PDB-9gfg: BCR Fab from the subset 1 chronic lymphocytic leukaemia case P3129

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9gfg

タイトル

BCR Fab from the subset 1 chronic lymphocytic leukaemia case P3129

要素

BCR P3129 heavy chain
BCR P3129 light chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / BCR / Fab / chronic lymphocytic leukaemia

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Minici, C. / Degano, M.

資金援助

イタリア,

英国, 4件

組織	認可番号	国
Italian Association for Cancer Research	IG17032	イタリア
Italian Association for Cancer Research	IG25764	イタリア
Worldwide Cancer Research	19-0096	英国
Italian Ministry of Health	RF-2018-12368231	イタリア

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Defective cell-autonomous signalling and antigenic polyreactivity of B-cell receptors from chronic lymphocytic leukaemia stereotyped subset 1
著者: Cocomazzi, P.G. / Iatrou, A. / Minici, C. / Degano, M.

履歴

登録	2024年8月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年8月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9gfg.cif.gz	1.1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9gfg.ent.gz	809.5 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	9gfg_validation.pdf.gz	868.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9gfg_full_validation.pdf.gz	884.5 KB	表示
XML形式データ	9gfg_validation.xml.gz	68.9 KB	表示
CIF形式データ	9gfg_validation.cif.gz	88.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gf/9gfg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gf/9gfg	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	9gffC 9gfhC C: 同じ文献を引用 (文献)

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

H: BCR P3129 heavy chain

L: BCR P3129 light chain

A: BCR P3129 heavy chain

B: BCR P3129 light chain

C: BCR P3129 heavy chain

D: BCR P3129 light chain

E: BCR P3129 heavy chain

F: BCR P3129 light chain

ヘテロ分子

194 kDa, 8 ポリマー
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1

H: BCR P3129 heavy chain

L: BCR P3129 light chain

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
48.8 kDa, 2 ポリマー
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2

A: BCR P3129 heavy chain

B: BCR P3129 light chain

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
48.6 kDa, 2 ポリマー
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3

C: BCR P3129 heavy chain

D: BCR P3129 light chain

ヘテロ分子

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根拠: gel filtration
48.5 kDa, 2 ポリマー
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4

E: BCR P3129 heavy chain

F: BCR P3129 light chain

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
48.3 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	104.696, 87.891, 115.528
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 94.590, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	(chain "A" and (resid 2 through 80 or resid 82...
d_2	ens_1	(chain "C" and (resid 2 through 80 or resid 82...
d_3	ens_1	(chain "E" and (resid 2 through 80 or resid 82...
d_4	ens_1	(chain "H" and (resid 2 through 80 or resid 82...
d_1	ens_2	(chain "B" and (resid 1 through 82 or resid 84...
d_2	ens_2	(chain "D" and (resid 1 through 82 or resid 84...
d_3	ens_2	(chain "F" and (resid 1 through 82 or resid 84...
d_4	ens_2	(chain "L" and (resid 1 through 82 or resid 84...

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
d_1	1	ens_1	VAL	VAL	TYR	TYR	A	C	2 - 80	2 - 80
d_1	2	ens_1	GLU	GLU	SER	SER	A	C	82 - 133	82 - 133
d_1	3	ens_1	SER	SER	LYS	LYS	A	C	143 - 165	143 - 165
d_1	4	ens_1	SER	SER	ALA	ALA	A	C	172 - 187	172 - 187
d_1	5	ens_1	SER	SER	SER	SER	A	C	189 - 195	189 - 195
d_1	6	ens_1	VAL	VAL	LEU	LEU	A	C	207 - 223	207 - 223
d_2	1	ens_1	VAL	VAL	TYR	TYR	C	E	2 - 80	2 - 80
d_2	2	ens_1	GLU	GLU	SER	SER	C	E	82 - 133	82 - 133
d_2	3	ens_1	SER	SER	LYS	LYS	C	E	143 - 165	143 - 165
d_2	4	ens_1	SER	SER	ALA	ALA	C	E	172 - 187	172 - 187
d_2	5	ens_1	SER	SER	SER	SER	C	E	189 - 195	189 - 195
d_2	6	ens_1	VAL	VAL	LEU	LEU	C	E	207 - 223	207 - 223
d_3	1	ens_1	VAL	VAL	TYR	TYR	E	G	2 - 80	2 - 80
d_3	2	ens_1	GLU	GLU	ALA	ALA	E	G	82 - 187	82 - 187
d_3	3	ens_1	SER	SER	SER	SER	E	G	189 - 195	189 - 195
d_3	4	ens_1	VAL	VAL	LEU	LEU	E	G	207 - 223	207 - 223
d_4	1	ens_1	VAL	VAL	TYR	TYR	H	A	2 - 80	2 - 80
d_4	2	ens_1	GLU	GLU	SER	SER	H	A	82 - 133	82 - 133
d_4	3	ens_1	SER	SER	LYS	LYS	H	A	143 - 165	143 - 165
d_4	4	ens_1	SER	SER	ALA	ALA	H	A	172 - 187	172 - 187
d_4	5	ens_1	SER	SER	SER	SER	H	A	189 - 195	189 - 195
d_4	6	ens_1	VAL	VAL	LEU	LEU	H	A	207 - 223	207 - 223
d_1	1	ens_2	ASP	ASP	ASP	ASP	B	D	1 - 82	1 - 82
d_1	2	ens_2	ALA	ALA	GLN	GLN	B	D	84 - 90	84 - 90
d_1	3	ens_2	TYR	TYR	LYS	LYS	B	D	92 - 104	92 - 104
d_1	4	ens_2	GLU	GLU	VAL	VAL	B	D	106 - 164	106 - 164
d_1	5	ens_2	GLU	GLU	ARG	ARG	B	D	166 - 212	166 - 212
d_2	1	ens_2	ASP	ASP	ASP	ASP	D	F	1 - 82	1 - 82
d_2	2	ens_2	ALA	ALA	GLN	GLN	D	F	84 - 90	84 - 90
d_2	3	ens_2	TYR	TYR	LYS	LYS	D	F	92 - 104	92 - 104
d_2	4	ens_2	GLU	GLU	VAL	VAL	D	F	106 - 164	106 - 164
d_2	5	ens_2	GLU	GLU	ARG	ARG	D	F	166 - 212	166 - 212
d_3	1	ens_2	ASP	ASP	ASP	ASP	F	H	1 - 82	1 - 82
d_3	2	ens_2	ALA	ALA	GLN	GLN	F	H	84 - 90	84 - 90
d_3	3	ens_2	TYR	TYR	LYS	LYS	F	H	92 - 104	92 - 104
d_3	4	ens_2	GLU	GLU	VAL	VAL	F	H	106 - 164	106 - 164
d_3	5	ens_2	GLU	GLU	ARG	ARG	F	H	166 - 212	166 - 212
d_4	1	ens_2	ASP	ASP	ASP	ASP	L	B	1 - 82	1 - 82
d_4	2	ens_2	ALA	ALA	GLN	GLN	L	B	84 - 90	84 - 90
d_4	3	ens_2	TYR	TYR	LYS	LYS	L	B	92 - 104	92 - 104
d_4	4	ens_2	GLU	GLU	VAL	VAL	L	B	106 - 164	106 - 164
d_4	5	ens_2	GLU	GLU	ARG	ARG	L	B	166 - 212	166 - 212

NCSアンサンブル:

ID
ens_1
ens_2

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.69288676591, 0.563031252797, 0.450448374402), (0.566413713773, 0.0384357570902, 0.823224269216), (0.446187667329, 0.825541338124, -0.345540250292)	-37.7466022506, 2.90112301011, 23.1804994388
2	given	(0.675180058811, -0.529241834879, -0.513843330596), (0.62099106346, 0.031845296071, 0.783170464344), (-0.398123080576, -0.847873196493, 0.350155758743)	10.8214747795, 5.15024021308, -26.4423479128
3	given	(-0.981799780213, -0.169275095608, -0.0861111698977), (-0.17254445107, 0.984481679529, 0.0320036728639), (0.0793574443833, 0.0462792035248, -0.995771375036)	-22.5246282363, -2.90020703468, -2.77334863265
4	given	(-0.671806965786, 0.558651728489, 0.486398650263), (0.571370231647, -0.0270583000239, 0.820246247652), (0.471393104648, 0.828960852306, -0.301019013079)	-38.7262231344, 3.7591977189, 22.3353461291
5	given	(0.654051355956, -0.525705792705, -0.543921173783), (0.638104772111, -0.00273143808501, 0.7699446987), (-0.406250075178, -0.850662070838, 0.333668874268)	11.3027156276, 6.46621984037, -25.9744819724
6	given	(-0.97130713528, -0.188730237274, -0.144718162277), (-0.188350737641, 0.981964132483, -0.0164451253019), (0.145211737076, 0.0112845050687, -0.989336247876)	-18.8804529904, -1.65002433749, -1.11379448766

-
抗体 , 2種, 8分子 HACELBDF

#1: 抗体	BCR P3129 heavy chain 分子量: 24574.498 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	BCR P3129 light chain 分子量: 23442.932 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
糖 , 2種, 3分子

#3: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#5: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 175分子

#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 161 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.76 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.41 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1 M sodium potassium tartrate pH 7, 0.1 M magnesium chloride, 20% PEG 3,350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.966 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月18日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.966 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.11→115.2 Å / Num. obs: 120564 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.4 % / CC_1/2: 0.999 / R_pim(I) all: 0.032 / Net I/σ(I): 10
反射シェル	解像度: 2.11→2.16 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / Num. unique obs: 8714 / CC_1/2: 0.238 / R_pim(I) all: 0.83 / % possible all: 98.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
SCALA		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.3→80.6 Å / SU ML: 0.3417 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.5007
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2464	4549	4.9 %	RANDOM
R_work	0.2201	88350	-	-
obs	0.2214	92899	99.77 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 85.74 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→80.6 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13013	0	140	161	13314

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	13472
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.6337	18279
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0463	2040
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0044	2322
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.6715	4862

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Asym-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
ens_1	d_2	C	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	1.42537196691
ens_1	d_3	C	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	1.13234286618
ens_1	d_4	C	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	2.00160961119
ens_2	d_2	D	B	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	1.17382468308
ens_2	d_3	D	B	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	1.01395738255
ens_2	d_4	D	B	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	1.93565574676

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3-2.33	0.4609	131	0.3966	2840	X-RAY DIFFRACTION	96.84
2.33-2.35	0.371	130	0.3806	2984	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.35-2.38	0.391	150	0.3646	2947	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.38-2.41	0.4194	144	0.3687	2890	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.41-2.44	0.3599	147	0.3589	2971	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.44-2.48	0.4142	141	0.3593	2912	X-RAY DIFFRACTION	99.87
2.48-2.51	0.4151	145	0.3417	2955	X-RAY DIFFRACTION	99.87
2.51-2.55	0.3494	167	0.3553	2927	X-RAY DIFFRACTION	99.74
2.55-2.59	0.3881	133	0.3686	2950	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.59-2.63	0.3775	152	0.3476	2932	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.63-2.68	0.3137	158	0.3083	2933	X-RAY DIFFRACTION	100
2.68-2.73	0.313	187	0.2913	2881	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.73-2.78	0.3444	146	0.2848	2929	X-RAY DIFFRACTION	100
2.78-2.83	0.2893	158	0.2589	3001	X-RAY DIFFRACTION	100
2.83-2.9	0.272	145	0.2568	2898	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.9-2.96	0.2946	149	0.2573	2966	X-RAY DIFFRACTION	100
2.96-3.04	0.2936	146	0.2683	2955	X-RAY DIFFRACTION	99.94
3.04-3.12	0.2969	173	0.2776	2904	X-RAY DIFFRACTION	99.94
3.12-3.21	0.3311	154	0.2829	2931	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.21-3.32	0.2868	159	0.2545	2934	X-RAY DIFFRACTION	99.94
3.32-3.43	0.2496	142	0.2262	2959	X-RAY DIFFRACTION	99.87
3.43-3.57	0.2217	143	0.2185	2955	X-RAY DIFFRACTION	99.77
3.57-3.73	0.2389	156	0.2134	2970	X-RAY DIFFRACTION	99.81
3.73-3.93	0.2512	168	0.2172	2930	X-RAY DIFFRACTION	99.77
3.93-4.18	0.2044	141	0.1896	2976	X-RAY DIFFRACTION	100
4.18-4.5	0.1849	157	0.1608	2957	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5-4.95	0.1651	138	0.1525	2980	X-RAY DIFFRACTION	99.84
4.95-5.67	0.2139	169	0.1638	2952	X-RAY DIFFRACTION	99.81
5.67-7.14	0.21	184	0.1989	2952	X-RAY DIFFRACTION	99.33
7.14-80.6	0.2235	136	0.1906	3079	X-RAY DIFFRACTION	99.41

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.34266226161	-0.0164827286705	-2.44011422543	0.799463440521	-0.000895272516855	3.02417637119	0.153715659988	0.29978283069	0.0814593181983	-0.137265715975	0.00125876057109	-0.0780277412256	-0.00746418126365	-0.160535596695	-0.146540018366	0.777102384902	-0.0045399988411	-0.0425411430707	0.310997569097	0.0315894133743	0.431142228245	5.98269616359	22.3354770195	-47.001403505
2	3.00778287662	0.247822682849	-0.0739738390143	1.03696570055	0.0899131848816	0.938511975421	0.0155699009793	-0.265488807732	-0.323436020599	0.0345881024298	-0.00480128649238	-0.259425453156	0.468876828385	-0.0141348944478	-0.0023394473629	0.84231308777	0.0129339207336	-0.096279162967	0.377829535965	0.0313589189647	0.465478201692	8.74939619319	4.53771539406	-45.9638468621
3	3.53328199532	1.20997256484	-0.896616732325	1.55759061874	-0.547554300617	1.63942910866	0.290038849785	-0.103343760714	0.220811917917	0.158436199266	-0.198385620951	0.268912932363	-0.449593676041	-0.186744514204	-0.119101155867	0.816515122182	0.0712047862243	0.0330093009472	0.392283049586	-0.0525512158083	0.492380868627	-36.2126236583	17.7927076669	42.3461962586
4	3.45032719987	0.437728062456	-0.0875916498645	0.75204663575	-0.15617762698	0.66439325424	0.124956360702	0.264837727347	-0.17683643447	-0.142012939838	-0.0651553007471	0.0580756022009	-0.0147941554603	-0.207789539463	-0.070521116032	0.757516184637	-0.0191434261329	-0.00862409088597	0.512924660979	-0.0305000470595	0.472921066566	-34.607587343	0.331024376344	40.3012605534
5	3.55178117854	-0.755978590496	-3.19904006583	2.00057493145	0.479648273413	3.56073996777	-0.0321680737085	-0.902795863975	-0.195127107313	0.439363033312	-0.087572805236	-0.635801578289	-0.346789677554	0.787467043236	0.127264451954	0.677286329794	-0.117530802515	-0.272784230947	0.854338403661	0.225523056859	0.806025351618	15.4907228434	17.5359131694	8.72113443314
6	1.26928771173	-1.0089185874	-0.288860783842	3.76159874006	-0.893130975587	3.05034566044	0.0788526016844	0.0101532991257	0.0340514501323	-0.466386135603	-0.0095636841131	-0.162180532311	0.119328749315	-0.181884959035	-0.0778122344227	0.569787086534	-0.109745949727	-0.0730020125185	0.501835908689	0.0273739739678	0.384452993422	4.23992724463	17.0463791212	-5.79330332331
7	0.741810901497	-0.720692959748	-1.26557589914	0.496621225337	0.632207804107	3.41129416228	-0.149154793423	0.23683270731	-0.196609207685	0.0193793176772	-0.0222754812417	0.480350214349	0.783980738188	-1.14352212222	0.154628441586	0.735909844715	-0.414742120915	-0.157702164161	1.18243939772	0.119539319073	0.7776851286	-43.0667240611	16.0462851758	-14.780701261
8	0.997666096056	0.0174145355732	-1.19466712266	1.54583219474	-0.568944670733	3.27934032057	-0.18506050358	0.128123930793	-0.0996736269	0.308107884781	0.276582095017	0.369806891902	0.741829842312	-0.202318751772	-0.10462461354	0.772307882582	-0.141054966221	-0.0040148845796	0.691562740559	0.0545598387608	0.585967079073	-33.1654899542	15.5931092123	1.05759088062

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	(chain 'H' and resid 1 through 225)	H	A - B	1 - 225	1
2	2	(chain 'L' and resid 1 through 214)	L	D	1 - 214	1 - 214
3	3	(chain 'A' and resid 1 through 301)	A	E - F	1 - 301	1
4	4	(chain 'B' and resid 1 through 215)	B	G	1 - 215	1 - 215
5	5	(chain 'C' and resid 2 through 301)	C	H - I	2 - 301	1
6	6	(chain 'D' and resid 1 through 214)	D	J	1 - 214	1 - 214
7	7	(chain 'E' and resid 1 through 301)	E	K	1 - 223	1 - 200
8	8	(chain 'F' and resid 1 through 212)	F	L	1 - 212	1 - 212

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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