PDB-9gbh: CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN CHYMASE IN COMPLEX WITH COMPOUND1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9gbh

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN CHYMASE IN COMPLEX WITH COMPOUND1

要素

Chymase

キーワード

HYDROLASE / SERINE PROTEASE / GLYCOSYLATED / MAST CELLS / SECRETED / HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

chymase / basement membrane disassembly / cytokine precursor processing / peptide metabolic process / midbrain development / Activation of Matrix Metalloproteinases / extracellular matrix disassembly / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / angiotensin maturation / serine-type peptidase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.375 Å

データ登録者

Schaefer, M. / Fuerstner, C. / Ackerstaff, J. / Meier, H. / Straub, A. / Mittendorf, J. / Schamberger, J. / Boerngen, K. / Joerissen, H. / Zubow, D. ...

資金援助

1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2025
タイトル: Discovery and Preclinical Characterization of Fulacimstat (BAY 1142524), a Potent and Selective Chymase Inhibitor As a New Profibrinolytic Approach for Safe Thrombus Resolution.
著者: Furstner, C. / Ackerstaff, J. / Meier, H. / Straub, A. / Mittendorf, J. / Schamberger, J. / Schafer, M. / Borngen, K. / Jorissen, H. / Zubov, D. / Zimmermann, K. / Tersteegen, A. / Geiss, V. ...

履歴

登録	2024年7月31日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年11月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年4月9日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9gbh.cif.gz	67.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9gbh.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9gbh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gb/9gbh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gb/9gbh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9gc1C 9gc9C 9gccC 9gcdC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#237 - 2019年9月ナノディスクと高密度リポタンパク質 (Nanodiscs and HDL) 類似性 (1) #12 - 2000年12月ペプシン (Pepsin) 類似性 (1) #246 - 2020年6月 SARSコロナウイルス2 スパイク (SARS-CoV-2 Spike) 類似性 (1) #264 - 2021年12月 SARSコロナウイルス2型スパイク変異体 (SARS-CoV-2 Spike Variants) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Chymase

ヘテロ分子

26.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.093, 74.093, 49.647
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	78
Space group name H-M	P4₃

#1: タンパク質

Chymase / Alpha-chymase / Mast cell protease I

分子量: 25019.871 Da / 分子数: 1 / 変異: F127K, V208A, R235Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CMA1, CYH, CYM
発現宿主: Insect cell expression vector pTIE1 (その他)
参照: UniProt: P23946, chymase

#2: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#3: 化合物

ChemComp-A1IJV / 2-(3,4-dimethoxyphenyl)-3,5-bis(oxidanylidene)-4-[[3-(trifluoromethyl)phenyl]methyl]-1,2,4-triazine-6-carboxylic acid

分子量: 451.353 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#4: 化合物

ChemComp-ZN / ZINC ION

分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 126 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.72 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.83 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.01M ZnCl2, 0.1M TRIS at pH 8 and 20% PEG 6000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54187 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年4月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54187 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.36→37.04 Å / Num. obs: 574082 / % possible obs: 97.49 % / 冗長度: 13.85 % / R_merge(I) obs: 0.113 / Net I/σ(I): 4.5929
反射シェル	解像度: 2.36→2.49 Å / R_merge(I) obs: 0.27 / Num. unique obs: 18908

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.375→37.04 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.875 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.713 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.39 / ESU R Free: 0.281
詳細: Hydrogens have been used if present in the input file

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.274	528	4.806 %
R_work	0.2021	10459	-
all	0.206	-	-
obs	-	10987	99.592 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 43.315 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.253 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.253 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.506 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.375→37.04 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1666	0	75	126	1867

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.012	1795
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.584	1.701	2426
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.493	5	215
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.857	20.833	84
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.019	15	300
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.857	15	13
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.072	0.2	238
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.014	0.02	1317
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.276	0.2	734
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.312	0.2	1197
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.18	0.2	108
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.119	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.231	0.2	27
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.128	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.074	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.03	3.993	860
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.178	5.983	1069
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.151	4.56	935
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.316	6.632	1355
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.466	55.28	2630

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.375-2.437	0.316	32	0.179	763	X-RAY DIFFRACTION	97.786
2.437-2.503	0.308	26	0.17	743	X-RAY DIFFRACTION	99.354
2.503-2.575	0.248	40	0.178	730	X-RAY DIFFRACTION	100
2.575-2.654	0.318	46	0.18	687	X-RAY DIFFRACTION	99.7279
2.654-2.741	0.295	34	0.184	682	X-RAY DIFFRACTION	100
2.741-2.836	0.248	33	0.165	666	X-RAY DIFFRACTION	99.8571
2.836-2.943	0.236	35	0.167	641	X-RAY DIFFRACTION	100
2.943-3.062	0.272	31	0.167	618	X-RAY DIFFRACTION	100
3.062-3.197	0.342	26	0.173	598	X-RAY DIFFRACTION	99.84
3.197-3.352	0.264	38	0.203	556	X-RAY DIFFRACTION	100
3.352-3.532	0.26	27	0.249	559	X-RAY DIFFRACTION	99.8296
3.532-3.744	0.222	23	0.292	506	X-RAY DIFFRACTION	99.8113
3.744-4	0.487	19	0.293	462	X-RAY DIFFRACTION	97.3684
4-4.316	0.247	14	0.192	463	X-RAY DIFFRACTION	100
4.316-4.722	0.258	29	0.161	406	X-RAY DIFFRACTION	100
4.722-5.268	0.165	18	0.164	388	X-RAY DIFFRACTION	100
5.268-6.063	0.252	15	0.187	334	X-RAY DIFFRACTION	100
6.063-7.376	0.176	16	0.205	289	X-RAY DIFFRACTION	100
7.376-10.231	0.283	12	0.175	231	X-RAY DIFFRACTION	100
10.231-37.04	0.183	14	0.291	137	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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