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- PDB-9ghy: Cyclophilin A in complex with Sanglifehrin A analogue (2R,3S,7S,1... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ghy
タイトルCyclophilin A in complex with Sanglifehrin A analogue (2R,3S,7S,10S,E)-10-(3-aminopropyl)-2,7-dimethylspiro[3,8,11-triaza-1(2,7)-quinolina-5(3,1)-pyridazinacyclopentadecaphanene-13,5'-[1,3]dioxan]-14-ene-4,6,9,12-tetraone
要素Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase A
キーワードISOMERASE / Cyclophilin A / Sanglifehrin A / Inhibitor / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of protein K48-linked ubiquitination / regulation of apoptotic signaling pathway / cell adhesion molecule production / lipid droplet organization / negative regulation of viral life cycle / heparan sulfate binding / regulation of viral genome replication / virion binding / leukocyte chemotaxis / negative regulation of stress-activated MAPK cascade ...negative regulation of protein K48-linked ubiquitination / regulation of apoptotic signaling pathway / cell adhesion molecule production / lipid droplet organization / negative regulation of viral life cycle / heparan sulfate binding / regulation of viral genome replication / virion binding / leukocyte chemotaxis / negative regulation of stress-activated MAPK cascade / endothelial cell activation / protein peptidyl-prolyl isomerization / Basigin interactions / cyclosporin A binding / Minus-strand DNA synthesis / Plus-strand DNA synthesis / Uncoating of the HIV Virion / Early Phase of HIV Life Cycle / Integration of provirus / negative regulation of protein phosphorylation / APOBEC3G mediated resistance to HIV-1 infection / viral release from host cell / Calcineurin activates NFAT / activation of protein kinase B activity / Binding and entry of HIV virion / positive regulation of viral genome replication / negative regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of protein kinase activity / neutrophil chemotaxis / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / Assembly Of The HIV Virion / positive regulation of protein secretion / Budding and maturation of HIV virion / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / platelet activation / platelet aggregation / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / integrin binding / positive regulation of protein phosphorylation / neuron differentiation / unfolded protein binding / Platelet degranulation / protein folding / cellular response to oxidative stress / vesicle / secretory granule lumen / ficolin-1-rich granule lumen / positive regulation of MAPK cascade / focal adhesion / apoptotic process / Neutrophil degranulation / protein-containing complex / extracellular space / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, conserved site / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase signature. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / Cyclophilin type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase/CLD / Cyclophilin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.15 Å
データ登録者Meyners, C. / Dreizler, J.K. / Hausch, F.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
German Federal Ministry for Education and Research03ZU1109EB ドイツ
Hessian Ministry of Science, Higher Education and Art (HMWK) ドイツ
引用ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2024
タイトル: Toward Dual Targeting of Catalytic and Gatekeeper Pockets in Cyclophilins Using a Macrocyclic Scaffold.
著者: Dreizler, J.K. / Meyners, C. / Hausch, F.
履歴
登録2024年8月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年12月4日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,8753
ポリマ－18,2321
非ポリマー6432
水4,630257
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area890 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area7810 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)42.854, 52.595, 89.257
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase A / PPIase A / Cyclophilin A / Cyclosporin A-binding protein / Rotamase A


分子量: 18231.701 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPIA, CYPA
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P62937, peptidylprolyl isomerase
#2: 化合物 ChemComp-A1ILH / (2R,3S,7S,10S,E)-10-(3-aminopropyl)-2,7-dimethylspiro[3,8,11-triaza-1(2,7)-quinolina-5(3,1)-pyridazinacyclopentadecaphanene-13,5'-[1,3]dioxan]-14-ene-4,6,9,12-tetraone


分子量: 607.701 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H41N7O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 257 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.41 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 28% PEG-3350, 0.1 M Tris-HCl pH 8.8

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.15→45.31 Å / Num. obs: 71497 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 7.2 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.038 / Rpim(I) all: 0.022 / Rrim(I) all: 0.044 / Net I/σ(I): 18.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all
6.3-45.316.60.01952110.0110.022
1.15-1.177.21.34234660.7120.7891.562

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0425精密化
autoXDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.15→45.004 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.984 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.983 / SU B: 1.269 / SU ML: 0.024 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.026 / ESU R Free: 0.027 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.149 3671 5.139 %
Rwork0.1309 67759 -
all0.132 --
obs-71430 98.653 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 19.689 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.899 Å2-0 Å20 Å2
2--1.746 Å20 Å2
3----0.847 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.15→45.004 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1267 0 45 257 1569
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0121362
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.0161246
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.861.8621834
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8131.8192878
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.265169
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg7.65357
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg9.710216
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg13.8631061
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1080.2187
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr_other1.1070.213
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.021618
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02331
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2610.2219
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.210.21162
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1850.2697
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0890.2663
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1560.2142
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.1880.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.0270.26
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1490.225
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2180.223
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.661.656679
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.6571.655680
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.1332.972847
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other6.1292.971848
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.1421.881683
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other6.1391.883684
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it8.4663.36987
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other8.4623.361988
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it15.01422.8641573
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other12.81117.5331492
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr3.90332608
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
1.15-1.180.2862700.2848660.2852740.8960.89797.38340.274
1.18-1.2120.2532570.25447590.25451420.920.91197.54960.243
1.212-1.2470.2632190.23846620.23950080.920.92497.46410.22
1.247-1.2860.232530.21145220.21248860.9370.94197.72820.191
1.286-1.3280.1952500.19343750.19347250.9570.95697.88360.17
1.328-1.3740.1982080.16643070.16745880.9570.96998.40890.141
1.374-1.4260.152190.13741290.13744120.9790.97998.54940.113
1.426-1.4840.1512280.12539920.12742690.9780.98498.85220.101
1.484-1.550.1322150.138550.10241000.9860.99299.26830.083
1.55-1.6260.1351920.0936970.09239100.9860.99499.46290.075
1.626-1.7140.1291900.08535220.08737430.9890.99599.17180.073
1.714-1.8170.1191920.08633450.08835500.9910.99599.63380.077
1.817-1.9430.1411920.09931380.10133390.9870.99499.73050.09
1.943-2.0980.1341660.10529180.10631100.9880.99399.1640.1
2.098-2.2980.1431540.11427290.11528880.9880.99299.82690.111
2.298-2.5680.1281360.10124690.10226070.990.99499.92330.102
2.568-2.9640.1321250.1122100.11123400.9890.99299.78630.116
2.964-3.6260.121870.13418890.13319900.9910.98999.29650.146
3.626-5.1110.134710.13514910.13515780.9910.9998.98610.157
5.111-45.0040.227470.2078840.2089450.9690.97498.51850.239

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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