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- PDB-9gbm: Human Angiotensin-1 converting enzyme C-domain in complex with a ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9gbm
タイトルHuman Angiotensin-1 converting enzyme C-domain in complex with a diprolyl inhibitor- SG3
要素Angiotensin-converting enzyme
キーワードHYDROLASE / Inhibitor / complex / protease
機能・相同性
機能・相同性情報


mononuclear cell proliferation / cell proliferation in bone marrow / bradykinin receptor binding / exopeptidase activity / regulation of angiotensin metabolic process / substance P catabolic process / tripeptidyl-peptidase activity / peptidyl-dipeptidase A / regulation of renal output by angiotensin / positive regulation of peptidyl-cysteine S-nitrosylation ...mononuclear cell proliferation / cell proliferation in bone marrow / bradykinin receptor binding / exopeptidase activity / regulation of angiotensin metabolic process / substance P catabolic process / tripeptidyl-peptidase activity / peptidyl-dipeptidase A / regulation of renal output by angiotensin / positive regulation of peptidyl-cysteine S-nitrosylation / negative regulation of calcium ion import / response to laminar fluid shear stress / negative regulation of gap junction assembly / metallodipeptidase activity / hormone catabolic process / bradykinin catabolic process / cellular response to aldosterone / angiogenesis involved in coronary vascular morphogenesis / response to thyroid hormone / negative regulation of D-glucose import / vasoconstriction / regulation of smooth muscle cell migration / regulation of hematopoietic stem cell proliferation / neutrophil mediated immunity / hormone metabolic process / mitogen-activated protein kinase binding / embryo development ending in birth or egg hatching / chloride ion binding / mitogen-activated protein kinase kinase binding / arachidonate secretion / positive regulation of neurogenesis / post-transcriptional regulation of gene expression / eating behavior / heterocyclic compound binding / peptide catabolic process / lung alveolus development / heart contraction / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / positive regulation of systemic arterial blood pressure / response to dexamethasone / regulation of heart rate by cardiac conduction / regulation of systemic arterial blood pressure by renin-angiotensin / blood vessel remodeling / amyloid-beta metabolic process / hematopoietic stem cell differentiation / regulation of vasoconstriction / animal organ regeneration / peptidyl-dipeptidase activity / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / angiotensin maturation / metallocarboxypeptidase activity / positive regulation of vasoconstriction / sperm midpiece / blood vessel diameter maintenance / basal plasma membrane / kidney development / angiotensin-activated signaling pathway / female pregnancy / brush border membrane / response to nutrient levels / cellular response to glucose stimulus / regulation of synaptic plasticity / metalloendopeptidase activity / regulation of blood pressure / male gonad development / metallopeptidase activity / peptidase activity / actin binding / spermatogenesis / endopeptidase activity / response to lipopolysaccharide / response to hypoxia / lysosome / calmodulin binding / endosome / positive regulation of apoptotic process / response to xenobiotic stimulus / external side of plasma membrane / negative regulation of gene expression / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / zinc ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Peptidase M2, peptidyl-dipeptidase A / Angiotensin-converting enzyme / Peptidase family M2 domain profile. / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
: / BORIC ACID / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Angiotensin-converting enzyme
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Gregory, K.S. / Cozier, G.E. / Acharya, K.R.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/X001032/1 英国
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2025
タイトル: Molecular basis of human angiotensin-1 converting enzyme inhibition by a series of diprolyl-derived compounds.
著者: Gregory, K.S. / Cozier, G.E. / Fienberg, S. / Chibale, K. / Sturrock, E.D. / Acharya, K.R.
履歴
登録2024年7月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年3月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Angiotensin-converting enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,61510
ポリマ－68,8621
非ポリマー1,7539
水5,783321
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2250 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area22970 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)55.886, 84.131, 132.664
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Angiotensin-converting enzyme / ACE / Dipeptidyl carboxypeptidase I / Kininase II


分子量: 68861.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ACE, DCP, DCP1
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P12821, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素, peptidyl-dipeptidase A

-
糖 , 2種, 2分子

#2: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 732.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_a6-d1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE
#9: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 7種, 328分子

#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-BO3 / BORIC ACID / ほう酸


分子量: 61.833 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: BH3O3
#7: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 化合物 ChemComp-A1IJW / (2S)-1-[(2S)-2-[[(1S)-1-[(2S)-1-(4-aminophenyl)carbonylpyrrolidin-2-yl]-2-oxidanyl-2-oxidanylidene-ethyl]amino]propanoyl]pyrrolidine-2-carboxylic acid


分子量: 432.470 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N4O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 321 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.44 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 0.1 M MIB pH 4.0, 5% glycerol, and 15% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9159 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9159 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→132.66 Å / Num. obs: 50194 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.2 % / CC1/2: 0.996 / Rpim(I) all: 0.057 / Net I/σ(I): 8.5
反射 シェル解像度: 1.9→1.94 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 3201 / CC1/2: 0.579 / Rpim(I) all: 0.503

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0425精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→71.149 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / WRfactor Rfree: 0.205 / WRfactor Rwork: 0.158 / SU B: 3.808 / SU ML: 0.107 / Average fsc free: 0.961 / Average fsc work: 0.976 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.141 / ESU R Free: 0.138 / 詳細: Hydrogens have not been used
Rfactor反射数%反射
Rfree0.217 2395 4.78 %
Rwork0.1678 47711 -
all0.17 --
obs-50106 99.968 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 27.778 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.157 Å2-0 Å20 Å2
2--1.643 Å2-0 Å2
3----0.486 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→71.149 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4659 0 112 321 5092
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0124975
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.5321.8376776
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2765584
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg8.516526
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.73110810
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg15.10710241
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1550.2723
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0150.023909
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2220.22529
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3220.23458
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1670.2362
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2040.256
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2410.27
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.0672.4422321
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.8924.3662910
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.4482.9022654
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.7965.13866
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it8.17228.7868071
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
1.9-1.9490.2811750.2534900.25136660.9330.9599.97270.248
1.949-2.0030.2941610.24134040.24335680.930.95599.91590.237
2.003-2.0610.2461620.2233010.22134660.9590.96499.91340.211
2.061-2.1240.2281530.1931860.19233390.9620.9751000.18
2.124-2.1940.2851530.19531280.19932810.9520.9731000.182
2.194-2.2710.2921620.18629840.19131480.9460.97599.93650.172
2.271-2.3560.241430.16829190.17230630.9660.98199.96740.154
2.356-2.4520.2541180.16628360.16929540.9550.9821000.151
2.452-2.5610.2181550.17326740.17628310.9710.98199.92940.158
2.561-2.6860.2921340.1725830.17527180.9530.98299.96320.156
2.686-2.8310.2261230.16924560.17125790.9680.9831000.155
2.831-3.0030.2041290.15823190.1624480.9750.9841000.148
3.003-3.210.2071110.16822030.1723140.9710.9821000.159
3.21-3.4660.22980.17120640.17321640.9730.98199.90760.163
3.466-3.7960.205840.1519150.15219990.9750.9871000.146
3.796-4.2430.161960.12817260.1318230.9840.99199.94510.128
4.243-4.8960.161770.1315300.13216070.9850.991000.133
4.896-5.9890.179770.1513150.15113920.980.9871000.152
5.989-8.440.173570.15710440.15811010.9850.9861000.161
8.44-71.1490.177270.1736340.1746610.9790.981000.186

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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