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- PDB-9ggk: Crystal structure of Danio rerio histone deacetylase 6 catalytic ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ggk
タイトルCrystal structure of Danio rerio histone deacetylase 6 catalytic domain 2 (CD2) in complex with N-((6-(Hydroxyamino)-6-oxohexyl)oxy)-4-(4-methoxyphenyl)thiazole-2-carboxamide
要素Histone deacetylase 6
キーワードHYDROLASE / Histone deacetylase / zinc enzyme / inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


Aggrephagy / tubulin deacetylase activity / swimming behavior / definitive hemopoiesis / protein lysine deacetylase activity / histone deacetylase activity / potassium ion binding / histone deacetylase complex / hematopoietic progenitor cell differentiation / epigenetic regulation of gene expression ...Aggrephagy / tubulin deacetylase activity / swimming behavior / definitive hemopoiesis / protein lysine deacetylase activity / histone deacetylase activity / potassium ion binding / histone deacetylase complex / hematopoietic progenitor cell differentiation / epigenetic regulation of gene expression / angiogenesis / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Ubiquitin Carboxyl-terminal Hydrolase-like zinc finger / Zinc finger, UBP-type / Zn-finger in ubiquitin-hydrolases and other protein / Zinc finger UBP-type profile. / : / Histone deacetylase family / Histone deacetylase domain / Histone deacetylase domain superfamily / Histone deacetylase domain / Ureohydrolase domain superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Histone deacetylase 6
類似検索 - 構成要素
生物種Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Hebeis, M. / Fischer, F. / Kurz, T. / Span, I.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
Not funded ドイツ
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2024
タイトル: Deciphering the Therapeutic Potential of Novel Pentyloxyamide-Based Class I, IIb HDAC Inhibitors against Therapy-Resistant Leukemia.
著者: Fischer, F. / Schliehe-Diecks, J. / Tu, J.W. / Gangnus, T. / Ho, Y.L. / Hebeis, M. / Alves Avelar, L.A. / Scharov, K. / Watrin, T. / Kemkes, M. / Stachura, P. / Daugs, K. / Biermann, L. / ...著者: Fischer, F. / Schliehe-Diecks, J. / Tu, J.W. / Gangnus, T. / Ho, Y.L. / Hebeis, M. / Alves Avelar, L.A. / Scharov, K. / Watrin, T. / Kemkes, M. / Stachura, P. / Daugs, K. / Biermann, L. / Kremeyer, J. / Horstick, N. / Span, I. / Pandyra, A.A. / Borkhardt, A. / Gohlke, H. / Kassack, M.U. / Burckhardt, B.B. / Bhatia, S. / Kurz, T.
履歴
登録2024年8月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年12月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histone deacetylase 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,9276
ポリマ－40,2851
非ポリマー6415
水1,44180
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area920 Å2
ΔGint-119 kcal/mol
Surface area13060 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)42.278, 87.098, 179.771
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-975-

HOH

21A-978-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Histone deacetylase 6


分子量: 40285.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
遺伝子: hdac6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F8W4B7
#2: 化合物 ChemComp-A1IK2 / 4-(4-methoxyphenyl)-~{N}-[6-(oxidanylamino)-6-oxidanylidene-hexoxy]-1,3-thiazole-2-carboxamide


分子量: 379.431 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N3O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 80 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.12 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M sodium acetate, 0.1 sodium formate, 28% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.9677 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年1月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9677 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→44.983 Å / Num. obs: 25240 / % possible obs: 94.6 % / 冗長度: 7.5 % / CC1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 9.4
反射 シェル解像度: 1.9→1.94 Å / 冗長度: 6.8 % / Num. unique obs: 1550 / CC1/2: 0.453 / % possible all: 90.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
autoPROCdata processing
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
REFMAC5.5精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→44.983 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / SU B: 5.411 / SU ML: 0.144 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.199 / ESU R Free: 0.183 / 詳細: Hydrogens have not been used
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2672 1260 5.002 %
Rwork0.208 23929 -
all0.211 --
obs-25189 94.172 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 27.23 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.196 Å20 Å20 Å2
2---0.852 Å2-0 Å2
3---0.656 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→44.983 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2744 0 30 80 2854
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0122892
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8761.823930
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7155364
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg10.9457.58629
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.20410462
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg15.39410136
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1140.2423
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.022250
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2150.21389
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3140.21962
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.120.2141
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0430.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2140.273
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1680.29
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.152.5161429
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.0924.5061790
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.2022.841463
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.8185.052136
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it6.12529.6724460
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.9490.612740.6121690X-RAY DIFFRACTION90.4615
1.949-2.0030.664970.5831685X-RAY DIFFRACTION93.2008
2.003-2.060.463980.4581578X-RAY DIFFRACTION92.24
2.06-2.1240.348960.321571X-RAY DIFFRACTION91.1926
2.124-2.1930.311800.2481531X-RAY DIFFRACTION92.5862
2.193-2.270.287670.2131497X-RAY DIFFRACTION94.0469
2.27-2.3550.282820.1921429X-RAY DIFFRACTION92.9846
2.355-2.4510.233690.1911394X-RAY DIFFRACTION93.4227
2.451-2.560.273630.1961368X-RAY DIFFRACTION94.021
2.56-2.6850.234620.1961300X-RAY DIFFRACTION94.5833
2.685-2.8290.284680.1941262X-RAY DIFFRACTION95.8213
2.829-30.234640.1891184X-RAY DIFFRACTION96.0739
3-3.2060.217570.1841153X-RAY DIFFRACTION97.4235
3.206-3.4620.226590.182928X-RAY DIFFRACTION86.2762
3.462-3.790.231540.162993X-RAY DIFFRACTION98.4948
3.79-4.2330.223460.156928X-RAY DIFFRACTION100
4.233-4.8810.142370.138826X-RAY DIFFRACTION99.7688
4.881-5.9610.236350.193708X-RAY DIFFRACTION100
5.961-8.3560.305310.213560X-RAY DIFFRACTION100
8.356-44.9830.309210.198344X-RAY DIFFRACTION99.455

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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