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万見
- PDB-9gdm: Solution structure of a silver ion mediated DNA duplex with unive... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9gdm
タイトルSolution structure of a silver ion mediated DNA duplex with universal 7-deazapurine substitutions
要素ODNI-Ag
キーワードDNA / 7-deazaadenine / 7-deazaguanine / silver-mediated base pairing / oligonucleotide / metallo-DNA
機能・相同性SILVER ION / DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Javornik, U. / Plavec, J. / Galindo, M.A.
資金援助 スロベニア, スペイン, 3件
組織認可番号国
Slovenian Research AgencyP1-0242 スロベニア
Slovenian Research AgencyJ1-1704 スロベニア
Ministry of Economy and Competitiveness (MINECO)PID2020-120186RB-I00 スペイン
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Unveiling the solution structure of a DNA duplex with continuous silver-modified Watson-Crick base pairs.
著者: Javornik, U. / Perez-Romero, A. / Lopez-Chamorro, C. / Smith, R.M. / Dobado, J.A. / Palacios, O. / Bera, M.K. / Nyman, M. / Plavec, J. / Galindo, M.A.
履歴
登録2024年8月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ODNI-Ag
B: ODNI-Ag
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,60914
ポリマ－7,3152
非ポリマー1,29412
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: NMR Distance Restraints, not applicable, mass spectrometry, The deconvoluted mass spectrum for the reaction between duplex I and AgI ions showed the peaks for duplex I (7281.0 g/mol) with 7- ...根拠: NMR Distance Restraints, not applicable, mass spectrometry, The deconvoluted mass spectrum for the reaction between duplex I and AgI ions showed the peaks for duplex I (7281.0 g/mol) with 7-12 AgI ions (106.9 a.u) bound, demonstrating the formation of I-Ag complexes, including the saturated system with twelve metal ions., SAXS, Scattering data consistent with model of a duplex with silver ions in bound in the interior.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: DNA鎖 ODNI-Ag


分子量: 3657.464 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物
ChemComp-AG / SILVER ION


分子量: 107.868 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ag
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic22D NOESY
122isotropic12D NOESY
132isotropic12D 1H-1H COSY
142isotropic12D 1H-1H TOCSY
152isotropic12D 1H-31P HPCOSY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
solution10.8 mM DNA, 100 mM NaClO4, 100 mM TRIS, 14.5 mM AgNO3, 90% H2O/10% D2OSample was titrated with silver nitrate to induce transition to metallated structure.odnIAg_h2o_sample90% H2O/10% D2O
solution20.8 mM DNA, 100 mM NaClO4, 100 mM TRIS, 14.5 mM AgNO3, 100% D2OSample was titrated with silver nitrate to induce transition to metallated structure.odnIAg_d2o_sample100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.8 mMDNAnatural abundance1
100 mMNaClO4natural abundance1
100 mMTRISnatural abundance1
14.5 mMAgNO3natural abundance1
0.8 mMDNAnatural abundance2
100 mMNaClO4natural abundance2
100 mMTRISnatural abundance2
14.5 mMAgNO3natural abundance2
試料状態詳細: standard expt. conditions / イオン強度: 100 mM / Label: room_temp / pH: 8.6 / PH err: 0.4 / 圧: 1 bar / Pressure err: 0.05 / 温度: 298 K / Temperature err: 0.1

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE NEOBrukerAVANCE NEO6001
Varian VNMRSVarianVNMRS8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
VnmrJ4.2Agilentcollection
TopSpin4.1Brukercollection
TopSpin4.1Bruker解析
Amber20Case, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollmanstructure calculation
NMRFAM-SPARKYLee W, Tonelli M, Markley JL (National Magnetic Resonance Facility at Madison)chemical shift assignment
NMRFAM-SPARKYLee W, Tonelli M, Markley JL (National Magnetic Resonance Facility at Madison)peak picking
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 2
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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