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- PDB-9gfh: BCR Fab from the subset 1 chronic lymphocytic leukaemia case P1173 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9gfh
タイトルBCR Fab from the subset 1 chronic lymphocytic leukaemia case P1173
要素
  • BCR P1173 heavy chain
  • BCR P1173 light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / B-cell receptor / Fab fragment / chronic lymphocytic leukaemia
機能・相同性CITRIC ACID
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.72 Å
データ登録者Cocomazzi, P.G. / Degano, M.
資金援助 イタリア, 英国, 4件
組織認可番号国
Italian Association for Cancer ResearchIG17032 イタリア
Italian Association for Cancer ResearchIG25764 イタリア
Italian Ministry of HealthRF-2018-12368231 イタリア
Worldwide Cancer Research19-0096 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Defective cell-autonomous signalling and antigenic polyreactivity of B-cell receptors from chronic lymphocytic leukaemia stereotyped subset 1
著者: Cocomazzi, P.G. / Iatrou, A. / Minici, C. / Degano, M.
履歴
登録2024年8月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年8月20日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: BCR P1173 light chain
A: BCR P1173 heavy chain
B: BCR P1173 light chain
D: BCR P1173 light chain
F: BCR P1173 light chain
H: BCR P1173 heavy chain
C: BCR P1173 heavy chain
E: BCR P1173 heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)193,63213
ポリマ－192,2068
非ポリマー1,4265
水25214
1
L: BCR P1173 light chain
H: BCR P1173 heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,8144
ポリマ－48,0512
非ポリマー7632
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: BCR P1173 heavy chain
B: BCR P1173 light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,2733
ポリマ－48,0512
非ポリマー2211
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
D: BCR P1173 light chain
C: BCR P1173 heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,2733
ポリマ－48,0512
非ポリマー2211
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
F: BCR P1173 light chain
E: BCR P1173 heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,2733
ポリマ－48,0512
非ポリマー2211
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)125.416, 128.509, 134.650
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1chain "A"
d_2ens_1(chain "C" and (resid 1 through 167 or resid 175...
d_3ens_1(chain "E" and (resid 1 through 167 or resid 175 through 224 or resid 225))
d_4ens_1(chain "H" and (resid 1 through 167 or resid 175...
d_1ens_2chain "B"
d_2ens_2(chain "D" and (resid 2 through 93 or resid 96 through 214))
d_3ens_2(chain "F" and (resid 2 through 93 or resid 96 through 214))
d_4ens_2(chain "L" and (resid 2 through 93 or resid 96 through 214))

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11ens_1GLUGLUPROPROAB1 - 2241 - 224
d_12ens_1NAGNAGNAGNAGAJ301
d_21ens_1GLUGLUASNASNCG1 - 1671 - 167
d_22ens_1GLYGLYVALVALCG175 - 198175 - 198
d_23ens_1ASPASPPROPROCG203 - 224203 - 224
d_24ens_1NAGNAGNAGNAGCL301
d_31ens_1GLUGLUASNASNEH1 - 1671 - 167
d_32ens_1GLYGLYPROPROEH175 - 224175 - 224
d_33ens_1NAGNAGNAGNAGEM301
d_41ens_1GLUGLUASNASNHF1 - 1671 - 167
d_42ens_1GLYGLYVALVALHF175 - 198175 - 198
d_43ens_1ASPASPPROPROHF203 - 224203 - 224
d_44ens_1NAGNAGNAGNAGGI1
d_11ens_2ILEILEGLUGLUBC2 - 2142 - 214
d_21ens_2ILEILESERSERDD2 - 932 - 93
d_22ens_2PROPROGLUGLUDD96 - 21496 - 214
d_31ens_2ILEILESERSERFE2 - 932 - 93
d_32ens_2PROPROGLUGLUFE96 - 21496 - 214
d_41ens_2ILEILESERSERLA2 - 932 - 93
d_42ens_2PROPROGLUGLULA96 - 21496 - 214

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.941683249698, 0.320730354047, 0.101807157073), (-0.198419794425, -0.284893655602, -0.937798054049), (-0.271776088755, -0.903309274275, 0.331918834342)11.7280621306, -80.8089466982, -29.0441325781
2given(0.966917447414, -0.247793544518, -0.0605723466824), (-0.210391325468, -0.908951374804, 0.359920669605), (-0.144243336259, -0.335269678821, -0.931014555422)87.6454547312, -123.171586246, 16.5415580119
3given(0.995883174243, -0.000305946558977, -0.0906455164694), (0.09059239146, 0.037756535162, 0.99517207691), (0.00311799115733, -0.999286920984, 0.037628814516)30.2381449392, -26.6276143502, -32.57340628
4given(-0.965422075385, 0.259367160508, 0.0262467599739), (-0.106927028637, -0.302149320584, -0.947244635043), (-0.237753710604, -0.917297369516, 0.319434983954)6.83353374141, -79.1400950328, -28.4410055541
5given(0.982166752577, -0.187851948637, 0.007753420306), (-0.178057851261, -0.916135473688, 0.359153442772), (-0.0603644906996, -0.354129127924, -0.933246317442)92.0349584845, -122.089104269, 17.8511976413
6given(0.998399052597, 0.0251466272109, -0.0506653620743), (0.0497549536593, 0.0355976469749, 0.998126871753), (0.0269030920261, -0.999049775872, 0.0342894877428)31.97978731, -28.2024296094, -31.7720142645

-
要素

-
抗体 / タンパク質 , 2種, 8分子 LBDFAHCE

#1: 抗体
BCR P1173 light chain


分子量: 23421.916 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: タンパク質
BCR P1173 heavy chain


分子量: 24629.566 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
糖 , 2種, 4分子

#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 15分子

#5: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.42 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 0.1 M citric acid pH 5 20% PEG 6,000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.972 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月28日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.972 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.87→91.77 Å / Num. obs: 123151 / % possible obs: 96.2 % / 冗長度: 13.4 % / Biso Wilson estimate: 61.46 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rpim(I) all: 0.034 / Net I/σ(I): 12.4
反射 シェル解像度: 1.87→2.02 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 6158 / CC1/2: 0.666 / Rpim(I) all: 0.399 / % possible all: 81.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
STARANISOデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.72→91.77 Å / SU ML: 0.3048 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.8872
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2441 1997 4.77 %RANDOM
Rwork0.2137 39882 --
obs0.2151 41879 70.61 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 68.46 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.72→91.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13101 0 93 14 13208
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.002813507
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.644818339
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04772039
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00512331
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.54634876
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAsym-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2BAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.660977485683
ens_1d_3BAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.746964549156
ens_1d_4BAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.459973997729
ens_2d_2CBX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.617521389344
ens_2d_3CBX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.583907791047
ens_2d_4CBX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.421008159727
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.72-2.780.3013120.3596383X-RAY DIFFRACTION9.43
2.78-2.860.3218370.3358758X-RAY DIFFRACTION18.98
2.86-2.940.3494760.32591295X-RAY DIFFRACTION32.91
2.94-3.040.36531110.31742085X-RAY DIFFRACTION52.4
3.04-3.150.31241320.30522580X-RAY DIFFRACTION64.91
3.15-3.270.33551500.28333085X-RAY DIFFRACTION77.04
3.27-3.420.32090.2753820X-RAY DIFFRACTION96.36
3.42-3.60.31511620.25172479X-RAY DIFFRACTION62.36
3.6-3.830.27251750.23382781X-RAY DIFFRACTION70.08
3.83-4.120.23251950.20254021X-RAY DIFFRACTION100
4.12-4.540.1961870.1574073X-RAY DIFFRACTION99.95
4.54-5.20.18531810.14554096X-RAY DIFFRACTION100
5.2-6.550.18711750.19174121X-RAY DIFFRACTION100
6.55-91.770.23631950.23964305X-RAY DIFFRACTION99.82
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.567068163031.30866738631-0.1084334707433.60645394954-0.6810045915376.432243710720.0157554548132-0.293105665382-0.1039162091090.225519041832-0.003044674453640.394680001668-0.0120286878385-0.334444521590.009275896655110.19565206015-0.004610800472020.00257650249580.249072462698-0.0264315163880.323133050236-21.0044357668-41.531069615519.0497000309
24.51825023746-1.135197197110.2905580933914.414805137630.02603148942344.555093701570.1959586340690.212530435058-0.448254927004-0.140143123435-0.05571647491680.2018493378410.356435353872-0.207557105339-0.06324087352930.227384815206-0.0511944887995-0.03745455385960.198200416459-0.01129556081040.2242051148230.756225183702-43.74355877814.4596641781
31.608230660390.6344241098760.4668091100069.838712209240.164233027072.19930710980.0430327453986-0.0378365015998-0.1504577243660.09987633737360.02461923606680.2305632300090.102671443262-0.0296870211787-0.07793118085250.201018673390.0653531150136-0.05162866550270.4138763818560.05545382060860.319777794725-52.2747260764-52.0516069749-8.27528975316
46.56801925625-2.10667834231-0.2708089104244.34713902709-0.5080040301593.367098873850.2152110893980.2461103436640.114108732105-0.247413704708-0.177079494483-0.374604778473-0.0833071056904-0.132274057396-0.05779034645570.2007492927360.0606096072856-0.09045890035560.287851050261-0.009390392536790.388578529778-30.2860389045-47.6161599599-11.9625823716
53.491063886581.865539096741.883862011543.775041591651.672735248954.736688006540.1186436764760.393452618746-0.0647261939748-0.2258253214080.00754988167132-0.504698434530.06877156273470.361690413502-0.1067502192580.2999506502020.07073215258350.00656985012750.4250969709320.07122589794440.57109935576343.4561735272-47.788349188629.3474761493
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11(chain 'H' and resid 1 through 120)HG1 - 1201 - 120
22(chain 'L' and resid 1 through 108)LA1 - 1081 - 108
33(chain 'A' and resid 1 through 120)AB1 - 1201 - 120
44(chain 'B' and resid 2 through 108)BD2 - 1081 - 105
55(chain 'C' and resid 1 through 120)CL1 - 1201 - 120
66(chain 'D' and resid 1 through 108)DE1 - 1081 - 108
77(chain 'E' and resid 1 through 120)EN1 - 1201 - 120
88(chain 'F' and resid 1 through 108)FF1 - 1081 - 108
99(chain 'H' and resid 121 through 224)HG121 - 224121 - 217
1010(chain 'L' and resid 109 through 214)LA109 - 214109 - 214
1111(chain 'A' and resid 121 through 224)AB121 - 224121 - 206
1212(chain 'C' and resid 121 through 224)CL121 - 224121 - 215
1313(chain 'B' and resid 109 through 214)BD109 - 214106 - 211
1414(chain 'D' and resid 109 through 214)DE109 - 214109 - 214
1515(chain 'E' and resid 121 through 224)EN121 - 224121 - 213
1616(chain 'F' and resid 109 through 214)FF109 - 214109 - 214

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る