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- PDB-9gib: NMDA bound to compound 380 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9gib
タイトルNMDA bound to compound 380
要素
  • Glutamate receptor
  • Isoform 1 of Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1
キーワードTRANSPORT PROTEIN / ion transport ligand gated ion channel
機能・相同性
機能・相同性情報


glycine-gated cation channel activity / excitatory chemical synaptic transmission / directional locomotion / serotonin metabolic process / Synaptic adhesion-like molecules / protein localization to postsynaptic membrane / response to glycine / propylene metabolic process / sleep / regulation of monoatomic cation transmembrane transport ...glycine-gated cation channel activity / excitatory chemical synaptic transmission / directional locomotion / serotonin metabolic process / Synaptic adhesion-like molecules / protein localization to postsynaptic membrane / response to glycine / propylene metabolic process / sleep / regulation of monoatomic cation transmembrane transport / Assembly and cell surface presentation of NMDA receptors / NMDA glutamate receptor activity / neurotransmitter receptor complex / Neurexins and neuroligins / NMDA selective glutamate receptor complex / ligand-gated sodium channel activity / calcium ion transmembrane import into cytosol / glutamate binding / protein heterotetramerization / glycine binding / positive regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / positive regulation of calcium ion transport into cytosol / Negative regulation of NMDA receptor-mediated neuronal transmission / startle response / dopamine metabolic process / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / monoatomic cation transmembrane transport / regulation of neuronal synaptic plasticity / Long-term potentiation / monoatomic cation transport / excitatory synapse / positive regulation of excitatory postsynaptic potential / monoatomic ion channel complex / synaptic cleft / calcium ion homeostasis / glutamate-gated calcium ion channel activity / neurogenesis / sensory perception of pain / EPHB-mediated forward signaling / sodium ion transmembrane transport / response to amphetamine / Ras activation upon Ca2+ influx through NMDA receptor / ionotropic glutamate receptor signaling pathway / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / regulation of membrane potential / excitatory postsynaptic potential / synaptic membrane / protein catabolic process / postsynaptic density membrane / terminal bouton / brain development / visual learning / negative regulation of protein catabolic process / calcium ion transmembrane transport / regulation of synaptic plasticity / memory / response to wounding / long-term synaptic potentiation / synaptic vesicle / signaling receptor activity / amyloid-beta binding / presynaptic membrane / RAF/MAP kinase cascade / chemical synaptic transmission / dendritic spine / response to ethanol / postsynaptic membrane / calmodulin binding / neuron projection / postsynaptic density / positive regulation of apoptotic process / response to xenobiotic stimulus / synapse / dendrite / calcium ion binding / endoplasmic reticulum membrane / protein-containing complex binding / glutamatergic synapse / cell surface / endoplasmic reticulum / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Glutamate [NMDA] receptor, epsilon subunit, C-terminal / N-methyl D-aspartate receptor 2B3 C-terminus / : / : / Ionotropic glutamate receptor, metazoa / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ionotropic glutamate receptor, L-glutamate and glycine-binding domain / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ligand-gated ion channel / : ...Glutamate [NMDA] receptor, epsilon subunit, C-terminal / N-methyl D-aspartate receptor 2B3 C-terminus / : / : / Ionotropic glutamate receptor, metazoa / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ionotropic glutamate receptor, L-glutamate and glycine-binding domain / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ligand-gated ion channel / : / Ionotropic glutamate receptor / Eukaryotic homologues of bacterial periplasmic substrate binding proteins. / Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region / Periplasmic binding protein-like I
類似検索 - ドメイン・相同性
: / GLUTAMIC ACID / Glutamate receptor / Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.948 Å
データ登録者Carr, K.H. / Ascic, E. / Leonard, P.M.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2024
タイトル: Advancements in NMDA Receptor-Targeted Antidepressants: From d-Cycloserine Discovery to Preclinical Efficacy of Lu AF90103.
著者: Ascic, E. / Marigo, M. / David, L. / Frisch Herrik, K. / Grupe, M. / Hougaard, C. / Mork, A. / Jones, C.R. / Badolo, L. / Frederiksen, K. / Boonen, H.C.M. / Jensen, H.S. / Kilburn, J.P.
履歴
登録2024年8月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年11月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年12月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glutamate receptor
B: Isoform 1 of Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,8616
ポリマ－65,2042
非ポリマー6574
水7,170398
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2700 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area24430 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)53.972, 90.036, 123.174
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Glutamate receptor


分子量: 31939.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Grin2a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Origami B (DE3) / 参照: UniProt: G3V9C5
#2: タンパク質 Isoform 1 of Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1 / GluN1 / Glutamate [NMDA] receptor subunit zeta-1 / N-methyl-D-aspartate receptor subunit NR1 / NMD-R1


分子量: 33264.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GRIN1, NMDAR1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta-gami (DE3) / 参照: UniProt: Q05586

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非ポリマー , 5種, 402分子

#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-GLU / GLUTAMIC ACID / グルタミン酸


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C5H9NO4
#5: 化合物 ChemComp-A1ILP / (2~{R})-2-azanyl-3-[[3-(5-ethyl-1,2-oxazol-4-yl)-5-fluoranyl-phenyl]carbonylamino]propanoic acid


分子量: 321.304 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H16FN3O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 398 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.21 %
結晶化温度: 282.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 10-15% PEG 3350, 0.1 M HEPES pH 7.0, 1 mM sodium azide, 1% tryptone

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9159 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9159 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.948→72.7 Å / Num. obs: 44610 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.4 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.143 / Rpim(I) all: 0.061 / Net I/σ(I): 8.2
反射 シェル解像度: 1.95→2 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.823 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 3252 / CC1/2: 0.613 / Rpim(I) all: 0.37 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0425精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.948→72.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU B: 4.749 / SU ML: 0.132 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.183 / ESU R Free: 0.171 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2564 2309 5.198 %RANDOM
Rwork0.2032 42114 --
all0.206 ---
obs-44423 99.46 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 29.563 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.639 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.37 Å20 Å2
3---1.009 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.948→72.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4302 0 44 398 4744
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0124440
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0164111
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4941.8296020
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.5071.7619495
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7975552
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg14.222519
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.74210738
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg14.06910190
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.2679
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr_other0.1630.21
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.025164
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02999
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2030.2868
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1720.23886
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1760.22214
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.080.22451
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1550.2347
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1860.214
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1750.248
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1070.213
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.6272.8462223
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.6272.8462223
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.1515.1112770
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.155.112771
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.1733.092217
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.1753.0912215
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.8745.563250
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.8735.5593251
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it7.69234.19718542
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other7.69234.19618543
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.948-1.9990.3591580.3142980X-RAY DIFFRACTION95.934
1.999-2.0540.311740.282960X-RAY DIFFRACTION99.6186
2.054-2.1130.291490.2562903X-RAY DIFFRACTION99.6084
2.113-2.1780.2921490.2422857X-RAY DIFFRACTION99.7346
2.178-2.250.2781490.2312783X-RAY DIFFRACTION99.5924
2.25-2.3290.261340.2162636X-RAY DIFFRACTION99.7479
2.329-2.4160.281430.2152588X-RAY DIFFRACTION99.8173
2.416-2.5150.2321410.2022477X-RAY DIFFRACTION99.5816
2.515-2.6270.2921330.2072381X-RAY DIFFRACTION99.8015
2.627-2.7550.2421290.1952283X-RAY DIFFRACTION99.7931
2.755-2.9030.2351010.192191X-RAY DIFFRACTION99.6522
2.903-3.0790.2661070.1872082X-RAY DIFFRACTION99.8176
3.079-3.2910.2391280.1871926X-RAY DIFFRACTION99.8542
3.291-3.5540.2471180.1911809X-RAY DIFFRACTION99.9481
3.554-3.8930.234920.1761698X-RAY DIFFRACTION99.8884
3.893-4.3510.187890.1561524X-RAY DIFFRACTION99.8762
4.351-5.0210.207780.1631368X-RAY DIFFRACTION99.793
5.021-6.1420.315690.2031165X-RAY DIFFRACTION99.8382
6.142-8.6550.311450.216933X-RAY DIFFRACTION99.5927
8.655-72.70.281230.206570X-RAY DIFFRACTION99.6639

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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