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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9gef
タイトルExperimental localization of metal-binding sites reveals the role of metal ions in the delafloxacin-stabilized Streptococcus pneumoniae topoisomerase IV DNA cleavage complex
要素
  • DNA (5'-D(*GP*TP*AP*AP*TP*AP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*GP*TP*GP*GP*AP*T)-3')
  • DNA (5'-D(P*AP*AP*CP*CP*GP*TP*AP*TP*TP*AP*C)-3')
  • DNA (5'-D(P*GP*GP*TP*TP*AP*TP*CP*CP*AP*CP*A)-3')
  • DNA TOPOISOMERASE (ATP-HYDROLYZING),DNA TOPOISOMERASE 4
キーワードDNA BINDING PROTEIN / metal ions / Type II topoisomerases / Fluoroquinolones / Long-wavelength X-ray crystallography
機能・相同性ACETATE ION / : / delafloxacin / DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.62 Å
データ登録者Wang, B. / Najmudin, S. / Pan, X.-S. / Mykhaylyk, V. / Orr, C. / Wagner, A. / Govada, L. / Chayen, N.E. / Fisher, L.M. / Sanderson, M.R.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Other governmentMR/T000848 英国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2024
タイトル: Experimental localization of metal-binding sites reveals the role of metal ions in type II DNA topoisomerases.
著者: Wang, B. / Najmudin, S. / Pan, X.S. / Mykhaylyk, V. / Orr, C. / Wagner, A. / Govada, L. / Chayen, N.E. / Fisher, L.M. / Sanderson, M.R.
履歴
登録2024年8月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA TOPOISOMERASE (ATP-HYDROLYZING),DNA TOPOISOMERASE 4
B: DNA TOPOISOMERASE (ATP-HYDROLYZING),DNA TOPOISOMERASE 4
E: DNA (5'-D(*TP*GP*TP*GP*GP*AP*T)-3')
F: DNA (5'-D(P*GP*GP*TP*TP*AP*TP*CP*CP*AP*CP*A)-3')
G: DNA (5'-D(*GP*TP*AP*AP*TP*AP*C)-3')
H: DNA (5'-D(P*AP*AP*CP*CP*GP*TP*AP*TP*TP*AP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)176,70427
ポリマ－174,8106
非ポリマー1,89421
水1,946108
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area20380 Å2
ΔGint-171 kcal/mol
Surface area61690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)158.533, 158.533, 210.820
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 DNA TOPOISOMERASE (ATP-HYDROLYZING),DNA TOPOISOMERASE 4


分子量: 81934.758 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: THE FUSED TOPOISOMERASE IV CLEAVAGE COMPLEX COMPRISES THE C-TERMINAL DOMAIN OF THE PARE30 DOMAIN (RESIDUES 415-647), A HIS INSERT AT POSITION 648 AND THE N-TERMINAL DOMAIN OF PARC55 (RESIDUES 1001-1486),
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
株: 7785 / 遺伝子: AMCSP13_000989, PARC, SP_0855 / プラスミド: PET29A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing)

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DNA鎖 , 4種, 4分子 EFGH

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*GP*TP*GP*GP*AP*T)-3')


分子量: 2168.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: PLAMID PBR322 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*GP*GP*TP*TP*AP*TP*CP*CP*AP*CP*A)-3')


分子量: 3333.198 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: PLASMID PBR322 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌)
#4: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*TP*AP*AP*TP*AP*C)-3')


分子量: 2121.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: PLAMID PBR322 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌)
#5: DNA鎖 DNA (5'-D(P*AP*AP*CP*CP*GP*TP*AP*TP*TP*AP*C)-3')


分子量: 3317.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: PLAMID PBR322 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌)

-
非ポリマー , 7種, 129分子

#6: 化合物
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#8: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#9: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#10: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#11: 化合物 ChemComp-TE9 / delafloxacin / 1-[6-azanyl-3,5-bis(fluoranyl)pyridin-2-yl]-8-chloranyl-6-fluoranyl-7-(3-oxidanylazetidin-1-yl)-4-oxidanylidene-quinoline-3-carboxylic acid / WQ-3034


分子量: 440.760 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H12ClF3N4O4
#12: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 108 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.88 % / 解説: rod-shaped
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 50 mM sodium cacodylate, 62.5 mM KCl, 7.5 mM MgCl 2 , 2.5% Tacsimate TM Hampton Research, 5.5-7% isopropanol, pH 6.5. The protein crystals were cryoprotected with 50 mM sodium cacodylate pH 6. ...詳細: 50 mM sodium cacodylate, 62.5 mM KCl, 7.5 mM MgCl 2 , 2.5% Tacsimate TM Hampton Research, 5.5-7% isopropanol, pH 6.5. The protein crystals were cryoprotected with 50 mM sodium cacodylate pH 6.5, 62.5 mM KCl, 7.5 mM MgCl 2 , 2.5% Tacsimate TM Hampton Research, 1 mM beta-mercaptoethanol and 30% v/v MPD before being flash-cooled in liquid nitrogen and collected in elliptical polyimide sample mounts.
PH範囲: 6.5 - 8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I23 / 波長: 2.75, 3.14, 3.54, 4.35, 4.50 and 5.16
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 12M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年9月23日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
12.751
23.141
33.541
44.351
54.51
65.161
反射解像度: 2.37→210.82 Å / Num. obs: 124385 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 59.4 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.215 / Rpim(I) all: 0.027 / Net I/σ(I): 11.6
反射 シェル解像度: 2.37→2.41 Å / 冗長度: 45 % / Rmerge(I) obs: 5.369 / Num. unique obs: 6112 / CC1/2: 0.204 / Rpim(I) all: 0.796 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PDB-REDO8.11精密化
PHENIX4.4.7精密化
DIALSデータ削減
xia2.multiplexデータスケーリング
DIMPLE位相決定
STARANISOデータスケーリング
CootAfter using ANODEモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.62→79.39 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 26.622 / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.524 / ESU R Free: 0.276 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2085 1109 1.7 %RANDOM
Rwork0.18041 ---
obs0.18089 62910 69.46 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 48.179 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.27 Å2-0.63 Å2-0 Å2
2---1.27 Å20 Å2
3---4.11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.62→79.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11504 732 110 108 12454
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.01712671
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01611900
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.441.79617211
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.4551.56927449
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.3595.2931534
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.274206
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.526102216
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0610.21918
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0214178
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022726
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5641.895783
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.5641.8895782
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.7183.3967236
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.7163.3947225
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.0221.9096888
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.0221.9096889
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.8833.4259978
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.66217.7416097
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.66217.7516094
LS精密化 シェル解像度: 2.622→2.69 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.117 3 -
Rwork0.348 359 -
obs--5.35 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.09850.54230.01820.53340.03580.57460.00950.0303-0.16270.02620.0336-0.15130.05850.3033-0.04310.28740.02580.00290.3283-0.03820.0463-48.21560.882-36.312
21.15630.48910.090.53510.10020.43310.059-0.0450.24860.0172-0.02610.0751-0.29010.0126-0.03290.32380.00950.04020.2634-0.02360.0621-54.51367.731-0.033
37.7024-7.1735-0.465311.31531.29150.19440.0097-0.41281.1660.0281-0.086-0.3181-0.015-0.00750.07630.3223-0.1298-0.01750.4751-0.10020.3083-38.02470.336-35.605
45.32380.2692-1.19680.17930.12460.47650.24410.14041.2321-0.320.1618-0.0434-0.42270.1712-0.40590.7673-0.14870.29770.5603-0.01960.3603-33.77972.105-32.236
52.6509-2.3032-0.322611.04612.47650.59450.02350.4074-0.42750.13390.2653-1.14050.0230.2041-0.28880.233-0.0371-0.02960.5905-0.04360.355-41.472.8950.698
64.04911.4821-0.7652.87271.34441.27830.2033-0.3427-0.09360.15650.506-1.08410.02730.5242-0.70920.59350.1212-0.03230.5161-0.22340.484-37.98676.14-2.471
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A411 - 1485
2X-RAY DIFFRACTION2B411 - 1485
3X-RAY DIFFRACTION3E9 - 15
4X-RAY DIFFRACTION4F1 - 11
5X-RAY DIFFRACTION5G9 - 15
6X-RAY DIFFRACTION6H1 - 11

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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