PDB-9gh3: pleckstrin homology domain interacting protein with crystallizati...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9gh3

タイトル

pleckstrin homology domain interacting protein with crystallization epitope mutations L1408N:R1409E

要素

PH-interacting protein

キーワード

PROTEIN BINDING / Crystal Epitopes / Bromodomain

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of cell morphogenesis / positive regulation of insulin-like growth factor receptor signaling pathway / regulation of protein phosphorylation / RHOBTB2 GTPase cycle / : / cytoskeleton organization / positive regulation of mitotic nuclear division / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / insulin receptor binding / insulin receptor signaling pathway ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.19 Å

データ登録者

Fairhead, M. / Strain-Damerell, C. / Ye, M. / Mackinnon, S.R. / Pinkas, D. / MacLean, E.M. / Koekemoer, L. / Damerell, D. / Krojer, T. / Arrowsmith, C.H. ...

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: A fast, parallel method for efficiently exploring crystallization behaviour of large numbers of protein variants
著者: Fairhead, M. / Strain-Damerell, C. / Ye, M. / Mackinnon, S.R. / Pinkas, D. / MacLean, E.M. / Koekemoer, L. / Damerell, D. / Krojer, T. / Yue, W. / Burgess-Brown, N. / Marsden, B. / von Delft, F.

履歴

登録	2024年8月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年8月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9gh3.cif.gz	49 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9gh3.ent.gz	31.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9gh3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9gh3_validation.pdf.gz	425.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9gh3_full_validation.pdf.gz	425.4 KB	表示
XML形式データ	9gh3_validation.xml.gz	9.6 KB	表示
CIF形式データ	9gh3_validation.cif.gz	14 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gh/9gh3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gh/9gh3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8ru1C 8ru5C 9gdkC 9giiC 9gleC 9gp1C 9gp4C 9h44C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: PH-interacting protein

ヘテロ分子

15.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	83.77, 26.98, 55.83
Angle α, β, γ (deg.)	90, 100.56, 90
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	PH-interacting protein / PHIP / DDB1- and CUL4-associated factor 14 / IRS-1 PH domain-binding protein / WD repeat-containing protein 11 分子量: 15129.050 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PHIP, DCAF14, WDR11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8WWQ0
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 218 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.99 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% PEG3000 0.1M citrate pH 5.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9282 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9282 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.16→41.21 Å / Num. obs: 40440 / % possible obs: 94.7 % / 冗長度: 2.7 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 10.5
反射シェル	解像度: 1.16→1.19 Å / Num. unique obs: 2175 / CC_1/2: 0.876

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0430 (refmacat 0.4.77)	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.19→41.21 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.962 / SU B: 0.821 / SU ML: 0.036 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.046 / ESU R Free: 0.048 / 詳細: Hydrogens have not been used

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2022	1868	4.969 %
R_work	0.1791	35726	-
all	0.18	-	-
obs	-	37594	94.424 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.842 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.151 Å²	0 Å²	0.738 Å²
2-	-	0.197 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.582 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.19→41.21 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1053	0	4	220	1277

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.012	1140
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.041	1.843	1547
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.726	5	140
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	11.902	5	10
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.332	10	203
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.204	10	59
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.11	0.2	163
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	889
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.2	0.2	457
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.297	0.2	768
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.203	0.2	121
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.169	0.2	71
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.199	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.178	1.426	545
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.598	2.59	690
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.781	1.755	595
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.04	3.111	857
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.52	23.772	1800

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.19-1.221	0.329	111	0.31	2394	0.311	2931	0.915	0.919	85.4657	0.299
1.221-1.254	0.327	110	0.309	2147	0.309	2800	0.914	0.924	80.6071	0.302
1.254-1.291	0.287	128	0.268	2292	0.269	2814	0.939	0.943	85.9986	0.257
1.291-1.33	0.208	132	0.247	2231	0.244	2653	0.965	0.953	89.069	0.228
1.33-1.374	0.243	132	0.222	2429	0.223	2602	0.956	0.965	98.4243	0.198
1.374-1.422	0.231	108	0.207	2408	0.208	2562	0.969	0.97	98.2045	0.185
1.422-1.476	0.223	115	0.193	2259	0.194	2423	0.97	0.975	97.9777	0.17
1.476-1.536	0.189	115	0.17	2171	0.171	2333	0.976	0.98	97.9854	0.152
1.536-1.604	0.182	105	0.159	2094	0.161	2246	0.977	0.984	97.9074	0.143
1.604-1.682	0.184	102	0.155	2046	0.157	2173	0.979	0.984	98.8495	0.144
1.682-1.773	0.187	109	0.161	1883	0.163	2043	0.976	0.983	97.5037	0.151
1.773-1.88	0.168	99	0.166	1825	0.166	1948	0.98	0.982	98.768	0.156
1.88-2.01	0.197	100	0.165	1712	0.167	1840	0.977	0.983	98.4783	0.159
2.01-2.171	0.165	89	0.159	1571	0.159	1698	0.984	0.986	97.7621	0.16
2.171-2.377	0.2	74	0.166	1478	0.168	1583	0.975	0.984	98.0417	0.171
2.377-2.657	0.181	69	0.172	1358	0.172	1447	0.981	0.982	98.6178	0.181
2.657-3.065	0.192	66	0.174	1180	0.175	1272	0.975	0.981	97.956	0.191
3.065-3.749	0.212	48	0.162	984	0.164	1077	0.972	0.983	95.8217	0.186
3.749-5.28	0.208	42	0.162	800	0.164	866	0.979	0.983	97.2286	0.191
5.28-41.21	0.249	14	0.211	463	0.212	501	0.97	0.973	95.2096	0.267

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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