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- PDB-9gff: BCR Fab from the subset 1 chronic lymphocytic leukaemia case P10015 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9gff
タイトルBCR Fab from the subset 1 chronic lymphocytic leukaemia case P10015
要素
  • BCR P10015 heavy chain
  • BCR P10015 light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / B-cell receptor / Fab / chronicl lymphocytic leukaemia
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Minici, C. / Degano, M.
資金援助 イタリア, 英国, 4件
組織認可番号国
Italian Association for Cancer ResearchIG25764 イタリア
Italian Association for Cancer ResearchIG17032 イタリア
Worldwide Cancer Research19-0096 英国
Italian Ministry of HealthRF-2018-12368231 イタリア
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Defective cell-autonomous signalling and antigenic polyreactivity of B-cell receptors from chronic lymphocytic leukaemia stereotyped subset 1.
著者: Cocomazzi, P.G. / Iatrou, A. / Minici, C. / Gounari, M. / Linder, A.T. / Akpinaroglu, C. / Patrone, M. / Broggini, L. / Frenquelli, M. / Sarrigeorgiou, I. / Lymberi, P. / Petrakis, G. / ...著者: Cocomazzi, P.G. / Iatrou, A. / Minici, C. / Gounari, M. / Linder, A.T. / Akpinaroglu, C. / Patrone, M. / Broggini, L. / Frenquelli, M. / Sarrigeorgiou, I. / Lymberi, P. / Petrakis, G. / Koletsa, T. / Scarfo, L. / Agathangelidis, A. / Jumaa, H. / Maity, P.C. / Ghia, P. / Stamatopoulos, K. / Degano, M.
履歴
登録2024年8月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年8月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12026年1月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22026年2月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: BCR P10015 heavy chain
L: BCR P10015 light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,5933
ポリマ－48,0232
非ポリマー5711
水36020
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)99.952, 99.952, 123.048
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number173
Space group name H-MP63
Space group name HallP6c

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要素

#1: 抗体 BCR P10015 heavy chain


分子量: 24538.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 BCR P10015 light chain


分子量: 23484.004 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.71 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.2 M ammonium succinate pH 7 and 1.5 M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.966 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月18日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.966 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.51→86.57 Å / Num. obs: 23294 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 12.4 % / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.043 / Net I/σ(I): 14
反射 シェル解像度: 2.51→2.64 Å / 冗長度: 11.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 2319 / CC1/2: 0.465 / Rpim(I) all: 0.746 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
SCALAデータスケーリング
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→86.56 Å / SU ML: 0.3214 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.5545
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2348 796 4.62 %RANDOM
Rwork0.2088 16432 --
obs0.21 17228 99.9 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 90.83 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→86.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3366 0 38 20 3424
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00443489
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.69464747
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047536
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041606
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.33611265
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8-2.970.36971190.35172732X-RAY DIFFRACTION99.72
2.97-3.20.27621340.30042722X-RAY DIFFRACTION99.83
3.2-3.530.2691410.26282726X-RAY DIFFRACTION100
3.53-4.040.25321350.23382722X-RAY DIFFRACTION99.97
4.04-5.090.17731530.16762732X-RAY DIFFRACTION99.97
5.09-86.560.24181140.17492798X-RAY DIFFRACTION99.93
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.462707460760.265245112835-0.07366982119665.504832795712.050130735485.702752903580.02558964827170.280341266150.0320082112085-0.189669884693-0.0824905820277-0.274976812175-0.1473741368010.901483048078-0.01724495696950.417369859816-0.005685068750890.04993546352770.8245799968830.04842169264280.458496195389-22.2691490761-34.4678382936-12.397509898
22.10629834221-0.196788409272-0.5400964149563.17575361276-1.775793350494.4607106934-0.051352321726-0.0282714611781-0.1507505112190.284683399962-0.263821405451-0.45559762415-0.4239740845541.078963401120.3032831325620.660289068461-0.120733304098-0.1263943824181.148875465450.07079057182690.756641135128-17.2079499246-31.649099707220.5970272565
32.832148233680.09093828652210.002817823151173.377172879470.6890391894666.922367933660.0129421698208-0.126435244362-0.08928342394560.236088916069-0.2439441041430.2495520704880.3378257046380.1230695526280.2409586298130.494350147171-0.007299784783680.07726681614650.465104311075-0.002169702311710.546839871795-41.4603417624-41.0460680638-4.0856219434
44.784494312091.05159131022-1.202250416422.6005696890.844445342982.42974100272-0.142225291145-0.5860423658460.4635628878540.1727050539440.000559572620537-0.388860785892-0.7371723795850.4790510353020.2012418412850.833150711461-0.065043869622-0.2277902346260.8593029811990.1045429525150.587155439324-28.7046440745-21.267316168925.7789825893
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'H' and (resid 1 through 118 )HA1 - 1181 - 118
22chain 'H' and (resid 119 through 224)HA - D119 - 224119
33chain 'L' and (resid 1 through 109 )LE1 - 1091 - 109
44chain 'L' and (resid 110 through 214 )LE110 - 214110 - 214

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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