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- PDB-9gdk: Jumonji domain-containing protein 1C with crystallization epitope... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9gdk
タイトルJumonji domain-containing protein 1C with crystallization epitope mutations L2440Y:G2444H
要素Probable JmjC domain-containing histone demethylation protein 2C
キーワードTRANSCRIPTION / Crystal Epitopes / Bromodomain
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む / nuclear thyroid hormone receptor binding / dioxygenase activity / histone H3K9 demethylase activity / histone deacetylase complex / transcription coregulator activity / chromatin DNA binding / blood coagulation / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / regulation of DNA-templated transcription ...酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む / nuclear thyroid hormone receptor binding / dioxygenase activity / histone H3K9 demethylase activity / histone deacetylase complex / transcription coregulator activity / chromatin DNA binding / blood coagulation / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / zinc ion binding / nucleoplasm
類似検索 - 分子機能
: / : / : / Lysine-specific demethylase 3B, PWWP domain / Domain of unknown function (DUF7030) / Histone demethylase JHDM2-like / Lysine-specific demethylase 3B, tudor domain / JmjC domain, hydroxylase / A domain family that is part of the cupin metalloenzyme superfamily. / JmjC domain / JmjC domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Probable JmjC domain-containing histone demethylation protein 2C
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.78 Å
データ登録者Fairhead, M. / Strain-Damerell, C. / Ye, M. / Mackinnon, S.R. / Pinkas, D. / MacLean, E.M. / Koekemoer, L. / Damerell, D. / Krojer, T. / Arrowsmith, C.H. ...Fairhead, M. / Strain-Damerell, C. / Ye, M. / Mackinnon, S.R. / Pinkas, D. / MacLean, E.M. / Koekemoer, L. / Damerell, D. / Krojer, T. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / Bountra, C. / Yue, W. / Burgess-Brown, N. / Marsden, B. / von Delft, F. / Structural Genomics Consortium (SGC)
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: A fast, parallel method for efficiently exploring crystallization behaviour of large numbers of protein variants
著者: Fairhead, M. / Strain-Damerell, C. / Ye, M. / Mackinnon, S.R. / Pinkas, D. / MacLean, E.M. / Damerell, D. / Krojer, T. / Yue, W. / Burgess-Brown, N. / Marsden, B. / von Delft, F.
履歴
登録2024年8月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable JmjC domain-containing histone demethylation protein 2C
B: Probable JmjC domain-containing histone demethylation protein 2C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,9032
ポリマ－79,9032
非ポリマー00
水10,665592
1
A: Probable JmjC domain-containing histone demethylation protein 2C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,9521
ポリマ－39,9521
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Probable JmjC domain-containing histone demethylation protein 2C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,9521
ポリマ－39,9521
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)45.2, 98.25, 87.4
Angle α, β, γ (deg.)90, 92.04, 90
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Auth seq-ID: 2156 - 2500 / Label seq-ID: 2 - 346

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

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要素

#1: タンパク質 Probable JmjC domain-containing histone demethylation protein 2C / Jumonji domain-containing protein 1C / Thyroid receptor-interacting protein 8 / TR-interacting ...Jumonji domain-containing protein 1C / Thyroid receptor-interacting protein 8 / TR-interacting protein 8 / TRIP-8


分子量: 39951.734 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: JMJD1C, JHDM2C, KIAA1380, TRIP8 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q15652, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...参照: UniProt: Q15652, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 592 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.33 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: LFS well F04 20% PEG3350 10% ethylene glycol 0.1M bis-tris-propane pH 6.5 0.2M potassium thiocyanate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年3月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.78→31.37 Å / Num. obs: 71577 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル解像度: 1.78→1.83 Å / Rmerge(I) obs: 0.936 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 18899 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0430 (refmacat 0.4.77)精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.78→31.369 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 3.456 / SU ML: 0.106 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.14 / ESU R Free: 0.13 / 詳細: Hydrogens have not been used
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2422 3511 4.907 %
Rwork0.2093 68041 -
all0.211 --
obs-71552 97.995 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 33.142 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.142 Å2-0 Å2-0.721 Å2
2--1.198 Å2-0 Å2
3----0.005 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.78→31.369 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5267 0 0 607 5874
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0125471
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8591.8057455
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.45690
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg7.147519
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.07110874
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg15.60110240
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.140.2826
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.024263
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.4120.23252
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3140.23675
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.280.2571
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.4910.2204
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.3570.218
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.2993.112751
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.9225.5643444
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.3723.3372720
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.7115.9994011
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it27.45269.6629522
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_10.1150.0510269
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
11AX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.114680.05008
12BX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.114680.05008
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
1.78-1.8260.322890.30450520.30553740.9320.9499.38590.288
1.826-1.8760.3272650.28849410.2952360.9340.94599.4270.265
1.876-1.930.32120.24648060.24850650.9460.95999.07210.223
1.93-1.9890.2692290.23646700.23849560.9480.96398.84990.21
1.989-2.0540.272620.22745120.2348180.9530.96599.08680.201
2.054-2.1260.2562170.21543670.21746310.9550.9798.98510.193
2.126-2.2060.252030.21441760.21544400.9570.9798.62610.192
2.206-2.2960.2792150.2239660.22443360.9510.96996.42530.197
2.296-2.3970.261830.20836700.21141280.9540.97293.33820.186
2.397-2.5130.241790.20137960.20339860.9610.97499.7240.18
2.513-2.6480.261950.20435380.20737420.9560.97399.75950.184
2.648-2.8080.2111640.19933680.235480.9660.97599.5490.181
2.808-30.2241830.19331620.19433840.9680.97698.84750.18
3-3.2380.2591570.229200.20331260.9560.97498.43250.189
3.238-3.5430.261180.19226340.19528500.9640.97896.56140.187
3.543-3.9550.2071260.18823960.18926220.9730.97996.18610.189
3.955-4.5550.1991050.17520280.17723350.9790.98191.3490.181
4.555-5.5490.19980.17717720.17819640.980.98195.21390.185
5.549-7.7280.26710.23514200.23715470.9680.97196.38010.238
7.728-31.3690.236400.278470.2699130.9740.9697.15220.295

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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