PDB-9gfv: HUMAN CARBONIC ANHYDRASE II IN COMPLEX WITH 4-methylphenyl-boroni...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9gfv

タイトル

HUMAN CARBONIC ANHYDRASE II IN COMPLEX WITH 4-methylphenyl-boronic acid

要素

Carbonic anhydrase 2

キーワード

LYASE / CARBONIC ANHYDRASE II / PROTEIN-INHIBITOR COMPLEX / INHIBITOR / BORONIC ACID

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase activity / cyanamide hydratase / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / morphogenesis of an epithelium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.14 Å

データ登録者

Alterio, v. / De Simone, G. / Esposito, D.

資金援助

イタリア, 2件

引用

ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2024
タイトル: Exploring the binding mode of phenyl and vinyl boronic acids to human carbonic anhydrases.
著者: Esposito, D. / Monti, S.M. / Supuran, C.T. / Winum, J.Y. / De Simone, G. / Alterio, V.

履歴

登録	2024年8月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年11月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9gfv.cif.gz	132.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9gfv.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9gfv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9gfv_validation.pdf.gz	721.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9gfv_full_validation.pdf.gz	721.9 KB	表示
XML形式データ	9gfv_validation.xml.gz	15.7 KB	表示
CIF形式データ	9gfv_validation.cif.gz	22.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gf/9gfv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gf/9gfv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9gfwC 9gfxC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (1) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Carbonic anhydrase 2

ヘテロ分子

29.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.540, 41.362, 72.254
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 104.32, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Carbonic anhydrase 2 / Carbonate dehydratase II / Carbonic anhydrase C / CAC / Carbonic anhydrase II / CA-II 分子量: 29289.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 組織: ERYTHROCYTES / 遺伝子: CA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00918, carbonic anhydrase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-A1IKU / (4-methylphenyl)-tris(oxidanyl)boron 分子量: 152.963 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₀BO₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 219 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.51 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 1.3 M SODIUM CITRATE, 0.1 M TRIS-HCL

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ELETTRA

/ ビームライン: 11.2C / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月14日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.14→50 Å / Num. obs: 87111 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 3 % / CC_1/2: 0.989 / CC star: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.078 / R_pim(I) all: 0.052 / R_rim(I) all: 0.095 / Χ²: 1.048 / Net I/av σ(I): 13.8 / Net I/σ(I): 9.3

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.14-1.16	2.6	0.475	2.1	4208	0.703	0.909	0.355	0.596	0.948	96.1
1.16-1.18	2.6	0.433		4268	0.733	0.92	0.325	0.544	0.984	95.6
1.18-1.2	2.6	0.41		4221	0.738	0.921	0.305	0.514	1.091	97
1.2-1.23	2.6	0.375		4278	0.785	0.938	0.278	0.47	1.087	97
1.23-1.25	2.7	0.357		4271	0.809	0.946	0.258	0.444	1.074	96
1.25-1.28	2.7	0.344		4139	0.789	0.939	0.241	0.422	1.095	94.6
1.28-1.32	2.9	0.282		4337	0.868	0.964	0.194	0.344	1.07	98.1
1.32-1.35	3	0.265		4345	0.881	0.968	0.179	0.321	1.061	97.9
1.35-1.39	3.1	0.233		4297	0.91	0.976	0.153	0.279	1.06	97.3
1.39-1.44	3.1	0.203		4329	0.929	0.981	0.132	0.243	1.074	98
1.44-1.49	3.2	0.181		4391	0.948	0.987	0.117	0.216	1.096	98.9
1.49-1.55	3.1	0.155		4394	0.959	0.99	0.1	0.185	1.09	98.9
1.55-1.62	3.3	0.132		4381	0.967	0.991	0.083	0.156	1.063	99.3
1.62-1.7	3.2	0.117		4424	0.973	0.993	0.075	0.139	1.081	99.3
1.7-1.81	3.1	0.099		4434	0.978	0.995	0.065	0.119	1.074	99.8
1.81-1.95	3.1	0.083		4435	0.984	0.996	0.055	0.1	1.084	99.7
1.95-2.15	3.2	0.069		4423	0.989	0.997	0.045	0.083	0.972	99.6
2.15-2.46	3.2	0.058		4473	0.992	0.998	0.037	0.069	0.952	99.9
2.46-3.09	3.2	0.043		4497	0.996	0.999	0.028	0.052	1.034	99.8
3.09-50	3.2	0.03		4566	0.997	0.999	0.019	0.036	0.991	99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
SCALEPACK		データスケーリング
HKL-3000		データ削減
O		モデル構築
REFMAC	5.8.0425	位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 1.14→35.64 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.976 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.976 / SU B: 0.777 / SU ML: 0.016 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.029 / ESU R Free: 0.028 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.14485	1736	2 %	RANDOM
R_work	0.1284	-	-	-
obs	0.12873	85358	97.96 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 9.514 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.56 Å²	-0 Å²	-0.06 Å²
2-	-	-0.17 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.32 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.14→35.64 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2048	0	24	219	2291

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.012	2278
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2104
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.944	1.828	3110
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.733	1.782	4899
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.986	5	287
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	5.178	5	7
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.056	10	381
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.135	0.2	322
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	2713
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	509
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.565	0.817	1109
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.497	0.816	1109
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.347	1.48	1409
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.36	1.482	1410
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.351	1.052	1169
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.359	1.053	1170
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.753	1.799	1702
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	11.644	11.34	2465
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	11.149	10.61	2413
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	4.22	3	4382
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.14→1.169 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.232	134	-
R_work	0.216	5981	-
obs	-	-	94.08 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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