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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 9gcq | ||||||
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タイトル | Human Butyrylcholinesterase in complex with N1,N1-dimethyl-N2-(6-(naphthalen-2-yl)-5-(pyridin-4-yl)pyridazin-3-yl)ethane-1,2-diamine | ||||||
![]() | Cholinesterase | ||||||
![]() | HYDROLASE / Butyrylcholinesterase / inhibitor / complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() cholinesterase / : / neuroblast differentiation / response to folic acid / choline binding / Neurotransmitter clearance / cholinesterase activity / response to alkaloid / choline metabolic process / acetylcholine catabolic process ...cholinesterase / : / neuroblast differentiation / response to folic acid / choline binding / Neurotransmitter clearance / cholinesterase activity / response to alkaloid / choline metabolic process / acetylcholine catabolic process / negative regulation of synaptic transmission / hydrolase activity, acting on ester bonds / peptide hormone processing / acetylcholinesterase activity / nuclear envelope lumen / Synthesis of PC / Aspirin ADME / catalytic activity / Synthesis, secretion, and deacylation of Ghrelin / xenobiotic metabolic process / response to glucocorticoid / learning / amyloid-beta binding / blood microparticle / endoplasmic reticulum lumen / negative regulation of cell population proliferation / enzyme binding / extracellular space / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Brazzolotto, X. / Meden, A. / Knez, D. / Gobec, S. / Nachon, F. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Human Butyrylcholinesterase in complex with N1,N1-dimethyl-N2-(6-(naphthalen-2-yl)-5-(pyridin-4-yl)pyridazin-3-yl)ethane-1,2-diamine 著者: Brazzolotto, X. / Meden, A. / Knez, D. / Gobec, S. / Nachon, F. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 277.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.8 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.9 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 26 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 34.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 59713.512 Da / 分子数: 1 変異: N17Q, N455Q, N481Q, N486Q mutations compared to mature wild type sequence to avoid too much N-glycozylation. Numeration on the maturated enzyme (devoid of the signal peptide) 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P06276, cholinesterase |
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-糖 , 3種, 6分子 
#2: 多糖 | #3: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #4: 糖 | |
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-非ポリマー , 4種, 93分子 




#5: 化合物 | ChemComp-A1IKC / 分子量: 369.462 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H23N5 | ||
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#6: 化合物 | ChemComp-MES / | ||
#7: 化合物 | ChemComp-SO4 / #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
Has protein modification | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.4 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Ammonium sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98011 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.62→48.93 Å / Num. obs: 23190 / % possible obs: 99.11 % / 冗長度: 14 % / Biso Wilson estimate: 60.32 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.1392 / Rpim(I) all: 0.03835 / Rrim(I) all: 0.1444 / Net I/σ(I): 14.13 |
反射 シェル | 解像度: 2.62→2.74 Å / 冗長度: 13 % / Rmerge(I) obs: 1.57 / Mean I/σ(I) obs: 1.57 / Num. unique obs: 5101 / CC1/2: 0.72 / CC star: 0.915 / Rpim(I) all: 0.4397 / Rrim(I) all: 1.631 / % possible all: 93.02 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 68.64 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.62→48.93 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 16.6792726797 Å / Origin y: 32.0403138757 Å / Origin z: 38.6269890085 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: chain 'A' and (resid 3 through 529) |