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- PDB-9gg8: Crystal structure of 14-3-3 sigma dC - C38N in complex with Tau p... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9gg8
タイトルCrystal structure of 14-3-3 sigma dC - C38N in complex with Tau pS214 peptide and covalent stabilizer 187
要素
  • 14-3-3 protein sigma
  • Microtubule-associated protein tau
キーワードPROTEIN BINDING / 14-3-3 / tau / protein-protein interaction / covalent stabilization
機能・相同性
機能・相同性情報


plus-end-directed organelle transport along microtubule / histone-dependent DNA binding / negative regulation of establishment of protein localization to mitochondrion / neurofibrillary tangle / microtubule lateral binding / axonal transport / tubulin complex / positive regulation of protein localization to synapse / negative regulation of tubulin deacetylation / phosphatidylinositol bisphosphate binding ...plus-end-directed organelle transport along microtubule / histone-dependent DNA binding / negative regulation of establishment of protein localization to mitochondrion / neurofibrillary tangle / microtubule lateral binding / axonal transport / tubulin complex / positive regulation of protein localization to synapse / negative regulation of tubulin deacetylation / phosphatidylinositol bisphosphate binding / generation of neurons / regulation of epidermal cell division / protein kinase C inhibitor activity / rRNA metabolic process / axonal transport of mitochondrion / positive regulation of epidermal cell differentiation / keratinocyte development / regulation of mitochondrial fission / keratinization / axon development / regulation of chromosome organization / central nervous system neuron development / intracellular distribution of mitochondria / regulation of cell-cell adhesion / minor groove of adenine-thymine-rich DNA binding / lipoprotein particle binding / microtubule polymerization / negative regulation of mitochondrial membrane potential / regulation of microtubule polymerization / dynactin binding / cAMP/PKA signal transduction / apolipoprotein binding / Regulation of localization of FOXO transcription factors / keratinocyte proliferation / main axon / protein polymerization / axolemma / glial cell projection / phosphoserine residue binding / Activation of BAD and translocation to mitochondria / Caspase-mediated cleavage of cytoskeletal proteins / negative regulation of keratinocyte proliferation / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / negative regulation of mitochondrial fission / establishment of skin barrier / negative regulation of protein localization to plasma membrane / neurofibrillary tangle assembly / positive regulation of axon extension / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / negative regulation of protein kinase activity / negative regulation of stem cell proliferation / regulation of cellular response to heat / Activation of AMPK downstream of NMDARs / positive regulation of superoxide anion generation / synapse assembly / RHO GTPases activate PKNs / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / regulation of long-term synaptic depression / supramolecular fiber organization / positive regulation of protein localization / cellular response to brain-derived neurotrophic factor stimulus / regulation of calcium-mediated signaling / cytoplasmic microtubule organization / positive regulation of microtubule polymerization / somatodendritic compartment / axon cytoplasm / astrocyte activation / stress granule assembly / phosphatidylinositol binding / positive regulation of cell adhesion / nuclear periphery / protein sequestering activity / regulation of microtubule cytoskeleton organization / protein export from nucleus / negative regulation of innate immune response / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / protein phosphatase 2A binding / release of cytochrome c from mitochondria / positive regulation of protein export from nucleus / stem cell proliferation / cellular response to reactive oxygen species / TP53 Regulates Metabolic Genes / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / Hsp90 protein binding / microglial cell activation / synapse organization / cellular response to nerve growth factor stimulus / protein homooligomerization / PKR-mediated signaling / regulation of synaptic plasticity / SH3 domain binding / response to lead ion / microtubule cytoskeleton organization / memory / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / neuron projection development / intracellular protein localization / cell-cell signaling
類似検索 - 分子機能
Microtubule-associated protein Tau / Microtubule associated protein, tubulin-binding repeat / Tau and MAP protein, tubulin-binding repeat / Tau and MAP proteins tubulin-binding repeat signature. / Tau and MAP proteins tubulin-binding repeat profile. / : / 14-3-3 protein sigma / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. ...Microtubule-associated protein Tau / Microtubule associated protein, tubulin-binding repeat / Tau and MAP protein, tubulin-binding repeat / Tau and MAP proteins tubulin-binding repeat signature. / Tau and MAP proteins tubulin-binding repeat profile. / : / 14-3-3 protein sigma / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. / 14-3-3 protein / 14-3-3 homologues / 14-3-3 domain / 14-3-3 domain superfamily / 14-3-3 protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-TW8 / Microtubule-associated protein tau / 14-3-3 protein sigma
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.1 Å
データ登録者van den Oetelaar, M.C.M. / van de Wijngaart, T.R. / Brunsveld, L. / Ottmann, C.
資金援助 オランダ, 1件
組織認可番号国
Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO) オランダ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Modulation of Tau Condensation with 14-3-3/Tau Molecular Glues
著者: van den Oetelaar, M.C.M. / Ravatt, L. / Maqueda Zelaya, F. / Oberheide, A.O. / van de Wijngaart, T.R. / van Veldhuisen, T.W. / van Boxtel, F.M.A. / Verhoef, C.J.A. / Cossar, P.J. / Wegmann, S. ...著者: van den Oetelaar, M.C.M. / Ravatt, L. / Maqueda Zelaya, F. / Oberheide, A.O. / van de Wijngaart, T.R. / van Veldhuisen, T.W. / van Boxtel, F.M.A. / Verhoef, C.J.A. / Cossar, P.J. / Wegmann, S. / Ottmann, C. / Brunsveld, L.
履歴
登録2024年8月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年8月27日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 14-3-3 protein sigma
P: Microtubule-associated protein tau
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,3773
ポリマ－28,0742
非ポリマー3021
水4,035224
1
A: 14-3-3 protein sigma
P: Microtubule-associated protein tau
ヘテロ分子

A: 14-3-3 protein sigma
P: Microtubule-associated protein tau
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,7546
ポリマ－56,1494
非ポリマー6052
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area4530 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area23810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.254, 112.509, 62.482
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 14-3-3 protein sigma / Epithelial cell marker protein 1 / Stratifin


分子量: 26553.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SFN, HME1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P31947
#2: タンパク質・ペプチド Microtubule-associated protein tau / Neurofibrillary tangle protein / Paired helical filament-tau / PHF-tau


分子量: 1520.580 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P10636
#3: 化合物 ChemComp-TW8 / 4-(3,4-dihydro-2~{H}-quinoxalin-1-ylsulfonyl)benzaldehyde


分子量: 302.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H14N2O3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 224 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.3 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Cocrystalization of 12 mg/ml protein, 2eq peptide and 1.8mM compound in 20 mM Sodium HEPES pH 7.5, 2 mM MgCl2, and 1.5 mM TCEP. Crystallization buffer: 0.19 M Calcium chloride dihydrate, 0. ...詳細: Cocrystalization of 12 mg/ml protein, 2eq peptide and 1.8mM compound in 20 mM Sodium HEPES pH 7.5, 2 mM MgCl2, and 1.5 mM TCEP. Crystallization buffer: 0.19 M Calcium chloride dihydrate, 0.095 M Sodium HEPES pH 7.1, 5% glycerol, and28% PEG 400, mixed 1:1 with cocrystal mix

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.96546 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年6月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96546 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.1→66.4 Å / Num. obs: 743401 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.3 % / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 13.7
反射 シェル解像度: 1.1→1.12 Å / Num. unique obs: 35764 / CC1/2: 0.719

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DIALS3.18.0データ収集
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0009精密化
Cootモデル構築
BUSTER精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.1→66.4 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.97 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2025 3872 1.71 %RANDOM
Rwork0.1985 ---
obs0.1986 226675 99.65 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.1→66.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1936 0 0 224 2160
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.653
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.346766
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.103296
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.02354
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.1-1.110.35581390.29187879X-RAY DIFFRACTION99
1.11-1.130.25361360.26877937X-RAY DIFFRACTION99
1.13-1.140.24381360.25377907X-RAY DIFFRACTION99
1.14-1.160.23311400.24337876X-RAY DIFFRACTION99
1.16-1.170.25571350.24497965X-RAY DIFFRACTION100
1.17-1.190.21231380.247863X-RAY DIFFRACTION100
1.19-1.210.2571400.23027959X-RAY DIFFRACTION100
1.21-1.230.24061380.22028028X-RAY DIFFRACTION100
1.23-1.250.21251330.21057864X-RAY DIFFRACTION100
1.25-1.270.17851370.2098001X-RAY DIFFRACTION100
1.27-1.30.20841400.20338006X-RAY DIFFRACTION100
1.3-1.330.20351400.20137911X-RAY DIFFRACTION100
1.33-1.350.22341390.19927979X-RAY DIFFRACTION100
1.35-1.390.19641380.20577996X-RAY DIFFRACTION100
1.39-1.420.1851360.20017998X-RAY DIFFRACTION100
1.42-1.460.18061420.1897927X-RAY DIFFRACTION100
1.46-1.50.15391370.18267958X-RAY DIFFRACTION100
1.5-1.550.1941420.17657995X-RAY DIFFRACTION100
1.55-1.610.20211410.18087982X-RAY DIFFRACTION100
1.61-1.670.19951370.1757972X-RAY DIFFRACTION100
1.67-1.750.17341380.18497975X-RAY DIFFRACTION100
1.75-1.840.1941400.19898025X-RAY DIFFRACTION100
1.84-1.950.20991410.20297908X-RAY DIFFRACTION99
1.95-2.10.16061360.19087980X-RAY DIFFRACTION100
2.1-2.320.18811430.18897939X-RAY DIFFRACTION100
2.32-2.650.21661400.19797979X-RAY DIFFRACTION100
2.65-3.340.20861390.20978014X-RAY DIFFRACTION100
3.34-66.40.20441310.18287980X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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