PDB-9gcc: CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN CHYMASE IN COMPLEX WITH COMPOUND47

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9gcc

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN CHYMASE IN COMPLEX WITH COMPOUND47

要素

Chymase

キーワード

HYDROLASE / SERINE PROTEASE / GLYCOSYLATED / MAST CELLS / SECRETED / HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

chymase / basement membrane disassembly / cytokine precursor processing / peptide metabolic process / midbrain development / Activation of Matrix Metalloproteinases / extracellular matrix disassembly / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / angiotensin maturation / serine-type peptidase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.793 Å

データ登録者

Schaefer, M. / Fuerstner, C.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2025
タイトル: Discovery and Preclinical Characterization of Fulacimstat (BAY 1142524), a Potent and Selective Chymase Inhibitor As a New Profibrinolytic Approach for Safe Thrombus Resolution.
著者: Furstner, C. / Ackerstaff, J. / Meier, H. / Straub, A. / Mittendorf, J. / Schamberger, J. / Schafer, M. / Borngen, K. / Jorissen, H. / Zubov, D. / Zimmermann, K. / Tersteegen, A. / Geiss, V. ...

履歴

登録	2024年8月1日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年11月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年4月9日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9gcc.cif.gz	71.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9gcc.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9gcc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gc/9gcc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gc/9gcc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9gbhC 9gc1C 9gc9C 9gcdC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#237 - 2019年9月ナノディスクと高密度リポタンパク質 (Nanodiscs and HDL) 類似性 (1) #12 - 2000年12月ペプシン (Pepsin) 類似性 (1) #246 - 2020年6月 SARSコロナウイルス2 スパイク (SARS-CoV-2 Spike) 類似性 (1) #264 - 2021年12月 SARSコロナウイルス2型スパイク変異体 (SARS-CoV-2 Spike Variants) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Chymase

ヘテロ分子

26.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.150, 74.150, 49.450
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	78
Space group name H-M	P4₃

#1: タンパク質

Chymase / Alpha-chymase / Mast cell protease I

分子量: 25019.871 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CMA1, CYH, CYM
発現宿主: Insect cell expression vector pTIE1 (その他)
参照: UniProt: P23946, chymase

#2: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 化合物

ChemComp-A1IJ0 / 1-(1,3-dimethyl-2-oxidanylidene-benzimidazol-5-yl)-3-[[2-methyl-3-(trifluoromethyl)phenyl]methyl]-2,4-bis(oxidanylidene)pyrimidine-5-carboxylic acid

分子量: 488.416 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₃H₁₉F₃N₄O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#4: 化合物

ChemComp-ZN / ZINC ION

分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 265 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.86 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.02 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.01M ZnCl2, 0.1M TRIS at pH 8 and 20% PEG 6000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54187 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年1月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54187 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.79→41.14 Å / Num. obs: 25367 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 14.1 % / R_merge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 29.7
反射シェル	解像度: 1.79→1.89 Å / R_merge(I) obs: 0.28 / Mean I/σ(I) obs: 8.6 / Num. unique obs: 3649

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
iMOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.793→41.14 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.93 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.107 / ESU R Free: 0.105
詳細: Hydrogens have been used if present in the input file

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.198	1293	5.101 %
R_work	0.1639	24054	-
all	0.166	-	-
obs	-	25347	99.858 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.928 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.016 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	0.016 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.031 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.793→41.14 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1666	0	92	265	2023

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.012	1800
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.745	1.723	2434
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.736	5	209
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.235	20.833	84
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.812	15	294
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.303	15	13
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	241
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.015	0.02	1310
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.296	0.2	852
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.314	0.2	1225
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.198	0.2	193
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.092	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.278	0.2	35
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.196	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.119	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.203	2.652	854
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.93	3.968	1057
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.273	3.327	946
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.456	4.781	1377
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.799	40.388	2858

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.793-1.839	0.277	94	0.248	1758	X-RAY DIFFRACTION	98.2493
1.839-1.89	0.214	88	0.188	1702	X-RAY DIFFRACTION	100
1.89-1.944	0.196	80	0.172	1680	X-RAY DIFFRACTION	100
1.944-2.004	0.183	87	0.158	1638	X-RAY DIFFRACTION	100
2.004-2.07	0.169	81	0.16	1597	X-RAY DIFFRACTION	100
2.07-2.142	0.201	83	0.155	1506	X-RAY DIFFRACTION	100
2.142-2.223	0.191	99	0.162	1470	X-RAY DIFFRACTION	100
2.223-2.313	0.216	82	0.16	1381	X-RAY DIFFRACTION	100
2.313-2.416	0.176	76	0.149	1374	X-RAY DIFFRACTION	100
2.416-2.533	0.207	81	0.151	1290	X-RAY DIFFRACTION	100
2.533-2.67	0.187	63	0.164	1250	X-RAY DIFFRACTION	100
2.67-2.831	0.181	63	0.163	1173	X-RAY DIFFRACTION	100
2.831-3.025	0.204	56	0.171	1125	X-RAY DIFFRACTION	100
3.025-3.266	0.206	57	0.161	1028	X-RAY DIFFRACTION	100
3.266-3.576	0.212	45	0.154	955	X-RAY DIFFRACTION	100
3.576-3.994	0.156	46	0.14	873	X-RAY DIFFRACTION	100
3.994-4.605	0.149	34	0.133	776	X-RAY DIFFRACTION	100
4.605-5.622	0.21	32	0.153	653	X-RAY DIFFRACTION	100
5.622-7.878	0.256	34	0.225	514	X-RAY DIFFRACTION	100
7.878-41.14	0.308	12	0.251	311	X-RAY DIFFRACTION	99.6914

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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