05	9499

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12372	0.05008
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12372	0.05008
2	3	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.1357	0.05007
2	4	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.1357	0.05007
3	5	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12437	0.05008
3	6	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12437	0.05008

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.271-2.33	0.365	158	0.334	3503	0.335	3683	0.878	0.905	99.4027	0.333
2.33-2.394	0.347	163	0.297	3418	0.3	3583	0.917	0.935	99.9442	0.297
2.394-2.463	0.327	187	0.285	3327	0.287	3515	0.924	0.944	99.9715	0.28
2.463-2.539	0.326	184	0.273	3233	0.276	3420	0.932	0.949	99.9123	0.261
2.539-2.622	0.331	142	0.252	3138	0.255	3280	0.922	0.957	100	0.235
2.622-2.714	0.328	138	0.265	2731	0.268	3211	0.931	0.946	89.3491	0.235
2.714-2.816	0.352	151	0.23	2943	0.236	3095	0.928	0.962	99.9677	0.201
2.816-2.931	0.28	149	0.217	2835	0.22	2984	0.949	0.969	100	0.189
2.931-3.061	0.29	158	0.22	2712	0.223	2870	0.941	0.969	100	0.194
3.061-3.21	0.308	112	0.219	2636	0.223	2748	0.948	0.97	100	0.198
3.21-3.384	0.252	157	0.205	2436	0.208	2594	0.963	0.974	99.9614	0.188
3.384-3.589	0.269	104	0.196	2129	0.199	2478	0.958	0.973	90.113	0.18
3.589-3.836	0.239	98	0.186	2056	0.188	2356	0.964	0.975	91.4261	0.175
3.836-4.143	0.221	84	0.186	1879	0.187	2161	0.971	0.974	90.8376	0.175
4.143-4.537	0.224	104	0.166	1933	0.169	2037	0.965	0.983	100	0.17
4.537-5.07	0.239	81	0.18	1754	0.183	1835	0.965	0.981	100	0.19
5.07-5.851	0.282	71	0.205	1562	0.208	1633	0.974	0.98	100	0.216
5.851-7.158	0.28	81	0.209	1324	0.213	1405	0.959	0.974	100	0.227
7.158-10.085	0.172	61	0.152	1058	0.153	1119	0.982	0.985	100	0.183
10.085-83.407	0.31	34	0.246	629	0.249	663	0.949	0.957	100	0.313

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関連情報:EMDBヘッダ

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