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- PDB-9ghj: Junin virus GP1-GP2 heterodimer in complex with Fab of JUN1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ghj
タイトルJunin virus GP1-GP2 heterodimer in complex with Fab of JUN1
要素
  • Glycoprotein G2
  • JUN1 heavy chain
  • JUN1 light chain
  • Pre-glycoprotein polyprotein GP complex
キーワードVIRAL PROTEIN / Junin virus glycoprotein prefusion Fab
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell Golgi membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / host cell endoplasmic reticulum membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Arenavirus glycoprotein, zinc binding domain / Arenavirus glycoprotein / Arenavirus glycoprotein
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIETHYLENE GLYCOL / Pre-glycoprotein polyprotein GP complex / Pre-glycoprotein polyprotein GP complex
類似検索 - 構成要素
生物種Mammarenavirus juninense (ウイルス)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.09 Å
データ登録者Bowden, T.A. / Paesen, G.C.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/L009528/1 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/S007555/1 英国
引用ジャーナル: Mbio / 年: 2025
タイトル: Structure and stabilization of the antigenic glycoprotein building blocks of the New World mammarenavirus spike complex.
著者: Paesen, G.C. / Ng, W.M. / Kimuda, S. / Sutton, G. / Doores, K.J. / Bowden, T.A.
履歴
登録2024年8月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年6月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年6月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.year
改定 1.22025年7月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pre-glycoprotein polyprotein GP complex
B: Glycoprotein G2
H: JUN1 heavy chain
L: JUN1 light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,72310
ポリマ－95,6724
非ポリマー3,0516
水3,207178
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13910 Å2
ΔGint2 kcal/mol
Surface area34840 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)225.789, 71.974, 80.231
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.895, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Pre-glycoprotein polyprotein GP complex / Pre-GP-C


分子量: 22401.650 Da / 分子数: 1 / 変異: L88C, S249R, L250R, K251R / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mammarenavirus juninense (ウイルス)
遺伝子: GPC / 発現宿主: Spodoptera (蝶・蛾) / 参照: UniProt: C1K9J9
#2: タンパク質 Glycoprotein G2 / GP2


分子量: 22924.672 Da / 分子数: 1 / 変異: E321P, M329C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mammarenavirus juninense (ウイルス)
遺伝子: GPC, GP-C / 発現宿主: Spodoptera (蝶・蛾) / 参照: UniProt: P26313

-
抗体 , 2種, 2分子 HL

#3: 抗体 JUN1 heavy chain


分子量: 26402.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 抗体 JUN1 light chain


分子量: 23943.455 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
糖 , 4種, 5分子

#5: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 732.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_a6-d1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE
#7: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#8: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 2種, 179分子

#9: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 178 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.82 %
結晶化温度: 293.65 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 20% v/v 2-Propanol, 0.1 M Tris pH 8.0, 5% w/v PEG 8,000, 6% 2-Methyl-2,4-pentanediol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年1月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.09→112.3 Å / Num. obs: 76048 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 44.72 Å2 / CC1/2: 0.993 / Net I/σ(I): 6.6
反射 シェル解像度: 2.09→2.13 Å / Num. unique obs: 3801 / CC1/2: 0.318

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21.1_5286精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.09→79.81 Å / SU ML: 0.3434 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.5706
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2471 3680 4.9 %
Rwork0.2123 71430 -
obs0.214 75110 98.77 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 57.98 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.09→79.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5982 0 203 178 6363
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0026335
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.55538599
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0415996
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00351062
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.4262476
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.09-2.120.39341430.39822522X-RAY DIFFRACTION90.4
2.12-2.150.42741330.37432579X-RAY DIFFRACTION94
2.15-2.180.32381240.35442634X-RAY DIFFRACTION94.81
2.18-2.210.35871210.34662651X-RAY DIFFRACTION95.69
2.21-2.240.35211460.32892665X-RAY DIFFRACTION96.37
2.24-2.280.35491410.31092709X-RAY DIFFRACTION98.45
2.28-2.320.35811350.31382790X-RAY DIFFRACTION99.59
2.32-2.360.32811430.30652732X-RAY DIFFRACTION99.76
2.36-2.410.34881330.31492769X-RAY DIFFRACTION99.9
2.41-2.460.33961600.28982740X-RAY DIFFRACTION99.97
2.46-2.510.32331480.26692796X-RAY DIFFRACTION99.93
2.51-2.570.2911570.24682752X-RAY DIFFRACTION99.76
2.57-2.630.22821350.22982752X-RAY DIFFRACTION99.83
2.63-2.70.27131220.21542786X-RAY DIFFRACTION99.9
2.7-2.780.26361410.20932782X-RAY DIFFRACTION99.97
2.78-2.870.2661420.22032782X-RAY DIFFRACTION100
2.87-2.980.28681570.24522756X-RAY DIFFRACTION100
2.98-3.10.29641480.22942772X-RAY DIFFRACTION100
3.1-3.240.27221330.21832767X-RAY DIFFRACTION100
3.24-3.410.21631520.20312798X-RAY DIFFRACTION100
3.41-3.620.1981290.19892796X-RAY DIFFRACTION100
3.62-3.90.21421470.18212782X-RAY DIFFRACTION100
3.9-4.290.18821400.16172811X-RAY DIFFRACTION100
4.29-4.910.18231510.14582799X-RAY DIFFRACTION100
4.91-6.190.21041380.17752835X-RAY DIFFRACTION100
6.19-79.810.24811610.20342873X-RAY DIFFRACTION99.57

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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