PDB-9ggi: Crystal structure of argininosuccinate lyase from Arabidopsis tha...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9ggi

タイトル

Crystal structure of argininosuccinate lyase from Arabidopsis thaliana (AtASL)

要素

Argininosuccinate lyase, chloroplastic

キーワード

LYASE / arginine / urea cycle / complex / argininosuccinate

機能・相同性

機能・相同性情報

argininosuccinate lyase / argininosuccinate lyase activity / L-arginine biosynthetic process via ornithine / L-arginine biosynthetic process / chloroplast stroma / chloroplast
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Nielipinski, M. / Pietrzyk-Brzezinska, A.J. / Krzeszewska, D. / Sekula, B.

資金援助

ポーランド, 1件

引用

ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2024
タイトル: Arabidopsis thaliana argininosuccinate lyase structure uncovers the role of serine as the catalytic base.
著者: Nielipinski, M. / Nielipinska, D. / Pietrzyk-Brzezinska, A.J. / Sekula, B.

履歴

登録	2024年8月13日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年10月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月30日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.journal_volume / _citation_author.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9ggi.cif.gz	1.4 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9ggi.ent.gz	1.2 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9ggi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	9ggi_validation.pdf.gz	535.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9ggi_full_validation.pdf.gz	570.6 KB	表示
XML形式データ	9ggi_validation.xml.gz	199.1 KB	表示
CIF形式データ	9ggi_validation.cif.gz	280.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gg/9ggi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gg/9ggi	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	9ggjC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (11) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (7)

登録構造単位

A: Argininosuccinate lyase, chloroplastic

B: Argininosuccinate lyase, chloroplastic

C: Argininosuccinate lyase, chloroplastic

D: Argininosuccinate lyase, chloroplastic

E: Argininosuccinate lyase, chloroplastic

F: Argininosuccinate lyase, chloroplastic

G: Argininosuccinate lyase, chloroplastic

H: Argininosuccinate lyase, chloroplastic

ヘテロ分子

422 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Argininosuccinate lyase, chloroplastic

B: Argininosuccinate lyase, chloroplastic

C: Argininosuccinate lyase, chloroplastic

D: Argininosuccinate lyase, chloroplastic

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
211 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

E: Argininosuccinate lyase, chloroplastic

F: Argininosuccinate lyase, chloroplastic

G: Argininosuccinate lyase, chloroplastic

H: Argininosuccinate lyase, chloroplastic

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
211 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	106.044, 229.542, 111.586
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.56, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質	Argininosuccinate lyase, chloroplastic / Arginosuccinase 分子量: 51979.062 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: At5g10920, T30N20.190 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9LEU8, argininosuccinate lyase

-
非ポリマー , 5種, 4558分子

#2: 化合物	... ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	... ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 4490 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 3.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.07 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.1M BIS-TRIS pH 5.5, 2.0M Ammonium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.976 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年5月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.55→48.48 Å / Num. obs: 720570 / % possible obs: 94.1 % / 冗長度: 2.5 % / CC_1/2: 0.99 / R_merge(I) obs: 0.049 / R_rim(I) all: 0.061 / Net I/σ(I): 13
反射シェル	解像度: 1.55→1.61 Å / R_merge(I) obs: 0.606 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 73727 / CC_1/2: 0.55 / R_rim(I) all: 0.775 / % possible all: 96.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.55→48.45 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.979 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.97 / SU B: 2.591 / SU ML: 0.047 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.056 / ESU R Free: 0.059 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.17118	3603	0.5 %	RANDOM
R_work	0.14702	-	-	-
obs	0.14714	716967	94.1 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.517 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.9 Å²	-0 Å²	0.6 Å²
2-	-	0.64 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.25 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.55→48.45 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	28197	0	334	4490	33021

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.012	29786
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	28524
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.935	1.831	40482
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.682	1.767	65923
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.319	5	3851
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	5.702	5	205
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.459	10	5380
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.098	0.2	4668
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	35095
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	6689
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.016	0.33	14663
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.016	0.33	14663
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.583	0.584	18383
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.583	0.584	18384
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.707	0.627	15123
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.51	0.586	14968
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.788	0.927	21733
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	8.17	9.33	36902
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	7.808	4.41	35067
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.551→1.592 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.267	272	-
R_work	0.271	54176	-
obs	-	-	96.25 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.3191	2.7283	-2.1767	4.4139	-4.1429	4.1495	0.1853	-0.4201	-0.0958	0.333	-0.3223	-0.199	-0.3077	0.1433	0.1369	0.3952	-0.0697	-0.1312	0.244	-0.0211	0.1896	52.03	19.338	25.109
2	0.3853	-0.7858	-0.0179	2.8809	0.5389	0.2016	-0.0739	-0.0422	0.0865	0.2595	0.0933	-0.1946	0.0216	0.0021	-0.0195	0.4441	-0.0484	-0.0739	0.1314	-0.0395	0.148	53.866	38.068	20.501
3	0.1452	-0.1034	-0.0856	0.1566	0.0876	0.0899	-0.0049	-0.0266	0.0109	-0.0183	-0.0018	-0.0153	-0.0343	0.0208	0.0067	0.3366	-0.0063	-0.0508	0.1776	-0.0007	0.1639	59.264	13.855	-0.306
4	3.5818	0.9668	3.9573	1.0812	0.5191	4.7855	0.1012	0.0228	-0.3375	-0.1697	0.0998	-0.2452	0.1037	-0.0619	-0.201	0.4752	0.0118	-0.0965	0.128	-0.0892	0.1662	69.289	-8.674	-31.843
5	0.1942	0.2086	0.0365	2.2153	1.3767	1.0068	-0.0701	0.1388	-0.0074	0.0102	0.2208	-0.1518	0.0217	0.1388	-0.1507	0.3631	-0.017	-0.0283	0.2186	-0.0382	0.1339	72.055	-3.511	-30.935
6	4.8559	1.8916	2.4537	15.7031	6.3156	3.1618	0.3758	-0.0349	0.0824	0.2665	-0.6207	0.5735	0.207	-0.2213	0.2449	0.4134	-0.0796	-0.1088	0.3151	-0.1479	0.2219	45.258	-27.593	-13.516
7	0.1357	0.2261	-0.1143	0.4666	-0.2277	1.533	0.0043	0.0292	-0.0007	-0.1072	0.0021	0.0982	0.0196	-0.0428	-0.0064	0.3768	0.0001	-0.0932	0.1964	-0.0192	0.1277	45.443	-2.596	-30.587
8	0.4678	-0.6642	-1.0222	1.7982	0.7458	2.8519	-0.1164	0.0978	-0.0177	-0.051	0.0344	-0.0025	0.394	-0.292	0.082	0.4003	-0.0669	-0.1133	0.194	-0.0296	0.1095	37.741	-9.328	-28.558
9	0.1303	-0.0438	-0.0669	0.0538	0.0734	0.1056	-0.0144	0.019	0.0107	-0.0465	-0.015	0.0316	-0.0266	-0.0141	0.0294	0.3425	0.0052	-0.0622	0.1843	-0.0041	0.1597	38.46	11.002	-9.813
10	13.1209	5.8784	1.3633	7.8054	-2.7374	2.3104	-0.3794	-0.5221	0.6663	0.1579	0.5682	0.6769	-0.2395	-0.5689	-0.1888	0.3781	-0.011	-0.015	0.4162	-0.0486	0.2873	12.101	5.45	11.438
11	0.54	-0.2227	-0.1925	0.1831	0.118	0.1123	-0.0335	-0.025	-0.0367	-0.0538	0.0038	0.0292	-0.0039	-0.0061	0.0297	0.324	0.0014	-0.0606	0.1868	-0.0021	0.167	37.502	3.921	-3.563
12	12.7547	9.6354	12.143	13.6154	18.0124	23.9013	0.666	-0.9372	-0.1242	0.2382	-0.8864	0.1	0.2478	-1.1896	0.2204	0.2555	0.0427	-0.0067	0.257	-0.0471	0.3859	14.888	24.827	17.661
13	0.956	1.4605	0.9285	2.2828	1.4445	0.9933	0.1157	-0.1955	0.131	0.0343	-0.3195	0.2616	0.0518	-0.1122	0.2038	0.3673	0.0339	-0.0951	0.2199	-0.0943	0.2198	26.285	41.232	26.49
14	0.3462	0.26	0.6785	1.9082	2.1228	4.8468	0.0361	0.0334	0.2378	-0.1109	-0.0674	0.1655	-0.0647	-0.0744	0.0313	0.3558	0.0429	-0.0855	0.1186	0.0192	0.2901	27.956	33.336	-1.157
15	19.1245	-21.148	0.5059	29.5072	-2.1719	14.3637	1.0669	1.0818	-0.1869	-1.0946	-0.0384	0.6428	-0.5982	-0.5414	-1.0285	0.414	-0.0176	-0.109	0.3621	0.054	0.3116	18.429	3.394	-7.468
16	0.5123	0.3452	-0.2696	0.3898	-0.4528	0.799	-0.0885	0.032	-0.0293	-0.1156	0.0658	0.0279	0.0791	-0.1225	0.0227	0.2928	-0.0363	-0.076	0.2019	-0.0004	0.2061	18.871	-20.107	7.739
17	3.7459	0.2172	-1.0119	0.3897	-0.6249	1.132	-0.2631	0.5309	0.1196	-0.0497	0.2612	-0.022	0.1632	-0.4693	0.0018	0.2966	-0.0916	-0.1278	0.2691	0.0084	0.1347	15.675	-19.808	-0.538
18	0.2516	-0.0232	-0.0863	0.0276	-0.0036	0.0632	0.0045	-0.0234	-0.0416	-0.0239	-0.0045	0.0108	0.0061	-0.0004	-0	0.3026	-0.005	-0.0468	0.1915	0.0085	0.1839	46.931	-17.881	7.813
19	1.5475	-0.6458	-5.9395	0.3561	2.5496	22.951	-0.3366	0.0331	-0.1255	0.017	-0.1792	0.0504	1.0016	-0.1858	0.5158	0.6332	0.0681	0.0684	0.3758	-0.0148	0.4201	64.574	-15.794	-23.871
20	0.3371	-0.1237	-0.1295	0.1064	0.1359	0.1824	0.0177	0.0011	-0.0268	-0.035	-0.0032	0.0079	-0.0232	-0.0128	-0.0145	0.3284	-0.0028	-0.0422	0.1784	-0.0009	0.1659	49.61	-12.062	-0.514
21	3.1995	0.8276	0.1001	0.4978	-0.053	0.0337	-0.0257	-0.0031	-0.1102	-0.0371	0.0066	-0.0364	0.026	0.033	0.0191	0.2748	-0.002	-0.0557	0.2244	0.0305	0.1763	85.433	-21.783	9.928
22	30.2532	11.6316	-20.2394	6.7964	-4.699	28.463	0.68	-0.3961	0.9082	-0.004	-0.7191	-0.5296	-1.3659	0.4009	0.0391	0.3872	-0.0574	-0.0316	0.243	0.343	0.7079	77.371	12.746	7.756
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精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	67 - 89
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	90 - 158
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51	X-RAY DIFFRACTION	51	H	78 - 116
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53	X-RAY DIFFRACTION	53	H	146 - 409
54	X-RAY DIFFRACTION	54	H	410 - 487
55	X-RAY DIFFRACTION	55	H	488 - 515

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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