PDB-9gcv: Identification of chloride ions in lysozyme at long wavelengths

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9gcv

タイトル

Identification of chloride ions in lysozyme at long wavelengths

要素

Lysozyme C

キーワード

HYDROLASE / Lysozyme

機能・相同性

機能・相同性情報

Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Gallus gallus (ニワトリ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.703 Å

データ登録者

El Omari, K. / Forsyth, I. / Orr, C.M. / Wagner, A.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2024
タイトル: Utilizing anomalous signals for element identification in macromolecular crystallography.
著者: El Omari, K. / Forsyth, I. / Duman, R. / Orr, C.M. / Mykhaylyk, V. / Mancini, E.J. / Wagner, A.

履歴

登録	2024年8月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年10月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月16日	Group: Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9gcv.cif.gz	41.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9gcv.ent.gz	25.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9gcv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gc/9gcv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gc/9gcv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9f56C 9f5bC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (3) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (4) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (3) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (3) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Lysozyme C

ヘテロ分子

14.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	79.031, 79.031, 36.897
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 90
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-309- HOH

#1: タンパク質	Lysozyme C / 1 / 4-beta-N-acetylmuramidase C / Allergen Gal d IV 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: LYZ / 発現宿主: Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698, lysozyme
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.01 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.81 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 100 mM sodium acetate pH 4.6, 1 M NaCl and 25% ethylene glycol

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID	Serial crystal experiment
1	80	1	N
2	80	1	N
3	80	1	N

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	Diamond	I23	1	4.1328
シンクロトロン	Diamond	I23	2	4.592
シンクロトロン	Diamond	I23	3	5.166

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
DECTRIS PILATUS 12M	1	PIXEL	2024年7月31日
DECTRIS PILATUS 12M	2	PIXEL	2024年7月31日
DECTRIS PILATUS 12M	3	PIXEL	2024年7月31日

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	2
3	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	3

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	4.1328	1
2	4.592	1
3	5.166	1

反射

Entry-ID: 9GCV / CC_1/2: 0.99

解像度 (Å)	Num. obs	% possible obs (%)	冗長度 (%)	R_rim(I) all	Diffraction-ID	Net I/σ(I)
2.7-79	2680	76.8	17.7	0.07	1	62
3-79.6	1980	76.7	17.4	0.08	2	44.4
3.37-79	1421	77.4	17.1	0.09	3	36.1

反射シェル

解像度 (Å)	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	Diffraction-ID	% possible all
2.7-2.75	18.9	102	0.99	0.12	1	60.4
3-3.05	21.6	64	0.99	0.082	2
3.37-3.43	36.1	53	0.99	0.072	3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0430 (refmacat 0.4.77)	精密化
DIALS		データ削減
DIALS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.703→55.884 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.932 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.908 / SU B: 10.845 / SU ML: 0.215 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.417 / 詳細: Hydrogens have not been used

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2171	138	5.188 %
R_work	0.1876	2522	-
all	0.189	-	-
obs	-	2660	76.305 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.357 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.067 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.067 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.134 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.703→55.884 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1001	0	6	19	1026

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.012	1025
X-RAY DIFFRACTION	r_ext_dist_refined_b	0	0.01	4117
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.76	1.775	1389
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.479	5	128
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	7.242	5	11
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.562	10	166
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.295	10	50
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.12	0.2	144
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	819
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.213	0.2	462
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.301	0.2	717
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.144	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.104	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.233	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.074	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.278	1.8	515
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.186	3.227	642
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.345	2.032	510
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.865	3.639	747
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.291	22.474	4517

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.703-2.773	0.348	6	0.257	135	0.261	250	0.956	0.963	56.4	0.228
2.773-2.849	0.527	9	0.26	154	0.272	252	0.878	0.963	64.6825	0.233
2.849-2.932	0.243	7	0.248	146	0.248	223	0.981	0.967	68.6099	0.245
2.932-3.021	0.35	7	0.243	152	0.247	236	0.941	0.968	67.3729	0.235
3.021-3.12	0.27	8	0.212	148	0.215	224	0.983	0.973	69.6429	0.196
3.12-3.229	0.162	7	0.175	137	0.175	205	0.985	0.979	70.2439	0.181
3.229-3.351	0.226	6	0.189	144	0.191	224	0.991	0.979	66.9643	0.186
3.351-3.487	0.175	8	0.206	134	0.204	199	0.985	0.974	71.3568	0.197
3.487-3.642	0.418	10	0.178	123	0.19	189	0.903	0.984	70.3704	0.182
3.642-3.819	0.186	7	0.177	139	0.178	189	0.989	0.985	77.2487	0.175
3.819-4.024	0.207	7	0.151	137	0.154	182	0.983	0.987	79.1209	0.161
4.024-4.267	0.165	9	0.151	128	0.152	165	0.987	0.987	83.0303	0.153
4.267-4.559	0.134	6	0.144	137	0.144	163	0.991	0.987	87.7301	0.155
4.559-4.922	0.282	9	0.185	132	0.19	156	0.965	0.982	90.3846	0.196
4.922-5.388	0.197	8	0.149	113	0.153	138	0.983	0.985	87.6812	0.152
5.388-6.017	0.128	8	0.234	124	0.226	132	0.995	0.973	100	0.242
6.017-6.934	0.15	6	0.206	106	0.203	115	0.982	0.978	97.3913	0.222
6.934-8.46	0.196	5	0.199	96	0.199	101	0.99	0.975	100	0.213
8.46-11.829	0.138	3	0.139	82	0.139	86	0.997	0.985	98.8372	0.16
11.829-55.884	0.092	2	0.163	55	0.16	57	1	0.982	100	0.199

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関連情報:EMDBヘッダ

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