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- PDB-9gco: Xenorhabdus bovienii Thioredoxin complex with Rhs toxin TreX and ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9gco
タイトルXenorhabdus bovienii Thioredoxin complex with Rhs toxin TreX and immunity protein TriX
要素
  • Immunity Protein TriX
  • Thioredoxin
  • Toxin TreX
キーワードTOXIN / ADP-ribosyltransferase / thioredoxin
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-disulfide reductase activity / cell redox homeostasis / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Scabin-like / Domain of unknown function DUF6531 / RHS protein / Domain of unknown function (DUF6531) / RHS protein / RHS repeat / RHS Repeat / YD repeat / Rhs repeat-associated core ...: / Scabin-like / Domain of unknown function DUF6531 / RHS protein / Domain of unknown function (DUF6531) / RHS protein / RHS repeat / RHS Repeat / YD repeat / Rhs repeat-associated core / : / Thioredoxin / Thioredoxin / Thioredoxin, conserved site / Thioredoxin family active site. / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Thioredoxin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Uncharacterized protein / Complete genome segment 11/17 / Thioredoxin
類似検索 - 構成要素
生物種Xenorhabdus bovienii SS-2004 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Jurenas, D. / Terradot, L.
資金援助 ベルギー, 1件
組織認可番号国
Fonds National de la Recherche Scientifique (FNRS)F4526.23 ベルギー
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Thioredoxin 1 moonlights as a chaperone for an interbacterial ADP-ribosyltransferase toxin.
著者: Dumont, B. / Terradot, L. / Cascales, E. / Van Melderen, L. / Jurenas, D.
履歴
登録2024年8月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年12月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thioredoxin
B: Toxin TreX
C: Immunity Protein TriX
D: Thioredoxin
E: Toxin TreX
F: Immunity Protein TriX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,61215
ポリマ－89,1196
非ポリマー4939
水3,549197
1
A: Thioredoxin
B: Toxin TreX
C: Immunity Protein TriX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,8268
ポリマ－44,5593
非ポリマー2665
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: Thioredoxin
E: Toxin TreX
F: Immunity Protein TriX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,7867
ポリマ－44,5593
非ポリマー2264
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)81.955, 82.353, 121.607
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-202-

CA

21E-302-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1chain "A"
d_2ens_1chain "D"
d_1ens_2(chain "B" and (resid 10 through 138 or resid 201))
d_2ens_2(chain "E" and (resid 10 through 138 or resid 201))
d_1ens_3chain "C"
d_2ens_3(chain "F" and resid 3 through 136)

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11ens_1ILEILEILEILEAA8 - 1158 - 115
d_21ens_1ILEILEILEILEDD8 - 1158 - 115
d_11ens_2ASPASPTYRTYRBB10 - 13810 - 138
d_12ens_2PEGPEGPEGPEGBH201
d_21ens_2ASPASPTYRTYREE10 - 13810 - 138
d_22ens_2PEGPEGPEGPEGEM201
d_11ens_3ASPASPASPASPCC3 - 1363 - 136
d_21ens_3ASPASPASPASPFF3 - 1363 - 136

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2
ens_3

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.99816631448, -0.0587437983916, -0.01460050646), (-0.0586701047049, 0.9982626806, -0.00542580271726), (0.0148938729778, -0.00455924025863, -0.999878685579)1.81801124187, -0.196108397381, -60.800339353
2given(-0.998505612361, -0.053958644654, -0.00866064376558), (-0.0539889469758, 0.998536067443, 0.0033038795003), (0.00846969230727, 0.00376652126065, -0.999957037892)1.78560107277, 0.189970988191, -60.7854025949
3given(-0.998471138888, -0.054470848989, -0.00939741550879), (-0.054471065565, 0.998515322208, -0.000233091535418), (0.00939616006851, 0.000279152065487, -0.999955816149)1.68679231752, 0.0878111029247, -60.6640000835

-
要素

-
タンパク質 , 3種, 6分子 ADBECF

#1: タンパク質 Thioredoxin


分子量: 12603.529 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenorhabdus bovienii SS-2004 (バクテリア)
遺伝子: trxA, XBJ1_4182 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: D3V6L5
#2: タンパク質 Toxin TreX / Toxin TreX


分子量: 15317.222 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenorhabdus bovienii SS-2004 (バクテリア)
遺伝子: XBJ1_1305 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: D3UXR3
#3: タンパク質 Immunity Protein TriX


分子量: 16638.732 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenorhabdus bovienii SS-2004 (バクテリア)
遺伝子: XBJ1_1304 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: D3UXR2

-
非ポリマー , 3種, 206分子

#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 197 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.59 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M Calcium chloride dihydrate, 0.1 M Tris-HCl pH 8.0, 44 % v/v PEG 400

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.94→48.92 Å / Num. obs: 61176 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 13.3 % / Biso Wilson estimate: 34.21 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.111 / Rpim(I) all: 0.032 / Χ2: 0.92 / Net I/σ(I): 14.5
反射 シェル解像度: 1.94→1.99 Å / 冗長度: 12.1 % / Rmerge(I) obs: 1.544 / Num. unique obs: 4167 / CC1/2: 0.636 / Rpim(I) all: 0.449 / Χ2: 0.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
PHASER位相決定
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→48.92 Å / SU ML: 0.2046 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.28
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.223 1849 3.29 %
Rwork0.1884 54397 -
obs0.1896 56246 99.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 43.89 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→48.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5937 0 21 197 6155
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01126080
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.04988208
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0607892
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01311065
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.1442250
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAsym-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.652535069356
ens_2d_2BBX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.717900286503
ens_3d_2CCX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.604251409866
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.050.28781350.26224108X-RAY DIFFRACTION99.98
2.05-2.110.31171420.23274146X-RAY DIFFRACTION99.98
2.11-2.180.26051410.21894121X-RAY DIFFRACTION99.95
2.18-2.260.24891360.21074131X-RAY DIFFRACTION99.95
2.26-2.350.26591410.2014153X-RAY DIFFRACTION99.88
2.35-2.460.25431420.19394134X-RAY DIFFRACTION99.95
2.46-2.590.25211420.19414179X-RAY DIFFRACTION99.93
2.59-2.750.24841400.19244151X-RAY DIFFRACTION99.81
2.75-2.960.22331410.20144183X-RAY DIFFRACTION99.88
2.96-3.260.25351420.19884180X-RAY DIFFRACTION99.91
3.26-3.730.21521470.18164235X-RAY DIFFRACTION99.93
3.73-4.70.15921450.14794250X-RAY DIFFRACTION99.86
4.7-48.920.22241550.19214426X-RAY DIFFRACTION99.54
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.907782131921.239581923610.7437392960236.79099279781.572833258956.8510124717-0.2007472977440.123116150091-0.008430390335840.06698561658090.190000526819-0.0598326604072-0.3198419351510.461843077664-0.06064585640.370431448413-0.03905626318620.004759506897360.541542106080.03262657364980.30635344953119.787359071437.1018021801-45.8723463366
22.536607587522.37517448208-0.1602881588613.931104782740.06835555077324.03671388288-0.2038174434250.666375694001-0.599381284263-0.4345368619810.243258730686-0.4836370772080.2296418608630.665377871433-0.08239723849460.3160504911530.03410794805040.007166678698420.555551039659-0.1159119768310.32605030834719.503845958528.7061604432-47.5950115031
37.602157221472.413220270363.922351177183.429107517721.560508621747.7943318808-0.122660030313-0.11756859220.2703616465090.111989949353-0.0646577795468-0.0388415163819-0.407653646770.2248432793530.1645595595990.2834945335990.01662818739610.03268950254310.35848610378-0.02059874106870.25672487985115.8863557533.2611383019-37.1032271157
45.21042246775-4.492781257190.7692535375259.36673456371-1.66420166912.787853177850.3695220191260.5264512952160.190084570872-1.16112309196-0.285276242496-0.140886574430.001714044529140.738856673053-0.04376564109870.473364604411-0.0671908755220.02880373799940.680011178937-0.08207944910980.35071086056614.733177212127.6395301748-55.7846262173
52.095670308960.2774769654112.333353750662.35932074795-1.226025593893.85309630203-0.1757854456890.187311255599-0.584944185497-0.1027747402550.0420454937144-0.3213513514040.002701019117640.2106564828920.1070205506180.3680287441850.0513679407357-0.003988382505650.451631929511-0.09438420335470.30840403656718.649766187622.9051334119-45.3977010513
64.717502348940.33957258433.829513887336.42956143758-2.194368858914.111226704380.118977451162-0.194109574584-1.30843924806-0.44947749920.13667375387-0.1278404643150.4650017522310.205880641019-0.2848582936590.2903282117040.0196641777391-0.0785983983830.353016725372-0.08775290546740.31183200402717.553473212321.2347518995-39.787223548
77.12713702967-2.1030206839-2.220793924558.19146912137-0.3713603588969.466803022550.1824636990420.01034783443170.2254654541520.0867664889779-0.279821599665-0.296919529773-0.02182346756490.03995213378480.006843504517960.414721182272-0.01121024765470.02750017965470.457372392436-0.006249288220630.33207910738919.898654199723.7765133649-31.2903074962
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 8 through 19 )AA8 - 191 - 12
22chain 'A' and (resid 20 through 40 )AA20 - 4013 - 33
33chain 'A' and (resid 41 through 67 )AA41 - 6734 - 60
44chain 'A' and (resid 68 through 77 )AA68 - 7761 - 70
55chain 'A' and (resid 78 through 92 )AA78 - 9271 - 85
66chain 'A' and (resid 93 through 103 )AA93 - 10386 - 96
77chain 'A' and (resid 104 through 115 )AA104 - 11597 - 108
88chain 'B' and (resid 9 through 28 )BB9 - 281 - 20
99chain 'B' and (resid 29 through 38 )BB29 - 3821 - 30
1010chain 'B' and (resid 39 through 84 )BB39 - 8431 - 76
1111chain 'B' and (resid 85 through 102 )BB85 - 10277 - 94
1212chain 'B' and (resid 103 through 138 )BB103 - 13895 - 130
1313chain 'C' and (resid 3 through 15 )CD3 - 151 - 13
1414chain 'C' and (resid 16 through 27 )CD16 - 2714 - 25
1515chain 'C' and (resid 28 through 38 )CD28 - 3826 - 36
1616chain 'C' and (resid 39 through 69 )CD39 - 6937 - 67
1717chain 'C' and (resid 70 through 119 )CD70 - 11968 - 117
1818chain 'C' and (resid 120 through 136 )CD120 - 136118 - 134
1919chain 'D' and (resid 8 through 19 )DE8 - 191 - 12
2020chain 'D' and (resid 20 through 40 )DE20 - 4013 - 33
2121chain 'D' and (resid 41 through 72 )DE41 - 7234 - 65
2222chain 'D' and (resid 73 through 92 )DE73 - 9266 - 85
2323chain 'D' and (resid 93 through 103 )DE93 - 10386 - 96
2424chain 'D' and (resid 104 through 115 )DE104 - 11597 - 108
2525chain 'E' and (resid 10 through 28 )EF10 - 281 - 19
2626chain 'E' and (resid 29 through 38 )EF29 - 3820 - 29
2727chain 'E' and (resid 39 through 67 )EF39 - 6730 - 58
2828chain 'E' and (resid 68 through 102 )EF68 - 10259 - 93
2929chain 'E' and (resid 103 through 121 )EF103 - 12194 - 112
3030chain 'E' and (resid 122 through 140 )EF122 - 140113 - 131
3131chain 'F' and (resid 3 through 15 )FH3 - 151 - 13
3232chain 'F' and (resid 16 through 38 )FH16 - 3814 - 36
3333chain 'F' and (resid 39 through 69 )FH39 - 6937 - 67
3434chain 'F' and (resid 70 through 92 )FH70 - 9268 - 90
3535chain 'F' and (resid 93 through 107 )FH93 - 10791 - 105
3636chain 'F' and (resid 108 through 119 )FH108 - 119106 - 117
3737chain 'F' and (resid 120 through 134 )FH120 - 134118 - 132
3838chain 'F' and (resid 135 through 141 )FH135 - 141133 - 139

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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