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万見
- PDB-9ge1: Trp-cage fortified Tc5b-Exenatide chimera with disulfide bond cyc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ge1
タイトルTrp-cage fortified Tc5b-Exenatide chimera with disulfide bond cyclization (Ex-4-Tc5bCC) at 321K
要素Trp-cage fortified Tc5b-Exenatide chimera (Ex-4-Tc5bCC)
キーワードDE NOVO PROTEIN / Exenatide / GLP-1R ligand / Trp-Cage DE NOVO PROTEIN / Miniprotein / Disulfide bond
生物種Heloderma suspectum (爬虫類)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Horvath, D.
資金援助 ハンガリー, European Union, 2件
組織認可番号国
Hungarian National Research, Development and Innovation Office2018-1.2.1-NKP-2018-00005 ハンガリー
European Communitys Seventh Framework ProgrammeRRF-2.3.1-21-2022-00015European Union
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2024
タイトル: Influence of Trp-Cage on the Function and Stability of GLP-1R Agonist Exenatide Derivatives.
著者: Horvath, D. / Straner, P. / Taricska, N. / Fazekas, Z. / Menyhard, D.K. / Perczel, A.
履歴
登録2024年8月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年9月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月9日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Trp-cage fortified Tc5b-Exenatide chimera (Ex-4-Tc5bCC)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,8201
ポリマ－2,8201
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: NMR Distance Restraints, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 20structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Trp-cage fortified Tc5b-Exenatide chimera (Ex-4-Tc5bCC)


分子量: 2820.183 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Disulfide bond between Cys 4 - Cys 25 residues / 由来: (組換発現) Heloderma suspectum (爬虫類) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-1H COSY
121isotropic12D 1H-1H TOCSY
131isotropic12D 1H-1H NOESY

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 0.8 mM non-labeled polypeptide, 1 % non-labeled sodium azide, 1 % non-labeled DSS, 90% H2O/10% D2O
Label: 1H / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.8 mMpolypeptidenon-labeled1
1 %sodium azidenon-labeled1
1 %DSSnon-labeled1
試料状態イオン強度: n.d. Not defined / Label: 1 / pH: 7.08 / 圧: 1 atm / 温度: 321 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 700 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CcpNmr Analysis Assign2.4.1CCPN精密化
ARIA2alpha2.3.1Rieping, W. et al.structure calculation
CcpNmr Analysis Assign2.4.1CCPNchemical shift assignment
CcpNmr Analysis Assign2.4.1CCPNpeak picking
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 2
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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