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万見
- PDB-9gfo: iASPP-CTD fusion to p63 peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9gfo
タイトルiASPP-CTD fusion to p63 peptide
要素Tumor protein 63,RelA-associated inhibitor
キーワードTRANSCRIPTION / tp63 / alternative splicing / iASPP / PPP1R13L
機能・相同性
機能・相同性情報


hair cycle / multicellular organismal-level homeostasis / ectoderm and mesoderm interaction / epidermal cell division / cloacal septation / positive regulation of somatic stem cell population maintenance / negative regulation of mesoderm development / prostatic bud formation / female genitalia morphogenesis / cardiac right ventricle morphogenesis ...hair cycle / multicellular organismal-level homeostasis / ectoderm and mesoderm interaction / epidermal cell division / cloacal septation / positive regulation of somatic stem cell population maintenance / negative regulation of mesoderm development / prostatic bud formation / female genitalia morphogenesis / cardiac right ventricle morphogenesis / embryonic camera-type eye development / positive regulation of keratinocyte proliferation / establishment of planar polarity / squamous basal epithelial stem cell differentiation involved in prostate gland acinus development / negative regulation of keratinocyte differentiation / polarized epithelial cell differentiation / proximal/distal pattern formation / ventricular cardiac muscle tissue development / positive regulation of fibroblast apoptotic process / skin morphogenesis / positive regulation of cell cycle G1/S phase transition / negative regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / sympathetic nervous system development / cranial skeletal system development / post-anal tail morphogenesis / embryonic forelimb morphogenesis / Differentiation of Keratinocytes in Interfollicular Epidermis in Mammalian Skin / embryonic hindlimb morphogenesis / TP53 Regulates Transcription of Death Receptors and Ligands / Activation of PUMA and translocation to mitochondria / Regulation of TP53 Activity through Association with Co-factors / WW domain binding / hair follicle morphogenesis / epithelial cell development / positive regulation of Notch signaling pathway / TP53 Regulates Transcription of Caspase Activators and Caspases / regulation of epidermal cell division / positive regulation of stem cell proliferation / odontogenesis of dentin-containing tooth / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in Cytochrome C Release / TP53 regulates transcription of several additional cell death genes whose specific roles in p53-dependent apoptosis remain uncertain / negative regulation of cellular senescence / keratinocyte proliferation / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / Pyroptosis / establishment of skin barrier / positive regulation of osteoblast differentiation / intercellular bridge / keratinocyte differentiation / cardiac muscle contraction / Notch signaling pathway / MDM2/MDM4 family protein binding / positive regulation of apoptotic signaling pathway / stem cell proliferation / skeletal system development / post-embryonic development / determination of adult lifespan / TP53 Regulates Metabolic Genes / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / positive regulation of cell differentiation / protein tetramerization / promoter-specific chromatin binding / negative regulation of inflammatory response / multicellular organism growth / p53 binding / cellular senescence / cell junction / transcription corepressor activity / neuron apoptotic process / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / spermatogenesis / damaged DNA binding / transcription by RNA polymerase II / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / chromatin remodeling / cadherin binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / apoptotic process / dendrite / DNA damage response / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / nucleoplasm / metal ion binding / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RelA-associated inhibitor / RelA-associated inhibitor, SH3 domain / Tumour protein p63, SAM domain / Variant SH3 domain / p53 family signature. / p53, tetramerisation domain / P53 tetramerisation motif / p53, DNA-binding domain / P53 DNA-binding domain / p53 tumour suppressor family ...RelA-associated inhibitor / RelA-associated inhibitor, SH3 domain / Tumour protein p63, SAM domain / Variant SH3 domain / p53 family signature. / p53, tetramerisation domain / P53 tetramerisation motif / p53, DNA-binding domain / P53 DNA-binding domain / p53 tumour suppressor family / p53-like tetramerisation domain superfamily / p53/RUNT-type transcription factor, DNA-binding domain superfamily / SAM domain (Sterile alpha motif) / p53-like transcription factor, DNA-binding / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain
類似検索 - ドメイン・相同性
RelA-associated inhibitor / Tumor protein 63
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Chaikuad, A. / Akutsu, M. / Lotz, R. / Osterburg, C. / Knapp, S. / Dotsch, V.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)DO 545/18-1 ドイツ
German Research Foundation (DFG)DO 545/20-1 ドイツ
引用ジャーナル: Cell Death Dis / 年: 2025
タイトル: Alternative splicing in the DBD linker region of p63 modulates binding to DNA and iASPP in vitro.
著者: Lotz, R. / Osterburg, C. / Chaikuad, A. / Weber, S. / Akutsu, M. / Machel, A.C. / Beyer, U. / Gebel, J. / Lohr, F. / Knapp, S. / Dobbelstein, M. / Lu, X. / Dotsch, V.
履歴
登録2024年8月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年1月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: Tumor protein 63,RelA-associated inhibitor
BBB: Tumor protein 63,RelA-associated inhibitor
CCC: Tumor protein 63,RelA-associated inhibitor
DDD: Tumor protein 63,RelA-associated inhibitor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,1704
ポリマ－92,1704
非ポリマー00
水1,31573
1
AAA: Tumor protein 63,RelA-associated inhibitor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,0431
ポリマ－23,0431
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
BBB: Tumor protein 63,RelA-associated inhibitor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,0431
ポリマ－23,0431
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
CCC: Tumor protein 63,RelA-associated inhibitor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,0431
ポリマ－23,0431
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
DDD: Tumor protein 63,RelA-associated inhibitor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,0431
ポリマ－23,0431
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)77.119, 94.120, 179.314
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number17
Space group name H-MP2212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11Chains AAA BBB
22Chains AAA CCC
33Chains AAA DDD
44Chains BBB CCC
55Chains BBB DDD
66Chains CCC DDD

NCSアンサンブル:
ID
1
6
2
3
4
5

-
要素

#1: タンパク質
Tumor protein 63,RelA-associated inhibitor / p63 / Chronic ulcerative stomatitis protein / CUSP / Keratinocyte transcription factor KET / ...p63 / Chronic ulcerative stomatitis protein / CUSP / Keratinocyte transcription factor KET / Transformation-related protein 63 / TP63 / Tumor protein p73-like / p73L / p40 / p51 / Inhibitor of ASPP protein / Protein iASPP / NFkB-interacting protein 1 / PPP1R13B-like protein


分子量: 23042.600 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: TP63, KET, P63, P73H, P73L, TP73L, PPP1R13L, IASPP, NKIP1, PPP1R13BL, RAI
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9H3D4, UniProt: Q8WUF5
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 73 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.61 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 2 M sodium formate and 0.1 M TRIS pH 7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年8月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→47.244 Å / Num. obs: 51860 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 13.4
反射 シェル解像度: 2.4→2.47 Å / Rmerge(I) obs: 0.2135 / Num. unique obs: 4431 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→47.244 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 11.643 / SU ML: 0.248 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.311 / ESU R Free: 0.247 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2796 2550 4.919 %
Rwork0.2428 49286 -
all0.245 --
obs-51860 99.904 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 69.485 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.435 Å20 Å20 Å2
2--2.755 Å2-0 Å2
3----2.32 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→47.244 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6383 0 0 73 6456
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0136544
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0175689
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1591.6368931
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1631.56813207
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.745826
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.69723.428353
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.65115957
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.1911532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0440.2834
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.027555
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021393
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2130.21163
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1870.24990
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1620.23202
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0770.22908
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1340.274
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1610.241
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2610.2114
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.3460.27
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.150.23
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it6.4087.2613316
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other6.4067.263315
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it9.57710.8884138
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other9.57510.894139
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.3177.8233228
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other6.3177.8243229
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it9.63611.4724793
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other9.63611.4724793
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it13.11283.0876994
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other13.11183.1016995
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_10.0530.056403
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_20.0610.056275
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_30.0540.056374
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_40.0720.056236
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_50.060.056341
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_60.0620.056293
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.4620.3951850.3843570X-RAY DIFFRACTION99.9468
2.462-2.5290.3981570.3863512X-RAY DIFFRACTION99.9183
2.529-2.6030.3581790.3463412X-RAY DIFFRACTION99.9722
2.603-2.6820.391750.3273300X-RAY DIFFRACTION99.9712
2.682-2.770.3411570.3263242X-RAY DIFFRACTION99.9412
2.77-2.8670.3471580.3233084X-RAY DIFFRACTION99.8768
2.867-2.9750.3691470.3263004X-RAY DIFFRACTION100
2.975-3.0960.3171540.2952896X-RAY DIFFRACTION100
3.096-3.2330.3341410.2922786X-RAY DIFFRACTION99.9317
3.233-3.390.3521510.2872667X-RAY DIFFRACTION100
3.39-3.5720.2661180.262544X-RAY DIFFRACTION100
3.572-3.7870.2921250.2392402X-RAY DIFFRACTION99.9209
3.787-4.0470.2681230.2212294X-RAY DIFFRACTION100
4.047-4.3690.261000.1982101X-RAY DIFFRACTION99.5027
4.369-4.7820.2161220.1831954X-RAY DIFFRACTION99.9519
4.782-5.3390.262950.181783X-RAY DIFFRACTION99.8936
5.339-6.1520.228930.2021593X-RAY DIFFRACTION100
6.152-7.5030.221670.1991382X-RAY DIFFRACTION99.8622

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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