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Yorodumi- PDB-9gco: Xenorhabdus bovienii Thioredoxin complex with Rhs toxin TreX and ... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 9gco | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Xenorhabdus bovienii Thioredoxin complex with Rhs toxin TreX and immunity protein TriX | ||||||
Components |
| ||||||
Keywords | TOXIN / ADP-ribosyltransferase / thioredoxin | ||||||
| Function / homology | Function and homology information | ||||||
| Biological species | Xenorhabdus bovienii SS-2004 (bacteria) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2 Å | ||||||
Authors | Jurenas, D. / Terradot, L. | ||||||
| Funding support | Belgium, 1items
| ||||||
Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2024Title: Thioredoxin 1 moonlights as a chaperone for an interbacterial ADP-ribosyltransferase toxin. Authors: Dumont, B. / Terradot, L. / Cascales, E. / Van Melderen, L. / Jurenas, D. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 9gco.cif.gz | 535.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb9gco.ent.gz | 370.4 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 9gco.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 9gco_validation.pdf.gz | 475.2 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 9gco_full_validation.pdf.gz | 478.5 KB | Display | |
| Data in XML | 9gco_validation.xml.gz | 34.2 KB | Display | |
| Data in CIF | 9gco_validation.cif.gz | 44.7 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gc/9gco ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gc/9gco | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 8s2mC ![]() 8s2nC C: citing same article ( |
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| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| Components on special symmetry positions |
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| Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS ensembles :
NCS oper:
|
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Components
-Protein , 3 types, 6 molecules ADBECF
| #1: Protein | Mass: 12603.529 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Xenorhabdus bovienii SS-2004 (bacteria)Gene: trxA, XBJ1_4182 / Production host: ![]() #2: Protein | Mass: 15317.222 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Xenorhabdus bovienii SS-2004 (bacteria)Gene: XBJ1_1305 / Production host: ![]() #3: Protein | Mass: 16638.732 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Xenorhabdus bovienii SS-2004 (bacteria)Gene: XBJ1_1304 / Production host: ![]() |
|---|
-Non-polymers , 3 types, 206 molecules 




| #4: Chemical | ChemComp-CA / #5: Chemical | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Details
| Has ligand of interest | N |
|---|---|
| Has protein modification | N |
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.3 Å3/Da / Density % sol: 46.59 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.2 M Calcium chloride dihydrate, 0.1 M Tris-HCl pH 8.0, 44 % v/v PEG 400 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SOLEIL / Beamline: PROXIMA 2 / Wavelength: 0.97856 Å |
| Detector | Type: DECTRIS EIGER X 9M / Detector: PIXEL / Date: Mar 19, 2022 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.97856 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 1.94→48.92 Å / Num. obs: 61176 / % possible obs: 99.5 % / Redundancy: 13.3 % / Biso Wilson estimate: 34.21 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.111 / Rpim(I) all: 0.032 / Χ2: 0.92 / Net I/σ(I): 14.5 |
| Reflection shell | Resolution: 1.94→1.99 Å / Redundancy: 12.1 % / Rmerge(I) obs: 1.544 / Num. unique obs: 4167 / CC1/2: 0.636 / Rpim(I) all: 0.449 / Χ2: 0.8 |
-
Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2→48.92 Å / SU ML: 0.2046 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 25.28 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 43.89 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2→48.92 Å
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| Refine LS restraints |
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| Refine LS restraints NCS |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Xenorhabdus bovienii SS-2004 (bacteria)
X-RAY DIFFRACTION
Belgium, 1items
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