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- PDB-9gc9: CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN CHYMASE IN COMPLEX WITH COMPOUND27 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9gc9
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN CHYMASE IN COMPLEX WITH COMPOUND27
要素Chymase
キーワードHYDROLASE / SERINE PROTEASE / GLYCOSYLATED / MAST CELLS / SECRETED / HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


chymase / basement membrane disassembly / cytokine precursor processing / peptide metabolic process / Activation of Matrix Metalloproteinases / midbrain development / extracellular matrix disassembly / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / angiotensin maturation / serine-type peptidase activity ...chymase / basement membrane disassembly / cytokine precursor processing / peptide metabolic process / Activation of Matrix Metalloproteinases / midbrain development / extracellular matrix disassembly / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / angiotensin maturation / serine-type peptidase activity / peptide binding / secretory granule / protein maturation / cellular response to glucose stimulus / protein catabolic process / Signaling by SCF-KIT / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / positive regulation of angiogenesis / : / regulation of inflammatory response / endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / extracellular space / extracellular region / cytosol
類似検索 - 分子機能
Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.203 Å
データ登録者Schaefer, M. / Fuerstner, C.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2025
タイトル: Discovery and Preclinical Characterization of Fulacimstat (BAY 1142524), a Potent and Selective Chymase Inhibitor As a New Profibrinolytic Approach for Safe Thrombus Resolution.
著者: Furstner, C. / Ackerstaff, J. / Meier, H. / Straub, A. / Mittendorf, J. / Schamberger, J. / Schafer, M. / Borngen, K. / Jorissen, H. / Zubov, D. / Zimmermann, K. / Tersteegen, A. / Geiss, V. ...著者: Furstner, C. / Ackerstaff, J. / Meier, H. / Straub, A. / Mittendorf, J. / Schamberger, J. / Schafer, M. / Borngen, K. / Jorissen, H. / Zubov, D. / Zimmermann, K. / Tersteegen, A. / Geiss, V. / Hartmann, E. / Albrecht-Kupper, B. / D'Orleans-Juste, P. / Lapointe, C. / Vincent, L. / Heitmeier, S. / Tinel, H.
履歴
登録2024年8月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年11月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年4月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: Chymase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,2195
ポリマ－25,0201
非ポリマー1,1994
水3,855214
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area690 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area10760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.935, 73.935, 48.909
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number78
Space group name H-MP43

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 AAA

#1: タンパク質 Chymase / Alpha-chymase / Mast cell protease I


分子量: 25019.871 Da / 分子数: 1 / 変異: F127K, V208A, R235Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CMA1, CYH, CYM
発現宿主: Insect cell expression vector pTIE1 (その他)
参照: UniProt: P23946, chymase

-
糖 , 2種, 2分子

#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 216分子

#4: 化合物 ChemComp-A1IJ3 / 3-[[2-methyl-3-(trifluoromethyl)phenyl]methyl]-2,4-bis(oxidanylidene)-1-[4-(2-oxidanylideneimidazolidin-1-yl)phenyl]pyrimidine-5-carboxylic acid


分子量: 488.416 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H19F3N4O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 214 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.96 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.01M ZnCl2, 0.1M TRIS at pH 8 and 20% PEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54187 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年5月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54187 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.18→35.72 Å / Num. obs: 50369 / % possible obs: 95.6 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.107 / Net I/σ(I): 9.3
反射 シェル解像度: 2.18→2.3 Å / Rmerge(I) obs: 0.455 / Num. unique obs: 1407 / % possible all: 70.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.203→35.716 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.256 / ESU R Free: 0.211
詳細: Hydrogens have been used if present in the input file
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2377 658 4.95 %
Rwork0.1775 12634 -
all0.18 --
obs-13292 98.139 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 49.296 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.453 Å20 Å20 Å2
2---0.453 Å20 Å2
3---0.905 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.203→35.716 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1666 0 78 214 1958
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0121788
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4571.7072419
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8555212
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.97420.83384
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.45115294
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.0671513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0660.2236
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0210.021320
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2320.2832
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3110.21194
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1720.2157
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1660.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2350.229
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2470.211
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined0.0020.22
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.4934.5857
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.5676.7471066
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.8755.144931
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.1157.5021353
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it8.11564.222754
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
2.203-2.260.299330.2877150.2889870.7730.80475.78520.279
2.26-2.3220.303560.2579230.2599790.8340.841000.244
2.322-2.3890.304510.2318790.2359300.8260.8751000.212
2.389-2.4620.233530.2288780.2299310.890.8831000.21
2.462-2.5420.311420.2188110.2238530.850.8941000.199
2.542-2.6310.292340.2028280.2058620.850.9091000.18
2.631-2.730.266430.1757830.1798260.9070.9211000.159
2.73-2.8410.21440.1827540.1847980.9310.9241000.165
2.841-2.9660.292320.177290.1757610.8970.9361000.153
2.966-3.110.238320.1597050.1627370.9050.9411000.144
3.11-3.2770.232320.1566600.166920.9360.951000.142
3.277-3.4740.186290.1566270.1586560.9550.9561000.145
3.474-3.7110.193330.1466080.1486410.9420.9631000.14
3.711-4.0050.173400.1495340.1515740.9630.9641000.142
4.005-4.3810.264210.1445160.1475370.9170.9651000.14
4.381-4.8890.243200.1434660.1464860.9380.9621000.141
4.889-5.6280.165190.1554090.1554280.9590.961000.15
5.628-6.8510.235230.1793600.1823830.9460.9611000.175
6.851-9.5150.293190.182740.1872930.9340.9641000.175
9.515-35.7160.27920.2561750.2561780.9190.9599.43820.27

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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