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- PDB-9gd4: Crystal structure of septin complex Shs1-Cdc12-Cdc3-Cdc10 from Sa... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9gd4
タイトルCrystal structure of septin complex Shs1-Cdc12-Cdc3-Cdc10 from Saccharomyces cerevisiae
要素
  • (Cell division control protein ...) x 3
  • Seventh homolog of septin 1
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / septins / complex / guanine nucleotide binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular bud scar / ascospore-type prospore / mating projection / septin ring disassembly / septin filament array / endoplasmic reticulum polarization / protein localization to bud neck / cellular bud neck septin ring organization / Gin4 complex / mating projection base ...cellular bud scar / ascospore-type prospore / mating projection / septin ring disassembly / septin filament array / endoplasmic reticulum polarization / protein localization to bud neck / cellular bud neck septin ring organization / Gin4 complex / mating projection base / ascospore wall / cellular bud neck septin ring / mitotic actomyosin contractile ring assembly / actomyosin contractile ring assembly / sporulation / septin complex / 1-phosphatidylinositol binding / prospore membrane / septin ring assembly / Release of apoptotic factors from the mitochondria / septum digestion after cytokinesis / phosphatidylinositol-5-phosphate binding / septin ring / cytoskeleton-dependent cytokinesis / maintenance of cell polarity / cellular bud neck / mating projection tip / division septum assembly / phosphatidylinositol-4-phosphate binding / meiotic spindle / exit from mitosis / cell division site / mitotic cytokinesis / spindle microtubule / structural constituent of cytoskeleton / G1/S transition of mitotic cell cycle / intracellular protein localization / microtubule cytoskeleton / molecular adaptor activity / GTPase activity / GTP binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Septin-type guanine nucleotide-binding (G) domain / Septin / Septin-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Septin / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Cell division control protein 10 / Cell division control protein 3 / Cell division control protein 12 / Seventh homolog of septin 1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.039 Å
データ登録者Grupp, B. / Seifermann, J. / Gerhardt, S. / Gronemeyer, T.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of septin complex Shs1-Cdc12-Cdc3-Cdc10 from Saccharomyces cerevisiae
著者: Grupp, B. / Seifermann, J. / Gerhardt, S. / Graser, J. / Johnsson, N. / Gronemeyer, T.
履歴
登録2024年8月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cell division control protein 10
B: Cell division control protein 3
C: Cell division control protein 12
D: Seventh homolog of septin 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)149,09110
ポリマ－147,1984
非ポリマー1,8936
水10,557586
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17470 Å2
ΔGint-100 kcal/mol
Surface area47380 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)98.205, 47.845, 148.885
Angle α, β, γ (deg.)90, 103.29, 90
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

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Cell division control protein ... , 3種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Cell division control protein 10


分子量: 34658.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: CDC10, YCR002C, YCR022, YCR2C / プラスミド: pACYCDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P25342
#2: タンパク質 Cell division control protein 3


分子量: 38564.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: CDC3, YLR314C, L8543.7 / プラスミド: pACYCDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P32457
#3: タンパク質 Cell division control protein 12 / Septin


分子量: 37554.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: CDC12, CLA10, PSL7, YHR107C / プラスミド: pETDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P32468

-
タンパク質 , 1種, 1分子 D

#4: タンパク質 Seventh homolog of septin 1 / Septation protein 7


分子量: 36420.840 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: SHS1, SEP7, YDL225W / プラスミド: pETDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q07657

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非ポリマー , 4種, 592分子

#5: 化合物
ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 586 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.94 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 17.5 % PEG 5000, 0.2 M ammonium sulphate, 0.1 M BIS-TRIS pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.873129 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年10月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.873129 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.039→144.9 Å / Num. obs: 41902 / % possible obs: 89.3 % / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 17 Å2 / CC1/2: 0.973 / Rmerge(I) obs: 0.304 / Rpim(I) all: 0.145 / Rrim(I) all: 0.338 / Net I/σ(I): 5.2
反射 シェル解像度: 2.039→2.355 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 1.567 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 2095 / CC1/2: 0.431 / Rpim(I) all: 0.774 / Rrim(I) all: 1.753 / % possible all: 61.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
autoPROC1.0.5 (20230614)data processing
XDSJun 30, 2023 (BUILT 20230630)データ削減
STARANISO2.3.94 (20230525)データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
BUSTER2.10.4精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.039→23.49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.904 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.882 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 1.46 / SU Rfree Blow DPI: 0.317
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2535 2096 -RANDOM
Rwork0.2161 ---
obs0.218 41834 48.2 %-
原子変位パラメータBiso mean: 26.95 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.128 Å20 Å2-1.9562 Å2
2--2.1296 Å20 Å2
3----2.0016 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.33 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.039→23.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9026 0 118 586 9730
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00618249HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.8132955HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d5494SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes2926HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it9387HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1271SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact17040SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.89
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.5
LS精密化 シェル解像度: 2.04→2.24 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3888 41 -
Rwork0.2691 --
obs0.2747 837 3.99 %
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.251-2.19410.06793.86910.63092.4788-0.10710.3626-0.10980.3626-0.05160.1771-0.10980.17710.1587-0.1945-0.1128-0.07810.02970.0909-0.137845.7431-22.8929.3605
22.4436-1.3411.04770.8461-0.63951.0274-0.04430.05180.10430.05180.1063-0.02210.1043-0.0221-0.062-0.0745-0.0823-0.0490.04180.0614-0.159439.4006-34.029731.8087
31.366-0.70111.23350.6324-0.88873.02830.2083-0.13450.2485-0.1345-0.0882-0.11270.2485-0.1127-0.1202-0.0833-0.0705-0.1024-0.03250.0362-0.166219.5706-23.2977-5.688
40.8229-0.12350.51880.5101-0.19473.8658-0.0116-0.0367-0.227-0.0367-0.04610.2182-0.2270.21820.0577-0.129-0.0603-0.0710.03480.0872-0.13625.4723-17.22261.0289
50.9653-0.38650.71730.4851-0.5762.2787-0.01920.05-0.27920.05-0.03080.1737-0.27920.17370.0499-0.0578-0.051-0.0437-0.06860.016-0.069114.3948-6.5859-35.0651
61.0422-0.31390.73760.71070.01521.4554-0.01240.10610.06840.10610.0029-0.1010.0684-0.1010.0095-0.0354-0.0109-0.0169-0.01060.0163-0.08881.3344-9.1303-39.9383
70.75080.04670.03830.6049-0.30672.43290.0055-0.15990.0893-0.15990.0183-0.19460.0893-0.1946-0.0238-0.01140.0401-0.0768-0.10990.0104-0.0548-6.3893-3.5655-71.9332
8-0.10670.17480.96412.8476-1.03113.2056-0.282-0.2204-0.4944-0.22040.2729-0.7201-0.4944-0.72010.0091-0.04940.0695-0.0916-0.1696-0.0293-0.1051-9.87610.8887-64.1199
92.8645-0.5472-2.4672.15680.17247.1382-0.0011-0.0196-0.7853-0.01960.0960.0991-0.78530.0991-0.0949-0.03020.0808-0.1496-0.18640.0312-0.1456-7.86947.9541-78.8702
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{A|31 - 94}A31 - 94
2X-RAY DIFFRACTION2{A|95 - 303}A95 - 303
3X-RAY DIFFRACTION3{B|91 - 225}B91 - 225
4X-RAY DIFFRACTION4{B|226 - 410}B226 - 410
5X-RAY DIFFRACTION5{C|10 - 134}C10 - 134
6X-RAY DIFFRACTION6{C|135 - 313}C135 - 313
7X-RAY DIFFRACTION7{D|21 - 239}D21 - 239
8X-RAY DIFFRACTION8{D|240 - 296}D240 - 296
9X-RAY DIFFRACTION9{D|297 - 338}D297 - 338

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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