PDB-9gcj: The crystal structure of beta-glucosidase from the thermophilic b...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9gcj

タイトル

The crystal structure of beta-glucosidase from the thermophilic bacterium Caldicellulosiruptor saccharolyticus in complex with beta-D-glucose determined at 1.95 A resolution

要素

beta-glucosidase

キーワード

HYDROLASE / Biocatalysis / beta-glucosidase / Caldicellulosiruptor saccharolyticus

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-glucosidase / beta-glucosidase activity / cellulose catabolic process / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Caldicellulosiruptor saccharolyticus DSM 8903 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Chrysina, E.D. / Sotiropoulou, A.I.

資金援助

European Union, 4件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2024
タイトル: Structural studies of beta-glucosidase from the thermophilic bacterium Caldicellulosiruptor saccharolyticus.
著者: Sotiropoulou, A.I. / Hatzinikolaou, D.G. / Chrysina, E.D.

履歴

登録	2024年8月1日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年10月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9gcj.cif.gz	382.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9gcj.ent.gz	303.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9gcj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9gcj_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9gcj_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	9gcj_validation.xml.gz	41.7 KB	表示
CIF形式データ	9gcj_validation.cif.gz	56.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gc/9gcj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gc/9gcj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9gciC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#198 - 2016年6月 β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase) 類似性 (1) #75 - 2006年3月組織因子 (Tissue Factor) 類似性 (1) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: beta-glucosidase

B: beta-glucosidase

ヘテロ分子

109 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: beta-glucosidase

ヘテロ分子

B: beta-glucosidase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: native gel electrophoresis
109 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.161, 98.307, 81.776
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 97.632, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 AB

#1: タンパク質

beta-glucosidase

分子量: 54175.371 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The actual sequence of the enzyme is deposited with Uniprotkb with entry code: A4XIG7_CALS8 (https://www.uniprot.org/uniprotkb/A4XIG7/entry). In the present structure, a total of five (5) ...
由来: (組換発現)

Caldicellulosiruptor saccharolyticus DSM 8903 (バクテリア)
遺伝子: Csac_1089
発現宿主:

Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: A4XIG7, beta-glucosidase

#2: 糖

ChemComp-BGC / beta-D-glucopyranose / beta-D-glucose / D-glucose / glucose / β-D-グルコピラノ-ス

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₂O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

-
非ポリマー , 4種, 406分子

#3: 化合物	ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル分子量: 238.278 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₂O₆ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 402 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N
非ポリマーの詳細	Additional portions of density have been observed in the structure that could not be attributed to ...Additional portions of density have been observed in the structure that could not be attributed to any of the known molecules that were present during sample preparation, crystallisation and X-ray data collection. Non-specific binding of polyethylene glycol molecules is observed but there was not sufficient density to include all of them in the structure. These molecules have not been correlated with the functional role of the enzyme.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.18 % / 解説: Thin plates
結晶化	温度: 292.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: Co-crystals: 0.2 M magnesium chloride hexahydrate, 0.1M Bis-Tris, pH 5.5, 25% (w/v) PEG 3350 in the presence of 0.6 mM lactose

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 12M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月8日
放射	モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→98.31 Å / Num. obs: 77506 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.7 % / CC_1/2: 0.974 / R_pim(I) all: 0.095 / R_rim(I) all: 0.137 / Net I/σ(I): 8.3
反射シェル	解像度: 1.95→1.99 Å / 冗長度: 6.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 4600 / CC_1/2: 0.653 / R_pim(I) all: 0.634 / R_rim(I) all: 1.655 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
BALBES		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.95→62.615 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.951 / SU B: 4.161 / SU ML: 0.111 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.15 / ESU R Free: 0.136 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2072	3968	5.121 %
R_work	0.1713	73511	-
all	0.173	-	-
obs	-	77479	99.508 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.517 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.368 Å²	0 Å²	-2.456 Å²
2-	-	2.266 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.231 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→62.615 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7588	0	64	402	8054

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.012	7876
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	7266
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.197	1.66	10658
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.408	1.584	16735
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.339	5	911
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	6.035	5	34
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.115	10	1331
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.538	10	408
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.059	0.2	1096
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	9201
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1931
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.213	0.2	1613
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.187	0.2	6873
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.191	0.2	3885
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.075	0.2	3835
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.144	0.2	412
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.193	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.258	0.2	84
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.109	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.916	3.059	3644
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.913	3.059	3644
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.819	5.492	4552
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.818	5.492	4553
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.07	3.454	4232
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.07	3.455	4233
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.905	6.168	6105
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.905	6.168	6106
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.115	31.567	9176
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.091	31.223	9107

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.95-2.001	0.313	296	0.281	5433	0.283	5739	0.923	0.932	99.8258	0.265
2.001-2.055	0.295	303	0.254	5300	0.257	5607	0.928	0.946	99.9287	0.235
2.055-2.115	0.263	262	0.229	5098	0.231	5363	0.947	0.957	99.9441	0.211
2.115-2.18	0.223	263	0.201	5054	0.202	5319	0.962	0.967	99.9624	0.18
2.18-2.251	0.244	250	0.199	4847	0.201	5102	0.959	0.969	99.902	0.178
2.251-2.33	0.238	252	0.188	4701	0.191	4957	0.962	0.975	99.9193	0.168
2.33-2.418	0.227	247	0.175	4527	0.177	4786	0.964	0.978	99.7493	0.157
2.418-2.517	0.216	215	0.175	4375	0.177	4603	0.966	0.979	99.7176	0.16
2.517-2.628	0.211	237	0.162	4162	0.164	4416	0.971	0.983	99.615	0.149
2.628-2.756	0.205	208	0.161	3976	0.163	4222	0.971	0.984	99.1	0.151
2.756-2.905	0.202	229	0.145	3756	0.148	4025	0.972	0.987	99.0062	0.138
2.905-3.081	0.197	185	0.161	3539	0.162	3776	0.975	0.985	98.6229	0.155
3.081-3.293	0.197	188	0.164	3352	0.166	3597	0.979	0.985	98.4153	0.161
3.293-3.556	0.201	168	0.169	3168	0.17	3360	0.976	0.986	99.2857	0.172
3.556-3.894	0.175	154	0.151	2873	0.152	3057	0.985	0.989	99.0186	0.158
3.894-4.352	0.162	146	0.137	2607	0.139	2772	0.984	0.99	99.3146	0.153
4.352-5.021	0.185	132	0.136	2317	0.139	2461	0.985	0.991	99.5124	0.162
5.021-6.14	0.21	94	0.178	2015	0.18	2114	0.985	0.988	99.7635	0.203
6.14-8.641	0.193	92	0.178	1521	0.179	1620	0.98	0.986	99.5679	0.205
8.641-62.615	0.222	47	0.198	890	0.199	941	0.98	0.984	99.5749	0.334

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