PDB-9gd5: Crystal structure of apo TRIM24 PHD-BRD in C121 space group

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9gd5

タイトル

Crystal structure of apo TRIM24 PHD-BRD in C121 space group

要素

Transcription intermediary factor 1-alpha

キーワード

TRANSCRIPTION / Transcriptional regulation / Bromodomain / PHD

機能・相同性

機能・相同性情報

perichromatin fibrils / regulation of vitamin D receptor signaling pathway / Signaling by cytosolic FGFR1 fusion mutants / cellular response to estrogen stimulus / estrogen response element binding / calcium ion homeostasis / : / Signaling by FGFR1 in disease / regulation of signal transduction by p53 class mediator / epithelial cell proliferation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.681 Å

データ登録者

Platt, M.A. / Kot, E. / Conway, S.J. / Koekemoer, L.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of apo TRIM24 PHD-BRD in C121 space group
著者: Platt, M.A. / Kot, E. / Conway, S.J. / Koekemoer, L.

履歴

登録	2024年8月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年8月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9gd5.cif.gz	90.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9gd5.ent.gz	64.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9gd5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9gd5_validation.pdf.gz	433.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9gd5_full_validation.pdf.gz	435.6 KB	表示
XML形式データ	9gd5_validation.xml.gz	17.6 KB	表示
CIF形式データ	9gd5_validation.cif.gz	23.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gd/9gd5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gd/9gd5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (6) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (1) #195 - 2016年3月 RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases) 類似性 (1) #56 - 2004年8月カスパーゼ (Caspases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Transcription intermediary factor 1-alpha

B: Transcription intermediary factor 1-alpha

ヘテロ分子

43.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Transcription intermediary factor 1-alpha

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
21.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Transcription intermediary factor 1-alpha

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
21.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	88.9, 36.907, 129.363
Angle α, β, γ (deg.)	90, 110.044, 90
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASN / Beg label comp-ID: ASN / End auth comp-ID: PRO / End label comp-ID: PRO / Auth seq-ID: 825 - 1006 / Label seq-ID: 3 - 184

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Transcription intermediary factor 1-alpha / TIF1-alpha / E3 ubiquitin-protein ligase TRIM24 / RING finger protein 82 / RING-type E3 ubiquitin ...TIF1-alpha / E3 ubiquitin-protein ligase TRIM24 / RING finger protein 82 / RING-type E3 ubiquitin transferase TIF1-alpha / Tripartite motif-containing protein 24 分子量: 21481.590 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRIM24, RNF82, TIF1, TIF1A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O15164, RING-type E3 ubiquitin transferase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 130 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.99 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 2M ammonium sulfate, 0.1M HEPES (pH 7.9), 2% PEG400, 8% glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年2月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.68→44.45 Å / Num. obs: 43525 / % possible obs: 95.7 % / 冗長度: 6.5 % / R_rim(I) all: 0.144 / Net I/σ(I): 1.97
反射シェル	解像度: 1.68→1.71 Å / Num. unique obs: 1485 / CC_1/2: 0.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0430 (refmacat 0.4.77)	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.681→44.45 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.946 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.941 / SU B: 3.001 / SU ML: 0.094 / 交差検証法: NONE / ESU R: 0.117 / ESU R Free: 0.112 / 詳細: Hydrogens have not been used

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2402	2124	4.881 %
R_work	0.2104	41390	-
all	0.212	-	-
obs	-	43514	95.656 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.174 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.031 Å²	0 Å²	0.051 Å²
2-	-	-0.017 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.009 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.681→44.45 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2878	0	4	130	3012

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.012	2950
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.602	1.857	3994
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.022	5	350
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	4.763	5	10
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.326	10	528
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.086	10	140
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.104	0.2	430
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	2256
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.205	0.2	1234
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.306	0.2	2016
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.14	0.2	142
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.128	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.225	0.2	47
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.152	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.327	2.382	1412
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.349	4.265	1758
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.389	2.758	1538
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.171	4.909	2236
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.398	28.221	4390
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.108	0.05	5577

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10835	0.05007
1	2	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10835	0.05007

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.681-1.724	0.325	113	0.341	2180	0.34	3337	0.906	0.804	68.7144	0.296
1.724-1.771	0.351	142	0.318	2474	0.32	3268	0.893	0.748	80.049	0.275
1.771-1.823	0.31	144	0.292	2713	0.293	3126	0.931	0.931	91.3948	0.248
1.823-1.879	0.315	134	0.274	2882	0.276	3024	0.88	0.938	99.7355	0.234
1.879-1.94	0.259	124	0.257	2903	0.257	3027	0.947	0.945	100	0.212
1.94-2.008	0.31	146	0.231	2732	0.235	2878	0.928	0.962	100	0.199
2.008-2.084	0.234	144	0.197	2632	0.199	2776	0.962	0.974	100	0.166
2.084-2.169	0.241	127	0.196	2562	0.198	2689	0.962	0.975	100	0.169
2.169-2.265	0.256	137	0.194	2412	0.197	2549	0.961	0.971	100	0.167
2.265-2.375	0.252	145	0.193	2305	0.196	2451	0.961	0.976	99.9592	0.166
2.375-2.503	0.225	130	0.19	2234	0.192	2364	0.97	0.978	100	0.16
2.503-2.654	0.234	115	0.197	2116	0.199	2231	0.966	0.976	100	0.174
2.654-2.837	0.298	96	0.213	2024	0.217	2120	0.953	0.973	100	0.183
2.837-3.063	0.224	72	0.209	1852	0.21	1924	0.966	0.973	100	0.18
3.063-3.354	0.27	65	0.205	1746	0.207	1811	0.948	0.974	100	0.189
3.354-3.747	0.228	78	0.195	1569	0.197	1647	0.975	0.978	100	0.187
3.747-4.322	0.17	71	0.172	1383	0.172	1454	0.981	0.983	100	0.17
4.322-5.281	0.174	53	0.188	1194	0.188	1247	0.98	0.981	100	0.18
5.281-7.416	0.246	55	0.22	921	0.222	976	0.982	0.976	100	0.203
7.416-44.45	0.192	33	0.21	555	0.209	588	0.98	0.981	100	0.215

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