PDB-9gf4: CC-Hept-IV-hen2 variant peptide with Hendecad repeat substitution

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9gf4

タイトル

CC-Hept-IV-hen2 variant peptide with Hendecad repeat substitution

要素

CC-Hept-IV-hen2

キーワード

DE NOVO PROTEIN / Hendecad Repeat / Coiled-Coil / De novo Design

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.49 Å

データ登録者

Kurgan, K.W. / Martin, F.J.O. / Woolfson, D.N.

資金援助

米国,

英国, 7件

組織	認可番号	国
National Science Foundation (NSF, United States)	BB/V004220/1	米国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)	BB/V004220/1	英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)	BB/R00661X/1	英国
Engineering and Physical Sciences Research Council	EP/G036764	英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)	BB/L01386X/1	英国
Royal Society	WM140008	英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)	BB/S002820/1	英国

引用

ジャーナル: Chem Sci / 年: 2025
タイトル: Exchange, promiscuity, and orthogonality in de novo designed coiled-coil peptide assemblies.
著者: Kurgan, K.W. / Martin, F.J.O. / Dawson, W.M. / Brunnock, T. / Orr-Ewing, A.J. / Woolfson, D.N.

履歴

登録	2024年8月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年1月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年1月29日	Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.2	2025年2月5日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9gf4.cif.gz	107.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9gf4.ent.gz	85.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9gf4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gf/9gf4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gf/9gf4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9gf2C 9gf3C C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (2)

登録構造単位

A: CC-Hept-IV-hen2

B: CC-Hept-IV-hen2

C: CC-Hept-IV-hen2

D: CC-Hept-IV-hen2

E: CC-Hept-IV-hen2

F: CC-Hept-IV-hen2

G: CC-Hept-IV-hen2

ヘテロ分子

25.4 kDa, 7 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: equilibrium centrifugation

単位格子

Length a, b, c (Å)	38.546, 47.919, 153.020
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

#1: タンパク質・ペプチド	CC-Hept-IV-hen2 分子量: 3491.127 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 193 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.89 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.46 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 1.5 M Ammonium sulfate, 0.1 M Sodium acetate 5.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年9月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.49→19.67 Å / Num. obs: 47155 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 1 % / CC_1/2: 0.9984 / R_merge(I) obs: 0.045 / R_pim(I) all: 0.013 / R_rim(I) all: 0.047 / Net I/σ(I): 25.1
反射シェル	解像度: 1.49→1.52 Å / R_merge(I) obs: 0.3 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique obs: 2201 / CC_1/2: 0.9949 / R_pim(I) all: 0.102 / R_rim(I) all: 0.319 / % possible all: 96.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
Aimless		データスケーリング
autoPROC		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.49→19.67 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.973 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.967 / SU B: 1.764 / SU ML: 0.03 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.063 / ESU R Free: 0.056 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1751	2435	5.2 %	RANDOM
R_work	0.15067	-	-	-
obs	0.15195	44719	99.74 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.747 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.88 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-1.3 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.58 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.49→19.67 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1718	0	62	193	1973

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.012	1805
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1919
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.356	1.782	2420
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.528	1.755	4408
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.875	5	237
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	9.332	10	321
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.074	0.2	300
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	2060
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	330
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.075	1.631	975
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.044	1.627	973
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.262	2.93	1211
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.242	2.927	1210
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.775	2.114	830
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.772	2.119	831
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.316	3.631	1208
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	13.293	18.92	2211
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	13.253	18.93	2211
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	2.877	3	3724
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.491→1.53 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.212	188	-
R_work	0.173	3137	-
obs	-	-	97.74 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3497	0.0469	-0.1943	0.5771	-0.0256	10.761	-0.0253	0.0161	-0.0182	0.0146	-0.0396	0.0596	0.024	-0.4463	0.0649	0.0024	-0.0029	0.0033	0.0217	-0.0076	0.008	-18.9768	-5.5566	25.4568
2	0.6003	0.0899	-1.472	0.6589	-0.8903	14.7881	-0.0151	0.0534	-0.0945	-0.0106	0.002	-0.0164	0.4367	-0.1676	0.0131	0.0151	-0.0029	-0.0058	0.005	-0.0075	0.0196	-12.7711	-11.4421	25.484
3	0.6664	0.0385	-0.0453	0.7203	0.0314	16.1251	-0.0115	-0.0089	0.0576	0.0265	-0.0059	0.0573	-0.3914	-0.3727	0.0174	0.0108	0.0091	0.0006	0.0088	-0.0016	0.0091	-18.35	3.057	26.5526
4	0.6286	-0.1574	0.5051	1.0081	-1.4844	14.699	0.028	0.0182	0.0377	0.0694	-0.0395	-0.134	-0.2716	0.541	0.0115	0.0164	-0.0172	-0.0074	0.0305	0.0009	0.022	-2.8788	5.2677	26.8086
5	0.8392	-0.2005	0.9645	0.5712	-1.3608	16.164	-0.0348	0	0.1093	0.0712	-0.0397	-0.0485	-0.6253	0.2204	0.0745	0.025	-0.0096	-0.0037	0.0044	0.0006	0.016	-11.0988	7.8265	26.7684
6	0.9323	0.1647	-1.1402	0.8669	-1.7025	15.2318	-0.0634	-0.0189	-0.1381	-0.037	-0.0568	-0.1514	0.5036	0.254	0.1202	0.018	0.0075	0.0039	0.0054	0.0075	0.0466	-4.1033	-10.077	25.3014
7	0.3878	0.158	-0.5274	0.9263	-1.8879	13.4403	-0.003	-0.0102	-0.0403	0.005	-0.0707	-0.169	0.1347	0.4911	0.0737	0.0034	-0.0002	-0.0057	0.0398	0.0057	0.0398	0.0946	-2.5813	25.6114

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	0 - 35
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	0 - 35
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	0 - 35
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	0 - 35
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	0 - 35
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	0 - 35
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	0 - 35

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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