PDB-9ges: Crystal structure of HEI10

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9ges

タイトル

Crystal structure of HEI10

要素

E3 ubiquitin-protein ligase CCNB1IP1

キーワード

RECOMBINATION / Meiosis / E3 ligase / synaptonemal complex

機能・相同性

機能・相同性情報

chiasma assembly / synaptonemal complex / blastocyst formation / reciprocal meiotic recombination / spermatid development / RING-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin protein ligase activity / protein ubiquitination / zinc ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.43 Å

データ登録者

Milburn, A.E. / Espejo-Serrano, C. / Dunce, J.M. / Davies, O.R.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of HEI10
著者: Milburn, A.E. / Espejo-Serrano, C. / Dunce, J.M. / Davies, O.R.

履歴

登録	2024年8月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年8月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9ges.cif.gz	335.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9ges.ent.gz	243.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9ges.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9ges_validation.pdf.gz	2.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9ges_full_validation.pdf.gz	2.9 MB	表示
XML形式データ	9ges_validation.xml.gz	28.5 KB	表示
CIF形式データ	9ges_validation.cif.gz	36.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ge/9ges ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ge/9ges	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: E3 ubiquitin-protein ligase CCNB1IP1

B: E3 ubiquitin-protein ligase CCNB1IP1

C: E3 ubiquitin-protein ligase CCNB1IP1

D: E3 ubiquitin-protein ligase CCNB1IP1

ヘテロ分子

91.9 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: light scattering, SAXS

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.198, 73.857, 124.032
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 99.276, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb

#1: タンパク質	E3 ubiquitin-protein ligase CCNB1IP1 / Cyclin-B1-interacting protein 1 / Human enhancer of invasion 10 / RING-type E3 ubiquitin transferase CCNB1IP1 分子量: 22844.213 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CCNB1IP1, C14orf18, HEI10 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NPC3, RING-type E3 ubiquitin transferase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.61 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1 M HEPES sodium salt pH 7.5 30% (w/v) MPD; 5% (w/v) PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 1.27806 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.27806 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.43→63.238 Å / Num. obs: 11283 / % possible obs: 31.3 % / 冗長度: 6.6 % / B_iso Wilson estimate: 42.69 Å² / R_merge(I) obs: 0.115 / R_pim(I) all: 0.051 / Net I/σ(I): 9.4
反射シェル	解像度: 2.43→2.781 Å / 冗長度: 6.9 % / R_merge(I) obs: 1.201 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 565 / R_pim(I) all: 0.479 / % possible all: 4.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.21_5207	精密化
autoPROC		データ削減
STARANISO		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.43→43.46 Å / SU ML: 0.3041 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 36.1128
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2894	588	5.23 %
R_work	0.25	10660	-
obs	0.2521	11248	31.25 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 61.51 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.43→43.46 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5794	0	8	0	5802

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0019	5898
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.4563	7910
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.035	852
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0034	1000
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.2157	2284

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.43-2.65	0.3421	14	0.3864	294	X-RAY DIFFRACTION	3.74
2.69-3.06	0.4009	54	0.3563	1096	X-RAY DIFFRACTION	13.36
3.06-3.86	0.3007	151	0.2937	2659	X-RAY DIFFRACTION	31.33
3.86-43.46	0.2805	369	0.2307	6611	X-RAY DIFFRACTION	76.51

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.841770062364	-0.310907067801	0.0741469528805	1.38279870448	0.723281382062	0.450692733653	0.112363701637	0.470113734989	0.22657355079	-0.459443304553	0.220826810175	-0.36457647984	-0.277248454057	0.276308758969	-0.108355525973	0.214411622652	0.0920216897979	-0.014362703435	0.579335020777	-0.0428191832979	0.160220248352	15.6183757218	-1.58252387637	8.81915834566
2	0.911997810821	0.0509033266896	-0.0396564601093	0.0382269995952	0.177029833216	0.841391173946	0.0565748282937	0.186576739588	0.178160153166	-0.0755994526979	0.0779052093014	-0.00638370409899	-0.117936980913	0.0599670502301	0.0137084062048	-0.0521312559457	-0.121244809105	0.00107864806378	0.38185628329	0.110816264051	0.213844378839	16.7988528947	-0.428032699683	23.7436468602
3	0.220740858484	0.164050191746	0.182996104001	-0.0175154060628	0.20963284997	0.202408689422	-0.215996922479	0.099912196763	-0.056315077139	-0.730176825414	0.24250666894	-0.0397163318608	0.0699330087087	-0.0197915553473	-0.038120296535	0.541194413248	-0.204450958968	-0.162188696561	0.348511371414	-0.062149828414	0.0824293645521	-18.7356162556	-7.67708548666	-31.9483503532
4	1.36070727893	-0.0825497416705	-0.317642303358	1.08215834436	0.812484936556	1.46612344467	-0.0215686732229	-0.210165240148	-0.0109911402261	0.0202812092788	0.0969508037198	-0.442638836931	-0.0490061530469	0.27128228609	-0.0228358978181	0.0879954030727	-0.0468243198631	0.026929445397	0.447603001447	0.0894567927146	0.133036137712	25.1619853318	-2.42603081979	44.955338231
5	0.151146620606	0.034127034455	-0.005036655963	-0.0398306751199	0.115165604573	-0.00819204846741	0.0716370985087	-0.01688352454	0.198577418748	0.499556254185	-0.124169629731	-0.17705820775	-0.026814476762	-0.0406414939791	0.100523398682	-0.0417440529981	0.144379911269	-0.0538450001409	0.30031447263	-0.156649127795	0.0140684948351	16.7123548132	8.36686982289	89.6957015495
6	0.16672944866	0.0489968093774	0.212248795026	0.581589963129	0.130669921225	1.02496004855	-0.0996767022235	-0.194119132154	0.167083962553	0.390341304706	-0.033714835707	0.176114617069	-0.349774609556	-0.28218992679	-0.13409362145	0.0952252385847	0.0940561749229	0.114859253329	0.20966462626	-0.313114189205	-0.161293129027	-12.5797502921	5.91558495039	48.9254934468
7	0.126346221191	0.0517522226855	0.523354703311	-0.146474503143	0.166654815841	1.6918222951	-0.165213743383	-0.0986537109296	0.0901195123783	0.254285748218	-0.121039978393	0.0129075562737	-0.294835042431	0.11744019721	-0.00935121960826	0.649663787858	-0.0864755194435	-0.399121241405	0.248065683481	-0.146290770018	-0.0986144366808	18.0629814051	13.9240623869	97.624528461
8	1.19089867232	-0.39901868454	-0.284980858258	0.778125606964	-0.750711525697	1.21512148407	0.0316786598944	0.185223319981	-0.0571324270054	-0.206387344658	0.0520861011894	0.0889416237264	0.0769927840786	-0.0872201919632	0.235546514333	0.215835377644	-0.088721157773	-0.137908336113	0.262808156397	-0.165028871748	-0.109559177715	-18.3626268269	-4.1879418742	18.494732642
9	2.99207498347	0.794650784916	-1.97858878592	2.62719168886	1.51767403595	4.90090738979	-0.217972041931	-0.196541171694	-0.235164320441	-0.080636475661	-0.0519823735661	-0.145029697553	0.359448909631	0.262862231002	0.15197088535	0.46844366495	0.134191882055	0.189082900091	0.641265016573	-0.240581672834	0.361148106301	-27.4807821434	-5.35257882923	21.9932465286
10	0.190779089096	-0.070107242295	0.122794113634	0.217579461005	0.14275818139	0.474947602351	-0.034775204554	0.0355213474138	-0.130616961952	-0.0625485268123	0.0287218593752	0.136846181093	0.0928265219565	-0.193764573379	-0.0173392032474	-0.186370377429	-0.121981710408	0.00348790558232	0.136044386288	-0.110495402339	0.0448453323491	-17.6921528841	-3.85179031971	30.8259245067
11	0.0598353056401	-0.0490767375443	0.414682697684	-0.198052431808	-0.318204113216	1.05019373932	0.220402750634	0.0469384875591	0.0499946370724	-0.43083174178	-0.1479251337	0.262382380496	0.203262436976	0.0553174044895	0.0754188982697	0.497209097956	-0.0533401776138	-0.0872049105386	0.159698082567	0.133809921418	-0.0788071432567	-17.8065811081	-12.8232375121	-31.6874605834

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 8 through 50 )	A	A	8 - 50	1 - 43
2	2	chain 'A' and (resid 51 through 81 )	A	A	51 - 81	44 - 74
3	3	chain 'A' and (resid 82 through 184 )	A	A	82 - 184	75 - 177
4	4	chain 'B' and (resid 8 through 65 )	B	B	8 - 65	1 - 58
5	5	chain 'B' and (resid 66 through 184 )	B	B	66 - 184	59 - 177
6	6	chain 'C' and (resid 7 through 81 )	C	C	7 - 81	1 - 75
7	7	chain 'C' and (resid 82 through 185 )	C	C	82 - 185	76 - 179
8	8	chain 'D' and (resid 7 through 33 )	D	D	7 - 33	1 - 27
9	9	chain 'D' and (resid 34 through 42 )	D	D	34 - 42	28 - 36
10	10	chain 'D' and (resid 43 through 81 )	D	D	43 - 81	37 - 75
11	11	chain 'D' and (resid 82 through 185 )	D	D	82 - 185	76 - 179

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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