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- PDB-9gf9: S-Protease complexed with stapled peptide-like ligand -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9gf9
タイトルS-Protease complexed with stapled peptide-like ligand
要素(Ribonuclease pancreatic) x 2
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / stapled peptide / RNase / S-Protein
機能・相同性
機能・相同性情報


pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / nucleic acid binding / defense response to Gram-positive bacterium / lyase activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Pancreatic ribonuclease / Ribonuclease A, active site / Ribonuclease A-domain / Ribonuclease A-like domain superfamily / Pancreatic ribonuclease / Pancreatic ribonuclease family signature. / Pancreatic ribonuclease
類似検索 - ドメイン・相同性
Ribonuclease pancreatic
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.76 Å
データ登録者Perdriau, C. / Luton, A. / Zimmeter, K. / Neuville, M. / Saragaglia, C. / Peluso-lltis, C. / Osz, J. / Kauffmann, B. / Collie, G. / Rochel, N. ...Perdriau, C. / Luton, A. / Zimmeter, K. / Neuville, M. / Saragaglia, C. / Peluso-lltis, C. / Osz, J. / Kauffmann, B. / Collie, G. / Rochel, N. / Guichard, G. / Pasco, M.
資金援助 フランス, 3件
組織認可番号国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-15-CE07-0010 フランス
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-17-CE07-0020 フランス
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-20-CE18-0038 フランス
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2025
タイトル: Guanidinium-Stapled Helical Peptides for Targeting Protein-Protein Interactions.
著者: Perdriau, C. / Luton, A. / Zimmeter, K. / Neuville, M. / Saragaglia, C. / Peluso-Iltis, C. / Osz, J. / Kauffmann, B. / Collie, G.W. / Rochel, N. / Guichard, G. / Pasco, M.
履歴
登録2024年8月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribonuclease pancreatic
B: Ribonuclease pancreatic
C: Ribonuclease pancreatic
D: Ribonuclease pancreatic
E: Ribonuclease pancreatic
F: Ribonuclease pancreatic
G: Ribonuclease pancreatic
H: Ribonuclease pancreatic
I: Ribonuclease pancreatic
J: Ribonuclease pancreatic
K: Ribonuclease pancreatic
L: Ribonuclease pancreatic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,14230
ポリマ－78,41212
非ポリマー1,72918
水9,890549
1
A: Ribonuclease pancreatic
G: Ribonuclease pancreatic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,5497
ポリマ－13,0692
非ポリマー4805
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2170 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area6860 Å2
手法PISA
2
B: Ribonuclease pancreatic
H: Ribonuclease pancreatic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,2614
ポリマ－13,0692
非ポリマー1922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1870 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area6840 Å2
手法PISA
3
C: Ribonuclease pancreatic
I: Ribonuclease pancreatic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,2614
ポリマ－13,0692
非ポリマー1922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1960 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area6530 Å2
手法PISA
4
D: Ribonuclease pancreatic
J: Ribonuclease pancreatic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,4536
ポリマ－13,0692
非ポリマー3844
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2300 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area6470 Å2
手法PISA
5
E: Ribonuclease pancreatic
K: Ribonuclease pancreatic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,3575
ポリマ－13,0692
非ポリマー2883
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2290 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area6620 Å2
手法PISA
6
F: Ribonuclease pancreatic
L: Ribonuclease pancreatic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,2614
ポリマ－13,0692
非ポリマー1922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1890 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area6140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.232, 44.358, 93.694
Angle α, β, γ (deg.)88.19, 87.8, 67.11
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
Ribonuclease pancreatic / RNase 1 / RNase A


分子量: 11294.749 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ)
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P61823, pancreatic ribonuclease
#2: タンパク質・ペプチド
Ribonuclease pancreatic / RNase 1 / RNase A / stapled peptide-like ligand


分子量: 1773.987 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P61823, pancreatic ribonuclease
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 549 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.82 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 32.5% PEG4000, 0.2M Li2SO4

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-X / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 R 1M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.76→25.12 Å / Num. obs: 62030 / % possible obs: 95.5 % / 冗長度: 2.01 % / Rmerge(I) obs: 0.0592 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル解像度: 1.76→1.86 Å / Rmerge(I) obs: 0.3972 / Num. unique obs: 8789

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.4精密化
CrysalisProv171.42データ削減
CrysalisProv171.42データスケーリング
PHASERv2.8.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.76→25.12 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU R Cruickshank DPI: 0.145 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.151 / SU Rfree Blow DPI: 0.143 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.14
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2518 2951 -RANDOM
Rwork0.2031 ---
obs0.2054 62030 95.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 23.83 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.3006 Å20.0871 Å2-0.3241 Å2
2--0.1121 Å2-0.1902 Å2
3---0.1885 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.24 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.76→25.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5356 0 90 549 5995
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0085655HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg17695HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2128SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1072HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it5655HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion758SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5373SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.84
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.5
LS精密化 シェル解像度: 1.76→1.77 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3291 46 -
Rwork0.3102 --
obs0.3109 1241 86.87 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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