PDB-9gdw: RNA binding domain of Turnip crinkle virus p38, p38R

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9gdw

タイトル

RNA binding domain of Turnip crinkle virus p38, p38R

要素

Capsid protein

キーワード

RNA BINDING PROTEIN / RNA interference (RNAi) / viral suppressor of RNA silencing (VSR) / plant virus / Turnip crinkle virus / dsRNA / siRNA / miRNA

機能・相同性

Plant viruses icosahedral capsid proteins 'S' region signature. / Icosahedral viral capsid protein, S domain / Viral coat protein (S domain) / T=3 icosahedral viral capsid / Viral coat protein subunit / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / structural molecule activity / RNA binding / Capsid protein

機能・相同性情報

生物種

Turnip crinkle virus (ウイルス)

手法

溶液NMR / simulated annealing

データ登録者

Weininger, U. / Golbik, R. / Thondorf, I. / Behrens, S.E.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: RNA binding domain of Turnip crinkle virus p38, p38R
著者: Weininger, U. / Golbik, R. / Thondorf, I. / Behrens, S.E.

履歴

登録	2024年8月6日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年8月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9gdw.cif.gz	149.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9gdw.ent.gz	121.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9gdw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9gdw_validation.pdf.gz	528.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9gdw_full_validation.pdf.gz	861.1 KB	表示
XML形式データ	9gdw_validation.xml.gz	41.4 KB	表示
CIF形式データ	9gdw_validation.cif.gz	49 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gd/9gdw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gd/9gdw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 34946RNA binding domain of Turnip crinkle virus p38, p38R

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#98 - 2008年2月低分子干渉RNA (Small Interfering RNA) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (3) #200 - 2016年8月正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Capsid protein

5.19 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: NMR Distance Restraints, not applicable

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	10 / 20	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質・ペプチド	Capsid protein / Coat protein / p38 分子量: 5187.014 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Turnip crinkle virus (ウイルス) / 遺伝子: ORF4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P06663
Has protein modification	N

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	Sample state	Spectrometer-ID	タイプ
1	1	1	isotropic	1	2D 1H-15N HSQC
1	2	1	isotropic	1	2D 1H-13C HSQC aliphatic
1	3	1	isotropic	1	2D 1H-13C HSQC aromatic
1	4	1	isotropic	1	3D HN(CA)CB
1	5	1	isotropic	1	3D 1H-15N TOCSY
1	6	1	isotropic	1	3D (H)CCH-TOCSY
1	7	1	isotropic	1	3D 1H-15N NOESY
1	8	1	isotropic	1	3D 1H-13C NOESY aliphatic
1	9	1	isotropic	1	3D 1H-13C NOESY aromatic

-
試料調製

詳細	タイプ: solution 内容: 1.0 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein, 90% H2O/10% D2O Label: 15N13C_sample / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料	濃度: 1.0 mM / 構成要素: protein / Isotopic labeling: [U-100% 13C; U-100% 15N]
試料状態	イオン強度: 50 mM / Label: conditions_1 / pH: 7 / 圧: 1 bar / 温度: 283 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 800 MHz

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
NMRViewJ	Johnson, One Moon Scientific	chemical shift assignment
CNS	Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read	structure calculation
ARIA	Linge, O'Donoghue and Nilges	structure calculation
CNS	Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read	精密化
NMRViewJ	Johnson, One Moon Scientific	peak picking
NMRPipe	Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax	解析

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 3

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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