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- PDB-9gfi: hRAR alpha LBD-AM580 complex with staple peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9gfi
タイトルhRAR alpha LBD-AM580 complex with staple peptide
要素
  • Retinoic acid receptor alpha
  • Stapled peptide-like ligand
キーワードTRANSCRIPTION / RAR complex / staple peptide
機能・相同性
機能・相同性情報


Sertoli cell fate commitment / positive regulation of binding / trachea cartilage development / glandular epithelial cell development / ventricular cardiac muscle cell differentiation / chondroblast differentiation / embryonic camera-type eye development / protein kinase B binding / negative regulation of granulocyte differentiation / growth plate cartilage development ...Sertoli cell fate commitment / positive regulation of binding / trachea cartilage development / glandular epithelial cell development / ventricular cardiac muscle cell differentiation / chondroblast differentiation / embryonic camera-type eye development / protein kinase B binding / negative regulation of granulocyte differentiation / growth plate cartilage development / prostate gland development / positive regulation of T-helper 2 cell differentiation / retinoic acid-responsive element binding / negative regulation of cartilage development / regulation of hematopoietic progenitor cell differentiation / positive regulation of interleukin-13 production / positive regulation of interleukin-5 production / retinoic acid binding / outflow tract septum morphogenesis / TGFBR3 expression / response to vitamin A / heterocyclic compound binding / limb development / apoptotic cell clearance / regulation of myelination / ureteric bud development / Signaling by Retinoic Acid / DNA-binding transcription repressor activity / protein kinase A binding / positive regulation of interleukin-4 production / face development / alpha-actinin binding / germ cell development / negative regulation of type II interferon production / negative regulation of tumor necrosis factor production / cellular response to estrogen stimulus / response to retinoic acid / retinoic acid receptor signaling pathway / positive regulation of cell cycle / cellular response to retinoic acid / response to cytokine / positive regulation of neuron differentiation / negative regulation of miRNA transcription / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / hippocampus development / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / neural tube closure / SUMOylation of intracellular receptors / mRNA transcription by RNA polymerase II / chromatin DNA binding / liver development / female pregnancy / regulation of synaptic plasticity / Nuclear Receptor transcription pathway / mRNA 5'-UTR binding / RNA polymerase II transcription regulator complex / histone deacetylase binding / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / transcription coactivator binding / multicellular organism growth / nuclear receptor activity / Transcriptional regulation of granulopoiesis / sequence-specific double-stranded DNA binding / response to estradiol / actin cytoskeleton / cellular response to lipopolysaccharide / response to ethanol / spermatogenesis / transcription regulator complex / cell differentiation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / protein phosphorylation / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / protein domain specific binding / signaling receptor binding / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of cell population proliferation / dendrite / chromatin binding / negative regulation of apoptotic process / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / perinuclear region of cytoplasm / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / : / Retinoic acid receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain ...: / : / Retinoic acid receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-EQN / Retinoic acid receptor alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Perdriau, C. / Luton, A. / Zimmeter, K. / Neuville, M. / Saragaglia, C. / Peluso-lltis, C. / Osz, J. / Kauffmann, B. / Collie, G. / Rochel, N. ...Perdriau, C. / Luton, A. / Zimmeter, K. / Neuville, M. / Saragaglia, C. / Peluso-lltis, C. / Osz, J. / Kauffmann, B. / Collie, G. / Rochel, N. / Guichard, G. / Pasco, M.
資金援助 フランス, 3件
組織認可番号国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-15-CE07-0010 フランス
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-17-CE07-0020 フランス
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-20-CE18-0038 フランス
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2025
タイトル: Guanidinium-Stapled Helical Peptides for Targeting Protein-Protein Interactions.
著者: Perdriau, C. / Luton, A. / Zimmeter, K. / Neuville, M. / Saragaglia, C. / Peluso-Iltis, C. / Osz, J. / Kauffmann, B. / Collie, G.W. / Rochel, N. / Guichard, G. / Pasco, M.
履歴
登録2024年8月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Retinoic acid receptor alpha
B: Stapled peptide-like ligand
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,3723
ポリマ－28,0212
非ポリマー3511
水99155
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: NMR Distance Restraints
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)87.51, 62.06, 49.35
Angle α, β, γ (deg.)90, 105.57, 90
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Retinoic acid receptor alpha / RAR-alpha / Nuclear receptor subfamily 1 group B member 1


分子量: 26700.170 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RARA, NR1B1
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P10276
#2: タンパク質・ペプチド Stapled peptide-like ligand


分子量: 1320.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-EQN / 4-{[(5,5,8,8-tetramethyl-5,6,7,8-tetrahydronaphthalen-2-yl)carbonyl]amino}benzoic acid / Am-580


分子量: 351.439 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H25NO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 55 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.6 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG 3350 20%, 0.2M NaSCN

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→42.12 Å / Num. obs: 14960 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.0873 / Net I/σ(I): 17.16
反射 シェル解像度: 2.1→2.2 Å / Rmerge(I) obs: 0.356 / Num. unique obs: 1936

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.4精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→42.15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU R Cruickshank DPI: 0.252 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.246 / SU Rfree Blow DPI: 0.204 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.208
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2716 1497 -RANDOM
Rwork0.2233 ---
obs0.2281 14960 99.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 52.16 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.2203 Å20 Å20.9335 Å2
2---15.1462 Å20 Å2
3---10.926 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.32 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→42.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1834 0 119 55 2008
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0081990HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.942701HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d741SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes350HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1990HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion263SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact1683SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.67
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.13
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.11 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.449 30 -
Rwork0.3747 --
obs0.3815 300 97.64 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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