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- PDB-9ghl: Fe(II)-2-oxoglutarate-dependent pseudomonal iron uptake factor C ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ghl
タイトルFe(II)-2-oxoglutarate-dependent pseudomonal iron uptake factor C in complex with malate
要素PKHD-type hydroxylase PiuC
キーワードOXIDOREDUCTASE / 2-oxoglutrate / Iron transport / siderophore antibiotics
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む / 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase activity / L-ascorbic acid binding / cellular response to iron ion / intracellular iron ion homeostasis / iron ion binding / DNA damage response
類似検索 - 分子機能
PKHD-type hydroxylase / PKHD-type hydroxylase C-terminal domain / PKHD-type hydroxylase C-terminal domain / Prolyl 4-hydroxylase alpha subunit, Fe(2+) 2OG dioxygenase domain / 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily / Prolyl 4-hydroxylase, alpha subunit / Prolyl 4-hydroxylase alpha subunit homologues. / Oxoglutarate/iron-dependent dioxygenase / Fe(2+) 2-oxoglutarate dioxygenase domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
D-MALATE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / PKHD-type hydroxylase PiuC
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Alshref, F.M. / Allen, M.D. / Sanguankiattichai, N. / Zaborskyte, G. / Schofield, C.J.
資金援助 サウジアラビア, 1件
組織認可番号国
Saudi Ministry of EducationDM8000S4747 サウジアラビア
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Fe(II)-2-oxoglutarate-dependent pseudomonal iron uptake factor C in complex with malate
著者: Alshref, F.M. / Allen, M.D. / Sanguankiattichai, N. / Zaborskyte, G. / Schofield, C.J.
履歴
登録2024年8月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年8月27日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PKHD-type hydroxylase PiuC
B: PKHD-type hydroxylase PiuC
C: PKHD-type hydroxylase PiuC
D: PKHD-type hydroxylase PiuC
E: PKHD-type hydroxylase PiuC
F: PKHD-type hydroxylase PiuC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)154,81821
ポリマ－153,1016
非ポリマー1,71815
水14,664814
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area22550 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area51840 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)80.843, 80.912, 88.701
Angle α, β, γ (deg.)62.89, 62.90, 60.03
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
PKHD-type hydroxylase PiuC / Iron-uptake factor PiuC


分子量: 25516.805 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: piuC, PA4515 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41
参照: UniProt: Q9HVQ7, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...参照: UniProt: Q9HVQ7, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む
#2: 化合物
ChemComp-MLT / D-MALATE / (2R)-2-HYDROXYBUTANEDIOIC ACID / 2-HYDROXY-SUCCINIC ACID / D-りんご酸


分子量: 134.087 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 814 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.94 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.2 M Imidazole malate, pH 5.5 33 % v/v PEG 600

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97627 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年2月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97627 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→59.58 Å / Num. obs: 108227 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 3.7 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Rpim(I) all: 0.053 / Rrim(I) all: 0.103 / Net I/σ(I): 9.1
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / Rmerge(I) obs: 0.616 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 5273 / CC1/2: 0.719 / Rpim(I) all: 0.366 / Rrim(I) all: 0.718

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→59.58 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 19.86 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2076 1916 1.78 %
Rwork0.1829 --
obs0.1833 107880 96.27 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→59.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10818 0 114 814 11746
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.003
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.593
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.0131590
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0431661
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062066
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.050.2991430.2747331X-RAY DIFFRACTION94
2.05-2.10.22111270.24827608X-RAY DIFFRACTION96
2.1-2.170.28291260.22837654X-RAY DIFFRACTION96
2.17-2.240.21131460.20857478X-RAY DIFFRACTION96
2.24-2.320.20811480.19967554X-RAY DIFFRACTION96
2.32-2.410.2124860.19837536X-RAY DIFFRACTION95
2.41-2.520.2681420.1997122X-RAY DIFFRACTION91
2.52-2.650.19911250.19147511X-RAY DIFFRACTION95
2.65-2.820.19241670.19197708X-RAY DIFFRACTION98
2.82-3.030.22681270.18627717X-RAY DIFFRACTION98
3.03-3.340.22611080.18187797X-RAY DIFFRACTION98
3.34-3.820.19321490.16637719X-RAY DIFFRACTION98
3.82-4.820.15951630.14857476X-RAY DIFFRACTION96
4.82-59.580.22441590.17547753X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.54930.64151.0430.50350.39161.1407-0.0585-0.090.152-0.0144-0.0173-0.04-0.1145-0.04220.05410.18790.0050.01080.1597-0.00740.191713.2288-29.31990.5079
21.6708-1.1777-0.85921.40240.5981.1024-0.0720.0273-0.03780.06170.00060.13280.0939-0.06180.07040.2125-0.0045-0.00540.20130.00710.2237-20.4804-44.2520.5096
30.44890.5612-0.13882.8024-1.16721.16360.0338-0.0232-0.09230.0345-0.0997-0.10360.01490.10380.05880.17350.0135-0.0180.1928-0.00230.1989.3103-65.94430.4682
41.93-0.7221-1.17491.08670.61482.3415-0.11340.0418-0.181-0.019-0.0154-0.11510.52110.16880.12690.40340.0450.01460.25090.00650.22289.2065-66.4109-32.9395
52.0120.79581.11051.1060.61622.2786-0.0245-0.01660.0058-0.056-0.09190.2213-0.0832-0.49780.10730.24750.0443-0.00440.3717-0.020.2165-20.7273-43.8983-32.9447
60.5363-0.1112-0.00772.3573-1.33642.2733-0.0360.06140.17990.0472-0.0897-0.1422-0.38120.34720.11620.3257-0.0793-0.02570.31480.01620.234813.6953-29.1918-32.927
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A
2X-RAY DIFFRACTION2chain B
3X-RAY DIFFRACTION3chain C
4X-RAY DIFFRACTION4chain D
5X-RAY DIFFRACTION5chain E
6X-RAY DIFFRACTION6chain F

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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