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- PDB-9ghi: Machupo virus GP1-GP2 heterodimer in complex with Fab of MAC1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ghi
タイトルMachupo virus GP1-GP2 heterodimer in complex with Fab of MAC1
要素
  • Glycoprotein G2
  • MAC1 heavy chain
  • MAC1 light chain
  • Pre-glycoprotein polyprotein GP complex
キーワードVIRAL PROTEIN / Machupo virus Glycoprotein Prefusion Fab
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell Golgi membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / host cell endoplasmic reticulum membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Arenavirus glycoprotein, zinc binding domain / Arenavirus glycoprotein / Arenavirus glycoprotein
類似検索 - ドメイン・相同性
Pre-glycoprotein polyprotein GP complex / Pre-glycoprotein polyprotein GP complex
類似検索 - 構成要素
生物種Mammarenavirus machupoense (ウイルス)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.41 Å
データ登録者Bowden, T.A. / Paesen, G.C.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/L009528/1 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/S007555/1 英国
引用ジャーナル: Mbio / 年: 2025
タイトル: Structure and stabilization of the antigenic glycoprotein building blocks of the New World mammarenavirus spike complex.
著者: Paesen, G.C. / Ng, W.M. / Kimuda, S. / Sutton, G. / Doores, K.J. / Bowden, T.A.
履歴
登録2024年8月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年6月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年6月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22025年7月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pre-glycoprotein polyprotein GP complex
B: Glycoprotein G2
H: MAC1 heavy chain
L: MAC1 light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,53011
ポリマ－96,0084
非ポリマー3,5217
水2,072115
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14090 Å2
ΔGint8 kcal/mol
Surface area36180 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)46.682, 73.585, 184.958
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.003, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Pre-glycoprotein polyprotein GP complex / Pre-GP-C


分子量: 23546.824 Da / 分子数: 1 / 変異: L88C, E258S, S260R, L261K, K262R / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mammarenavirus machupoense (ウイルス)
遺伝子: GPC / 発現宿主: Spodoptera (蝶・蛾) / 参照: UniProt: Q8AZ57
#2: タンパク質 Glycoprotein G2 / GP2


分子量: 23122.908 Da / 分子数: 1 / 変異: A263S, E332P, L340C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mammarenavirus machupoense (ウイルス)
遺伝子: GPC, GP-C / 発現宿主: Spodoptera (蝶・蛾) / 参照: UniProt: Q6IUF7

-
抗体 , 2種, 2分子 HL

#3: 抗体 MAC1 heavy chain


分子量: 25248.092 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 抗体 MAC1 light chain


分子量: 24090.553 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
糖 , 5種, 7分子

#5: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 894.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3-4/a4-b1_a6-e1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE
#7: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#8: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#9: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 1種, 115分子

#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 115 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.82 %
結晶化温度: 293.65 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 90 mM Li2SO4, 90 mM Na2SO4, 90 mM K2SO4 12.5 % w/v PEG 4000, 20% w/v 1,2,6-Hexanetriol 0.1 M Gly-Gly/AMPD pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9179 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9179 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.41→184.93 Å / Num. obs: 48718 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 53.84 Å2 / CC1/2: 0.989 / Net I/σ(I): 6.5
反射 シェル解像度: 2.41→2.45 Å / Num. unique obs: 2434 / CC1/2: 0.314

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21.1_5286精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.41→47.25 Å / SU ML: 0.4234 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.6306
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2678 2449 5.03 %
Rwork0.2302 46192 -
obs0.232 48641 99.76 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 66.74 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.41→47.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6063 0 233 115 6411
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00266452
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.53298749
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04251012
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00381089
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.17022568
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.41-2.460.38361470.36182689X-RAY DIFFRACTION97.73
2.46-2.510.38651660.34972628X-RAY DIFFRACTION99.82
2.51-2.570.33271670.33862705X-RAY DIFFRACTION99.76
2.57-2.630.36561310.30942726X-RAY DIFFRACTION99.79
2.63-2.710.29811390.31062669X-RAY DIFFRACTION99.75
2.71-2.790.37141640.33062679X-RAY DIFFRACTION99.89
2.79-2.880.40731290.3212706X-RAY DIFFRACTION99.89
2.88-2.980.33171510.2922712X-RAY DIFFRACTION99.9
2.98-3.10.32511420.26432727X-RAY DIFFRACTION99.97
3.1-3.240.31921300.25472704X-RAY DIFFRACTION100
3.24-3.410.29441410.26162716X-RAY DIFFRACTION100
3.41-3.620.29661450.24932758X-RAY DIFFRACTION99.93
3.62-3.90.23821460.21742717X-RAY DIFFRACTION100
3.9-4.290.22861400.18282730X-RAY DIFFRACTION100
4.29-4.920.18241490.16012719X-RAY DIFFRACTION99.93
4.92-6.190.25361150.18572793X-RAY DIFFRACTION100
6.19-47.250.20741470.20242814X-RAY DIFFRACTION99.56
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 5.98373355808 Å / Origin y: 15.7275172113 Å / Origin z: 37.6183773405 Å
111213212223313233
T0.585889813259 Å2-0.00141957382983 Å20.0269580402922 Å2-0.332882748711 Å20.0171229883541 Å2--0.493716628288 Å2
L0.267169262481 °2-0.0469184199738 °2-0.300044464529 °2-0.246233459946 °20.368326593892 °2--2.62570367454 °2
S-0.0595931038241 Å °-0.0442694637214 Å °0.0067280445766 Å °0.324565147531 Å °0.0472508134077 Å °-0.0147094021261 Å °0.181295259829 Å °-0.0346412405671 Å °0.00752382449488 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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