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- PDB-9gic: NMDA bound to compound 345 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9gic
タイトルNMDA bound to compound 345
要素Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1
キーワードTRANSPORT PROTEIN / ion transport ligand gated ion channel
機能・相同性
機能・相同性情報


glycine-gated cation channel activity / excitatory chemical synaptic transmission / Synaptic adhesion-like molecules / response to glycine / propylene metabolic process / regulation of monoatomic cation transmembrane transport / Assembly and cell surface presentation of NMDA receptors / NMDA glutamate receptor activity / NMDA selective glutamate receptor complex / neurotransmitter receptor complex ...glycine-gated cation channel activity / excitatory chemical synaptic transmission / Synaptic adhesion-like molecules / response to glycine / propylene metabolic process / regulation of monoatomic cation transmembrane transport / Assembly and cell surface presentation of NMDA receptors / NMDA glutamate receptor activity / NMDA selective glutamate receptor complex / neurotransmitter receptor complex / Neurexins and neuroligins / ligand-gated sodium channel activity / glutamate binding / calcium ion transmembrane import into cytosol / protein heterotetramerization / glycine binding / positive regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / monoatomic cation transmembrane transport / Negative regulation of NMDA receptor-mediated neuronal transmission / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / positive regulation of calcium ion transport into cytosol / Long-term potentiation / monoatomic cation transport / excitatory synapse / regulation of neuronal synaptic plasticity / monoatomic ion channel complex / positive regulation of excitatory postsynaptic potential / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / synaptic cleft / calcium ion homeostasis / glutamate-gated calcium ion channel activity / EPHB-mediated forward signaling / sodium ion transmembrane transport / ionotropic glutamate receptor signaling pathway / Ras activation upon Ca2+ influx through NMDA receptor / synaptic membrane / excitatory postsynaptic potential / regulation of membrane potential / postsynaptic density membrane / brain development / calcium ion transmembrane transport / visual learning / regulation of synaptic plasticity / terminal bouton / synaptic vesicle / signaling receptor activity / amyloid-beta binding / RAF/MAP kinase cascade / response to ethanol / chemical synaptic transmission / dendritic spine / postsynaptic membrane / calmodulin binding / neuron projection / postsynaptic density / synapse / dendrite / calcium ion binding / endoplasmic reticulum membrane / protein-containing complex binding / cell surface / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / : / Ionotropic glutamate receptor, metazoa / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ionotropic glutamate receptor, L-glutamate and glycine-binding domain / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ligand-gated ion channel / : / Ionotropic glutamate receptor / Eukaryotic homologues of bacterial periplasmic substrate binding proteins. ...: / : / Ionotropic glutamate receptor, metazoa / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ionotropic glutamate receptor, L-glutamate and glycine-binding domain / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ligand-gated ion channel / : / Ionotropic glutamate receptor / Eukaryotic homologues of bacterial periplasmic substrate binding proteins. / Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region / Periplasmic binding protein-like I
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.823 Å
データ登録者Carr, K.H. / Ascic, E. / Leonard, P.M.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2024
タイトル: Advancements in NMDA Receptor-Targeted Antidepressants: From d-Cycloserine Discovery to Preclinical Efficacy of Lu AF90103.
著者: Ascic, E. / Marigo, M. / David, L. / Frisch Herrik, K. / Grupe, M. / Hougaard, C. / Mork, A. / Jones, C.R. / Badolo, L. / Frederiksen, K. / Boonen, H.C.M. / Jensen, H.S. / Kilburn, J.P.
履歴
登録2024年8月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年11月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年12月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,9214
ポリマ－33,4221
非ポリマー4993
水3,081171
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area420 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area13770 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)41.96, 70.745, 96
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1 / GluN1 / Glutamate [NMDA] receptor subunit zeta-1 / N-methyl-D-aspartate receptor subunit NR1 / NMD-R1


分子量: 33422.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GRIN1, NMDAR1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta-gami (DE3) / 参照: UniProt: Q05586
#2: 化合物 ChemComp-A1ILQ / (2~{R})-2-azanyl-3-[[3-(phenylmethyl)-2~{H}-thiophen-5-yl]carbonylamino]propanoic acid


分子量: 306.380 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H18N2O3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 171 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.2 %
結晶化温度: 282.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.7
詳細: 20% (w/v) PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris pH 5.7 and 0.2 M lithium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2017年1月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.82→20.57 Å / Num. obs: 2553444 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 6 % / CC1/2: 0.988 / Rmerge(I) obs: 0.114 / Net I/σ(I): 10.8
反射 シェル解像度: 1.82→1.86 Å / Rmerge(I) obs: 0.324 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique obs: 6489 / CC1/2: 0.91

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0430 (refmacat 0.4.82)精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.823→20.566 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / WRfactor Rfree: 0.235 / WRfactor Rwork: 0.202 / SU B: 2.565 / SU ML: 0.081 / Average fsc free: 0.9707 / Average fsc work: 0.9786 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.146 / ESU R Free: 0.131 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2205 1232 4.835 %RANDOM
Rwork0.1906 24248 --
all0.192 ---
obs-25480 97.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 18.496 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.817 Å20 Å2-0 Å2
2--0.691 Å20 Å2
3---0.126 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.823→20.566 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2227 0 31 171 2429
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0122317
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0162091
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6561.8023148
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.5751.7534835
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7635289
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg13.4958
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.50510376
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg14.4310101
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2349
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.022714
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02531
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2080.2414
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1820.21954
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.180.21173
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0870.21236
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1260.2140
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0130.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2490.213
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2010.263
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1910.211
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8471.7571153
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.8471.7571153
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.9233.1531440
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.9233.1531441
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.6651.981164
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.6061.981157
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.1863.5351707
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.1583.5321696
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it6.33821.0999620
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other6.29521.0139491
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
1.823-1.870.224790.22217220.22318630.970.97396.6720.209
1.87-1.9210.232700.19517400.19718600.9660.97797.31180.179
1.921-1.9760.18780.16716990.16817960.9820.98398.94210.155
1.976-2.0360.24840.17416110.17717310.9590.9897.92030.164
2.036-2.1020.229970.17915560.18217140.9720.9896.44110.17
2.102-2.1750.206780.17515270.17616290.9730.98198.52670.169
2.175-2.2560.235760.17314710.17615890.9680.98197.35680.171
2.256-2.3470.179700.16714080.16715470.9840.98295.53980.165
2.347-2.450.2560.1713520.17114630.9740.98196.24060.172
2.45-2.5680.197720.1712830.17214000.9710.98296.78570.173
2.568-2.7050.246770.17312300.17613520.9660.98196.67160.183
2.705-2.8650.228560.19111640.19312710.9670.97795.98740.2
2.865-3.0590.229720.19411040.19612220.9620.97596.23570.207
3.059-3.2980.242540.20110500.20311350.9680.97497.26870.223
3.298-3.6040.178480.2049820.20310530.9820.97797.81580.223
3.604-4.0140.245470.1868910.1899550.9670.9898.21990.214
4.014-4.6050.201410.1728150.1738670.9780.98298.73130.213
4.605-5.5710.229320.2176890.2187340.9820.97998.22890.28
5.571-7.6050.282280.2915720.2916050.9570.95899.17360.352
7.605-20.5660.237170.2523820.2514030.9680.96899.00740.311

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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