PDB-9gh9: A novel aminotransferase from Streptomyces sp.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9gh9

タイトル

A novel aminotransferase from Streptomyces sp.

要素

Aspartate aminotransferase family protein

キーワード

TRANSFERASE

機能・相同性

機能・相同性情報

transaminase activity / biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces sp. BV333 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.49 Å

データ登録者

De Rose, S.A. / Isupov, M.N. / Patti, S.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: A novel aminotransferase from Streptomyces sp.
著者: De Rose, S.A. / Isupov, M.N. / Patti, S.

履歴

登録	2024年8月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年8月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9gh9.cif.gz	391.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9gh9.ent.gz	309.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9gh9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9gh9_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9gh9_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	9gh9_validation.xml.gz	55.6 KB	表示
CIF形式データ	9gh9_validation.cif.gz	79.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gh/9gh9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gh/9gh9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Aspartate aminotransferase family protein

B: Aspartate aminotransferase family protein

ヘテロ分子

105 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.32, 176.1, 60.85
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 90
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-652- HOH
2	1	A-734- HOH
3	1	A-1193- HOH
4	1	A-1209- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LYS / Beg label comp-ID: LYS / End auth comp-ID: HIS / End label comp-ID: HIS / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 9 - 461 / Label seq-ID: 9 - 461

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Aspartate aminotransferase family protein 分子量: 51545.812 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces sp. BV333 (バクテリア) 遺伝子: OIM89_06295 / プラスミド: pETITE / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0AA46ZEV9
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸分子量: 247.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₀NO₆P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1169 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.56 %
結晶化	温度: 292.15 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2 M Potassium thiocyanate 0.1 M Bis-Tris propane 6.5 20 % w/v PEG 3350 1 mM PLP Temp details: Memmert incubator

-
データ収集

回折	平均測定温度: 113.15 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.49→60.85 Å / Num. obs: 112260 / % possible obs: 81.38 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 10.33 % / B_iso Wilson estimate: 11.89 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.041 / R_pim(I) all: 0.012 / R_rim(I) all: 0.043 / Net I/σ(I): 31.8
反射シェル	解像度: 1.49→1.52 Å / R_merge(I) obs: 0.192 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 724 / CC_1/2: 0.9 / R_pim(I) all: 0.188 / R_rim(I) all: 0.269 / % possible all: 10.66

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
xia2	3.9	データ削減
XSCALE		データスケーリング
MoRDa		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.49→60.85 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.977 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.968 / SU B: 1.053 / SU ML: 0.039 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.072 / ESU R Free: 0.073 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1585	5565	4.957 %
R_work	0.1285	106694	-
all	0.13	-	-
obs	-	112259	81.383 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.655 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.091 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.904 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.813 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.49→60.85 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7094	0	95	1169	8358

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.012	7649
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	7042
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.842	1.83	10440
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.655	1.747	16247
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.108	5	979
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	7.92	5	54
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.563	10	1172
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.838	10	362
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.1	0.2	1117
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	9148
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1812
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.227	0.2	1640
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.189	0.2	6770
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.187	0.2	3780
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	3753
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.162	0.2	892
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.101	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.297	0.2	57
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.265	0.2	226
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.198	0.2	106
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.126	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.457	1.413	3724
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.457	1.413	3724
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.157	2.531	4678
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.157	2.533	4679
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.451	1.681	3925
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.423	1.678	3914
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.644	2.967	5731
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.611	2.96	5714
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.751	20.626	9318
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.751	20.626	9319
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.076	0.05	15514

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07633	0.05009
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07633	0.05009

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.49-1.529	0.262	70	0.232	1380	0.234	10119	0.961	0.969	14.3295	0.22
1.529-1.571	0.216	182	0.189	3173	0.191	9818	0.97	0.98	34.1719	0.171
1.571-1.616	0.223	252	0.165	4757	0.168	9539	0.973	0.985	52.5107	0.147
1.616-1.666	0.21	301	0.153	5883	0.156	9306	0.973	0.986	66.4518	0.137
1.666-1.721	0.167	370	0.137	6889	0.139	8987	0.983	0.989	80.7722	0.124
1.721-1.781	0.179	415	0.127	7544	0.13	8767	0.979	0.99	90.7836	0.116
1.781-1.848	0.172	396	0.128	7716	0.13	8435	0.982	0.99	96.1707	0.119
1.848-1.923	0.159	402	0.119	7704	0.121	8140	0.984	0.991	99.5823	0.112
1.923-2.009	0.155	340	0.123	7459	0.124	7799	0.985	0.991	100	0.118
2.009-2.107	0.157	364	0.126	7116	0.127	7480	0.985	0.991	100	0.123
2.107-2.221	0.151	352	0.124	6736	0.125	7088	0.986	0.991	100	0.123
2.221-2.355	0.147	359	0.111	6399	0.113	6758	0.987	0.993	100	0.113
2.355-2.517	0.136	310	0.109	6056	0.111	6366	0.989	0.993	100	0.113
2.517-2.719	0.144	290	0.116	5631	0.118	5921	0.987	0.992	100	0.123
2.719-2.978	0.167	259	0.122	5218	0.124	5477	0.982	0.991	100	0.131
2.978-3.328	0.154	264	0.13	4722	0.131	4986	0.985	0.99	100	0.143
3.328-3.841	0.145	240	0.125	4199	0.126	4439	0.988	0.991	100	0.145
3.841-4.7	0.14	178	0.118	3603	0.119	3781	0.989	0.992	100	0.144
4.7-6.627	0.17	142	0.157	2830	0.157	2972	0.986	0.99	100	0.188
6.627-60.85	0.209	79	0.19	1679	0.191	1759	0.972	0.975	99.9431	0.235

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