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- PDB-9gh3: pleckstrin homology domain interacting protein with crystallizati... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9gh3
タイトルpleckstrin homology domain interacting protein with crystallization epitope mutations L1408N:R1409E
要素PH-interacting protein
キーワードPROTEIN BINDING / Crystal Epitopes / Bromodomain
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of insulin-like growth factor receptor signaling pathway / regulation of cell morphogenesis / regulation of protein phosphorylation / histone reader activity / RHOBTB2 GTPase cycle / positive regulation of mitotic nuclear division / cytoskeleton organization / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / insulin receptor binding / insulin receptor signaling pathway ...positive regulation of insulin-like growth factor receptor signaling pathway / regulation of cell morphogenesis / regulation of protein phosphorylation / histone reader activity / RHOBTB2 GTPase cycle / positive regulation of mitotic nuclear division / cytoskeleton organization / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / insulin receptor binding / insulin receptor signaling pathway / regulation of cell shape / positive regulation of cell population proliferation / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / : / : / BRWD/PHIP ancillary domain-like domain / BRWD1-like, N-terminal domain / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / bromo domain / Bromodomain ...: / : / : / BRWD/PHIP ancillary domain-like domain / BRWD1-like, N-terminal domain / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain (BrD) profile. / Bromodomain-like superfamily / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PH-interacting protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.19 Å
データ登録者Fairhead, M. / Strain-Damerell, C. / Ye, M. / Mackinnon, S.R. / Pinkas, D. / MacLean, E.M. / Koekemoer, L. / Damerell, D. / Krojer, T. / Arrowsmith, C.H. ...Fairhead, M. / Strain-Damerell, C. / Ye, M. / Mackinnon, S.R. / Pinkas, D. / MacLean, E.M. / Koekemoer, L. / Damerell, D. / Krojer, T. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / Yue, W. / Burgess-Brown, N. / Marsden, B. / von Delft, F. / Structural Genomics Consortium (SGC)
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: A fast, parallel method for efficiently exploring crystallization behaviour of large numbers of protein variants
著者: Fairhead, M. / Strain-Damerell, C. / Ye, M. / Mackinnon, S.R. / Pinkas, D. / MacLean, E.M. / Koekemoer, L. / Damerell, D. / Krojer, T. / Yue, W. / Burgess-Brown, N. / Marsden, B. / von Delft, F.
履歴
登録2024年8月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PH-interacting protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,1912
ポリマ－15,1291
非ポリマー621
水3,927218
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area260 Å2
ΔGint3 kcal/mol
Surface area8500 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)83.77, 26.98, 55.83
Angle α, β, γ (deg.)90, 100.56, 90
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 PH-interacting protein / PHIP / DDB1- and CUL4-associated factor 14 / IRS-1 PH domain-binding protein / WD repeat-containing protein 11


分子量: 15129.050 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PHIP, DCAF14, WDR11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8WWQ0
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 218 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.99 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% PEG3000 0.1M citrate pH 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9282 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9282 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.16→41.21 Å / Num. obs: 40440 / % possible obs: 94.7 % / 冗長度: 2.7 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル解像度: 1.16→1.19 Å / Num. unique obs: 2175 / CC1/2: 0.876

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0430 (refmacat 0.4.77)精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.19→41.21 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / SU B: 0.821 / SU ML: 0.036 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.046 / ESU R Free: 0.048 / 詳細: Hydrogens have not been used
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2022 1868 4.969 %
Rwork0.1791 35726 -
all0.18 --
obs-37594 94.424 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 18.842 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.151 Å20 Å20.738 Å2
2--0.197 Å20 Å2
3----0.582 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.19→41.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1053 0 4 220 1277
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0121140
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0411.8431547
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.7265140
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg11.902510
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.33210203
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg16.2041059
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.110.2163
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.02889
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.20.2457
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2970.2768
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2030.2121
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1690.271
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1990.221
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1781.426545
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.5982.59690
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.7811.755595
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.043.111857
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it5.5223.7721800
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
1.19-1.2210.3291110.3123940.31129310.9150.91985.46570.299
1.221-1.2540.3271100.30921470.30928000.9140.92480.60710.302
1.254-1.2910.2871280.26822920.26928140.9390.94385.99860.257
1.291-1.330.2081320.24722310.24426530.9650.95389.0690.228
1.33-1.3740.2431320.22224290.22326020.9560.96598.42430.198
1.374-1.4220.2311080.20724080.20825620.9690.9798.20450.185
1.422-1.4760.2231150.19322590.19424230.970.97597.97770.17
1.476-1.5360.1891150.1721710.17123330.9760.9897.98540.152
1.536-1.6040.1821050.15920940.16122460.9770.98497.90740.143
1.604-1.6820.1841020.15520460.15721730.9790.98498.84950.144
1.682-1.7730.1871090.16118830.16320430.9760.98397.50370.151
1.773-1.880.168990.16618250.16619480.980.98298.7680.156
1.88-2.010.1971000.16517120.16718400.9770.98398.47830.159
2.01-2.1710.165890.15915710.15916980.9840.98697.76210.16
2.171-2.3770.2740.16614780.16815830.9750.98498.04170.171
2.377-2.6570.181690.17213580.17214470.9810.98298.61780.181
2.657-3.0650.192660.17411800.17512720.9750.98197.9560.191
3.065-3.7490.212480.1629840.16410770.9720.98395.82170.186
3.749-5.280.208420.1628000.1648660.9790.98397.22860.191
5.28-41.210.249140.2114630.2125010.970.97395.20960.267

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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