PDB-9gc1: CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN CHYMASE IN COMPLEX WITH COMPOUND8

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9gc1

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN CHYMASE IN COMPLEX WITH COMPOUND8

要素

Chymase

キーワード

HYDROLASE / SERINE PROTEASE / GLYCOSYLATED / MAST CELLS / SECRETED / HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

chymase / basement membrane disassembly / cytokine precursor processing / peptide metabolic process / Activation of Matrix Metalloproteinases / midbrain development / extracellular matrix disassembly / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / angiotensin maturation / serine-type peptidase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.987 Å

データ登録者

Schaefer, M. / Fuerstner, C.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2025
タイトル: Discovery and Preclinical Characterization of Fulacimstat (BAY 1142524), a Potent and Selective Chymase Inhibitor As a New Profibrinolytic Approach for Safe Thrombus Resolution.
著者: Furstner, C. / Ackerstaff, J. / Meier, H. / Straub, A. / Mittendorf, J. / Schamberger, J. / Schafer, M. / Borngen, K. / Jorissen, H. / Zubov, D. / Zimmermann, K. / Tersteegen, A. / Geiss, V. ...

履歴

登録	2024年8月1日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年11月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年4月9日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9gc1.cif.gz	69.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9gc1.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9gc1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9gc1_validation.pdf.gz	795 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9gc1_full_validation.pdf.gz	796.4 KB	表示
XML形式データ	9gc1_validation.xml.gz	15.1 KB	表示
CIF形式データ	9gc1_validation.cif.gz	20.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gc/9gc1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gc/9gc1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9gbhC 9gc9C 9gccC 9gcdC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#237 - 2019年9月ナノディスクと高密度リポタンパク質 (Nanodiscs and HDL) 類似性 (1) #12 - 2000年12月ペプシン (Pepsin) 類似性 (1) #246 - 2020年6月 SARSコロナウイルス2 スパイク (SARS-CoV-2 Spike) 類似性 (1) #264 - 2021年12月 SARSコロナウイルス2型スパイク変異体 (SARS-CoV-2 Spike Variants) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Chymase

ヘテロ分子

26.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.098, 74.098, 49.509
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	78
Space group name H-M	P4₃

-
タンパク質 , 1種, 1分子 AAA

#1: タンパク質	Chymase / Alpha-chymase / Mast cell protease I 分子量: 25019.871 Da / 分子数: 1 / 変異: F127K, V208A, R235Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CMA1, CYH, CYM 発現宿主: Insect cell expression vector pTIE1 (その他) 参照: UniProt: P23946, chymase

-
糖 , 2種, 2分子

#2: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 214分子

#4: 化合物	ChemComp-A1IJO / 1-(4-methoxyphenyl)-3-[[2-methyl-3-(trifluoromethyl)phenyl]methyl]-2,4-bis(oxidanylidene)pyrimidine-5-carboxylic acid 分子量: 434.365 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₁₇F₃N₂O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 211 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.72 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.72 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.01M ZnCl2, 0.1M TRIS at pH 8 and 20% PEG 6000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54187 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年3月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54187 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.97→29.67 Å / Num. obs: 588899 / % possible obs: 92.22 % / 冗長度: 10.31 % / R_merge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 6.1598
反射シェル	解像度: 1.97→2.08 Å / 冗長度: 8.67 % / R_merge(I) obs: 0.51 / Mean I/σ(I) obs: 1.57 / Num. unique obs: 17031 / % possible all: 71.04

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
iMOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.987→29.663 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.945 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.91 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.168 / ESU R Free: 0.151
詳細: Hydrogens have been used if present in the input file

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2143	907	5.151 %
R_work	0.174	16702	-
all	0.176	-	-
obs	-	17609	94.216 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.286 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.012 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.012 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.023 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.987→29.663 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1662	0	75	211	1948

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.012	1780
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.551	1.702	2410
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.054	5	213
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.941	20.833	84
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.624	15	290
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.784	15	13
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.074	0.2	236
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.015	0.02	1317
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.216	0.2	823
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.317	0.2	1192
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.167	0.2	157
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.062	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.215	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.191	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.047	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.894	2.4	858
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.698	3.59	1069
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.235	2.991	922
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.091	4.314	1341
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.074	35.922	2743

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.987-2.039	0.234	54	0.226	948	0.226	1360	0.915	0.919	73.6765	0.202
2.039-2.094	0.213	64	0.196	1191	0.197	1334	0.938	0.925	94.078	0.174
2.094-2.155	0.224	59	0.173	1154	0.176	1313	0.923	0.935	92.3839	0.152
2.155-2.221	0.233	62	0.189	1141	0.192	1258	0.917	0.927	95.628	0.166
2.221-2.293	0.284	66	0.187	1069	0.193	1211	0.888	0.921	93.7242	0.165
2.293-2.373	0.3	49	0.181	1067	0.186	1180	0.874	0.932	94.5763	0.157
2.373-2.462	0.182	56	0.171	1040	0.171	1149	0.947	0.948	95.3873	0.145
2.462-2.562	0.206	51	0.177	989	0.178	1090	0.934	0.941	95.4128	0.153
2.562-2.675	0.223	54	0.181	956	0.184	1049	0.933	0.932	96.2822	0.159
2.675-2.804	0.229	59	0.176	915	0.179	1008	0.914	0.94	96.627	0.15
2.804-2.954	0.21	48	0.176	877	0.178	965	0.93	0.949	95.8549	0.153
2.954-3.132	0.165	49	0.167	838	0.167	919	0.965	0.954	96.518	0.152
3.132-3.345	0.197	37	0.161	798	0.163	860	0.953	0.957	97.093	0.147
3.345-3.609	0.188	46	0.169	735	0.17	798	0.951	0.956	97.8697	0.156
3.609-3.948	0.16	38	0.157	685	0.157	737	0.964	0.963	98.1004	0.147
3.948-4.404	0.227	37	0.14	628	0.144	677	0.946	0.97	98.2275	0.132
4.404-5.067	0.12	19	0.145	573	0.144	606	0.975	0.967	97.6898	0.14
5.067-6.161	0.263	18	0.182	500	0.185	524	0.932	0.958	98.855	0.168
6.161-8.531	0.229	22	0.222	364	0.222	391	0.928	0.927	98.7212	0.203
8.531-29.663	0.354	19	0.222	234	0.232	254	0.842	0.913	99.6063	0.227

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