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- PDB-9gcx: Crystal structure of bovine Cytochrome bc1 in complex with inhibi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9gcx
タイトルCrystal structure of bovine Cytochrome bc1 in complex with inhibitor F8
要素
  • (Cytochrome b-c1 complex subunit ...) x 8
  • Cytochrome b
  • Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial
キーワードELECTRON TRANSPORT / mitochondrial electron transport chain / antimalarial
機能・相同性
機能・相同性情報


Complex III assembly / subthalamus development / pons development / cerebellar Purkinje cell layer development / pyramidal neuron development / Respiratory electron transport / thalamus development / respiratory chain complex III / quinol-cytochrome-c reductase / quinol-cytochrome-c reductase activity ...Complex III assembly / subthalamus development / pons development / cerebellar Purkinje cell layer development / pyramidal neuron development / Respiratory electron transport / thalamus development / respiratory chain complex III / quinol-cytochrome-c reductase / quinol-cytochrome-c reductase activity / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / Mitochondrial protein degradation / hypothalamus development / midbrain development / ubiquinone binding / respiratory electron transport chain / hippocampus development / mitochondrial membrane / metalloendopeptidase activity / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / mitochondrial inner membrane / heme binding / mitochondrion / proteolysis / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Cytochrome b-c1 complex subunit 10 / Single alpha-helix domain superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex, 6.4kD protein / Ubiquinol-cytochrome c reductase 8kDa, N-terminal / Ubiquinol-cytochrome c reductase 8 kDa, N-terminal / Globular protein, non-globular alpha/beta subunit / Cytochrome b-c1 complex, subunit 6 / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / UcrQ family / Cytochrome bc1 complex subunit Rieske, transmembrane domain superfamily ...Cytochrome b-c1 complex subunit 10 / Single alpha-helix domain superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex, 6.4kD protein / Ubiquinol-cytochrome c reductase 8kDa, N-terminal / Ubiquinol-cytochrome c reductase 8 kDa, N-terminal / Globular protein, non-globular alpha/beta subunit / Cytochrome b-c1 complex, subunit 6 / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / UcrQ family / Cytochrome bc1 complex subunit Rieske, transmembrane domain superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 14kD subunit / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, transmembrane domain / Ubiquinol cytochrome reductase transmembrane region / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase, UQCRX/QCR9 like / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge protein / Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal / : / Cytochrome b / Ubiquinol-cytochrome c reductase, iron-sulphur subunit / : / Cytochrome c1 / Cytochrome C1 family / : / Cytochrome b/b6, C-terminal / Cytochrome b(C-terminal)/b6/petD / Cytochrome b/b6 C-terminal region profile. / Peptidase M16, zinc-binding site / Insulinase family, zinc-binding region signature. / Cytochrome b/b6, C-terminal domain superfamily / Cytochrome b/b6/petB / Rieske iron-sulphur protein, C-terminal / Cytochrome b/b6, N-terminal / Cytochrome b/b6-like domain superfamily / Cytochrome b/b6 N-terminal region profile. / Di-haem cytochrome, transmembrane / Rieske iron-sulphur protein / Peptidase M16, C-terminal / Peptidase M16 inactive domain / Peptidase M16, N-terminal / Insulinase (Peptidase family M16) / Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / CARDIOLIPIN / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / HEME C / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Chem-LOP / Chem-PSC / Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial / Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 ...: / CARDIOLIPIN / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / HEME C / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Chem-LOP / Chem-PSC / Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial / Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Cytochrome b / Cytochrome b-c1 complex subunit 10 / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.522 Å
データ登録者Pinthong, N. / Hong, W. / ONeill, P.W. / Antonyuk, S.V.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2024
タイトル: Novel antimalarial 3-substituted quinolones isosteres with improved pharmacokinetic properties.
著者: Ge, S. / Jian, R. / Xuan, Q. / Zhu, Y. / Ren, X. / Li, W. / Chen, X. / Huang, R.K. / Lee, C.S. / Leung, S.C. / Basilico, N. / Parapini, S. / Taramelli, D. / Pinthong, N. / Antonyuk, S.V. / ...著者: Ge, S. / Jian, R. / Xuan, Q. / Zhu, Y. / Ren, X. / Li, W. / Chen, X. / Huang, R.K. / Lee, C.S. / Leung, S.C. / Basilico, N. / Parapini, S. / Taramelli, D. / Pinthong, N. / Antonyuk, S.V. / O'Neill, P.M. / Sheng, Z. / Hong, W.D.
履歴
登録2024年8月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial
B: Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial
C: Cytochrome b
D: Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial
E: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
F: Cytochrome b-c1 complex subunit 7
G: Cytochrome b-c1 complex subunit 8
H: Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial
I: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
J: Cytochrome b-c1 complex subunit 9
K: Cytochrome b-c1 complex subunit 10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)300,08630
ポリマ－287,72011
非ポリマー12,36619
水18010
1
A: Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial
B: Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial
C: Cytochrome b
D: Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial
E: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
F: Cytochrome b-c1 complex subunit 7
G: Cytochrome b-c1 complex subunit 8
H: Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial
I: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
J: Cytochrome b-c1 complex subunit 9
K: Cytochrome b-c1 complex subunit 10
ヘテロ分子

A: Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial
B: Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial
C: Cytochrome b
D: Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial
E: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
F: Cytochrome b-c1 complex subunit 7
G: Cytochrome b-c1 complex subunit 8
H: Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial
I: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
J: Cytochrome b-c1 complex subunit 9
K: Cytochrome b-c1 complex subunit 10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)600,17260
ポリマ－575,44022
非ポリマー24,73238
水18010
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_445-y-1,-x-1,-z+1/61
Buried area108810 Å2
ΔGint-775 kcal/mol
Surface area154370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)210.082, 210.082, 344.844
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 120
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

-
要素

-
Cytochrome b-c1 complex subunit ... , 8種, 9分子 ABEIFGHJK

#1: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial / Complex III subunit 1 / Core protein I / Ubiquinol-cytochrome-c reductase complex core protein 1


分子量: 52796.410 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P31800
#2: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial / Complex III subunit 2 / Core protein II / Ubiquinol-cytochrome-c reductase complex core protein 2


分子量: 48203.434 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P23004
#5: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial / Complex III subunit 5 / Cytochrome b-c1 complex subunit 5 / Rieske iron-sulfur protein / RISP / ...Complex III subunit 5 / Cytochrome b-c1 complex subunit 5 / Rieske iron-sulfur protein / RISP / Rieske protein UQCRFS1 / Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit


分子量: 29586.842 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P13272, quinol-cytochrome-c reductase
#6: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Complex III subunit 7 / Complex III subunit VII / QP-C / Ubiquinol-cytochrome c reductase complex ...Complex III subunit 7 / Complex III subunit VII / QP-C / Ubiquinol-cytochrome c reductase complex 14 kDa protein


分子量: 13501.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00129
#7: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / Complex III subunit 8 / Complex III subunit VIII / Ubiquinol-cytochrome c reductase complex 9.5 kDa ...Complex III subunit 8 / Complex III subunit VIII / Ubiquinol-cytochrome c reductase complex 9.5 kDa protein / Ubiquinol-cytochrome c reductase complex ubiquinone-binding protein QP-C


分子量: 9737.223 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P13271
#8: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial / Complex III subunit 6 / Complex III subunit VIII / Cytochrome c1 non-heme 11 kDa protein / ...Complex III subunit 6 / Complex III subunit VIII / Cytochrome c1 non-heme 11 kDa protein / Mitochondrial hinge protein / Ubiquinol-cytochrome c reductase complex 11 kDa protein


分子量: 12346.647 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: A0A452DIC1
#9: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Complex III subunit 9 / Complex III subunit X / Cytochrome c1 non-heme 7 kDa protein / Ubiquinol- ...Complex III subunit 9 / Complex III subunit X / Cytochrome c1 non-heme 7 kDa protein / Ubiquinol-cytochrome c reductase complex 7.2 kDa protein


分子量: 7469.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00130
#10: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit 10 / Complex III subunit 10 / Complex III subunit XI / Ubiquinol-cytochrome c reductase complex 6.4 kDa protein


分子量: 6527.604 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P07552

-
タンパク質 , 2種, 2分子 CD

#3: タンパク質 Cytochrome b / Complex III subunit 3 / Complex III subunit III / Cytochrome b-c1 complex subunit 3 / Ubiquinol- ...Complex III subunit 3 / Complex III subunit III / Cytochrome b-c1 complex subunit 3 / Ubiquinol-cytochrome-c reductase complex cytochrome b subunit


分子量: 42620.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00157
#4: タンパク質 Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial / Complex III subunit 4 / Complex III subunit IV / Cytochrome b-c1 complex subunit 4 / Ubiquinol- ...Complex III subunit 4 / Complex III subunit IV / Cytochrome b-c1 complex subunit 4 / Ubiquinol-cytochrome-c reductase complex cytochrome c1 subunit / Cytochrome c-1


分子量: 35343.770 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00125

-
糖 , 1種, 1分子

#15: 糖 ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C24H46O11 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / コメント: 可溶化剤*YM

-
非ポリマー , 9種, 28分子

#11: 化合物
ChemComp-LOP / (1R)-2-{[(R)-(2-AMINOETHOXY)(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(DODECANOYLOXY)METHYL]ETHYL (9Z)-OCTADEC-9-ENOATE / LAURYL OLEYL PHOSPHATIDYL ETHANOLAMINE


分子量: 661.890 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: C35H68NO8P / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / コメント: リン脂質*YM
#12: 化合物 ChemComp-CDL / CARDIOLIPIN / DIPHOSPHATIDYL GLYCEROL / BIS-(1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHO)-1',3'-SN-GLYCEROL


分子量: 1464.043 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: C81H156O17P2 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / コメント: リン脂質*YM
#13: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C34H32FeN4O4 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ)
#14: 化合物 ChemComp-A1IKG / 2-methyl-3-(4-(4-(trifluoromethoxy)phenoxy)phenyl)-1,5,7,8-tetrahydro-4H-pyrano[4,3-b]pyridin-4-one / 2-methyl-3-[4-[4-(trifluoromethyloxy)phenoxy]phenyl]-3,5,7,8-tetrahydropyrano[4,3-b]pyridin-4-one


分子量: 417.378 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C22H18F3NO4 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ)
#16: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C34H34FeN4O4 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ)
#17: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#18: 化合物 ChemComp-PSC / (7R,17E,20E)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-9-OXO-7-[(PALMITOYLOXY)METHYL]-3,5,8-TRIOXA-4-PHOSPHAHEXACOSA-17,20-DIEN-1-AMINIUM 4-OXIDE / PHOSPHATIDYLCHOLINE / 2-LINOLEOYL-1-PALMITOYL-SN-GYCEROL-3-PHOSPHOCHOLINE


分子量: 759.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H81NO8P / コメント: リン脂質*YM
#19: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: SO4
#20: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.52 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: 50 mM KPi pH 6.8, 100 mM NaCl, 3 mM NaN3, 10-20% PEG4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.52→49.65 Å / Num. obs: 55657 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 10.3 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.15 / Rpim(I) all: 0.05 / Net I/σ(I): 13.5
反射 シェル解像度: 3.54→3.62 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 3699 / CC1/2: 0.54 / Rpim(I) all: 0.51 / % possible all: 96.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0425精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.522→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.916 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.873 / SU B: 57.112 / SU ML: 0.373 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.487 / 詳細: Hydrogens have not been used
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2407 2830 5.085 %
Rwork0.1877 52827 -
all0.19 --
obs-55657 99.106 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 124.215 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.316 Å2-0.158 Å2-0 Å2
2---0.316 Å20 Å2
3---1.026 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.522→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15866 0 813 10 16689
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.01217108
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0811.84123149
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.552019
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg16.9245.137146
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.96102646
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg14.32710723
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1330.22503
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0212746
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2370.27870
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3180.211457
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1540.2431
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2350.2196
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.3830.213
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it7.7588.4028103
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it11.9815.09510107
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it10.548.869005
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it15.64116.12613038
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it19.372105.29670944
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.522-3.6140.3482000.3043699X-RAY DIFFRACTION95.94
3.614-3.7120.3331910.2693753X-RAY DIFFRACTION99.7723
3.712-3.8190.3151860.2453663X-RAY DIFFRACTION99.8444
3.819-3.9360.2762130.2193506X-RAY DIFFRACTION99.7318
3.936-4.0640.2791570.213484X-RAY DIFFRACTION99.7534
4.064-4.2060.221770.1923346X-RAY DIFFRACTION99.6324
4.206-4.3630.2241870.1643194X-RAY DIFFRACTION99.529
4.363-4.540.21770.1513082X-RAY DIFFRACTION99.4811
4.54-4.740.1831670.1392973X-RAY DIFFRACTION99.6193
4.74-4.9690.2021650.1322860X-RAY DIFFRACTION99.5721
4.969-5.2350.2141390.1442740X-RAY DIFFRACTION99.3444
5.235-5.5490.2451260.1652593X-RAY DIFFRACTION99.5242
5.549-5.9260.2391210.172444X-RAY DIFFRACTION99.3416
5.926-6.3940.2391190.1942310X-RAY DIFFRACTION99.1833
6.394-6.9920.221180.1822108X-RAY DIFFRACTION99.2864
6.992-7.7980.2131000.1551920X-RAY DIFFRACTION98.9226
7.798-8.9680.174920.1371720X-RAY DIFFRACTION98.5318
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.3385-0.0545-0.00441.9794-0.25821.9757-0.00920.28630.4624-0.1479-0.0103-0.1803-0.17320.1180.01940.043-0.0565-0.03460.21140.24480.3222-92.3606-31.38487.3632
21.5475-0.5076-0.49971.4331-0.0840.97360.00730.36440.2777-0.1829-0.01960.2896-0.2129-0.20110.01230.1158-0.0343-0.14410.2610.21220.3119-122.704-40.53187.2422
31.4003-0.7085-0.2251.33430.16360.9953-0.1299-0.18160.01170.31810.085-0.31280.07910.35080.04490.10880.0695-0.08580.26060.04060.2068-56.7333-71.01342.5753
41.8556-0.22470.68820.468-0.09520.6174-0.2418-0.05740.17520.17120.1548-0.50020.05470.41940.0870.21420.2077-0.11470.7766-0.05020.6726-28.021-73.733730.5396
51.395-1.5767-0.51362.90720.91720.8775-0.12250.3599-0.3694-0.1830.13660.02420.34540.3367-0.01420.38140.0070.1080.7444-0.03150.5736-43.381-84.30142.8424
63.27241.6611-1.24893.1743-2.13223.08730.0564-0.44820.49550.47660.0716-0.02790.0150.2471-0.1280.22490.0974-0.07050.1492-0.10410.1742-80.8198-46.193352.1757
72.8897-1.82541.9231.7393-1.39881.6179-0.2890.00810.62880.2738-0.0763-0.5854-0.07990.30330.36520.2671-0.0046-0.14840.4109-0.02550.3388-56.736-49.214242.7513
81.64370.4912-0.2970.248-0.66784.63160.0951-0.01130.13470.1661-0.1476-0.0801-0.14490.7940.05250.59080.0498-0.22310.8886-0.08920.9833-11.229-62.859251.4948
92.21352.01453.05847.11065.08055.3957-0.2984-0.28080.1269-0.32290.534-0.2863-0.60430.064-0.23560.4644-0.12590.09310.53850.01030.5227-112.4797-35.627914.5321
103.2324-1.1728-0.14021.17780.28790.58310.220.90950.4475-0.3124-0.2262-0.4582-0.10040.44620.00620.1429-0.00950.12980.68820.19260.4715-43.5908-57.26928.1652
115.10014.181-0.26823.67370.13031.2038-0.59880.4914-0.5028-0.3010.2175-0.248-0.41540.15130.38131.1578-0.00240.12241.0436-0.06530.7426-58.8381-63.6484-2.9127
精密化 TLSグループSelection: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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