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万見
- PDB-9gao: Crystal structure of CRBNmidi in complex with 2-(4-(2,6-dioxopipe... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9gao
タイトルCrystal structure of CRBNmidi in complex with 2-(4-(2,6-dioxopiperidin-3-yl)phenoxy)-N-methylacetamide
要素Protein cereblon
キーワードLIGASE / E3 ligase / PROTAC / TPD / molecular glue / targeted protein degradation
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of monoatomic ion transmembrane transport / Cul4A-RING E3 ubiquitin ligase complex / locomotory exploration behavior / positive regulation of Wnt signaling pathway / negative regulation of protein-containing complex assembly / positive regulation of protein-containing complex assembly / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / transmembrane transporter binding / Potential therapeutics for SARS / protein ubiquitination ...negative regulation of monoatomic ion transmembrane transport / Cul4A-RING E3 ubiquitin ligase complex / locomotory exploration behavior / positive regulation of Wnt signaling pathway / negative regulation of protein-containing complex assembly / positive regulation of protein-containing complex assembly / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / transmembrane transporter binding / Potential therapeutics for SARS / protein ubiquitination / perinuclear region of cytoplasm / membrane / nucleus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Yippee/Mis18/Cereblon / Yippee zinc-binding/DNA-binding /Mis18, centromere assembly / CULT domain / CULT domain profile. / Lon protease, N-terminal domain superfamily / Lon N-terminal domain profile. / Lon protease, N-terminal domain / ATP-dependent protease La (LON) substrate-binding domain / Found in ATP-dependent protease La (LON) / PUA-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Protein cereblon
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Rutter, Z.J. / Kroupova, A. / Zollman, D. / Ciulli, A.
資金援助1件
組織認可番号国
Other private
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Design of a Cereblon construct for crystallographic and biophysical studies of protein degraders
著者: Rutter, Z.J. / Kroupova, A. / Zollman, D. / Ciulli, A.
履歴
登録2024年7月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein cereblon
C: Protein cereblon
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,6416
ポリマ－74,9582
非ポリマー6834
水1,928107
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3310 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area26000 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)53.507, 94.862, 147.952
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Protein cereblon


分子量: 37478.805 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CRBN, AD-006 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q96SW2
#2: 化合物 ChemComp-A1IJM / 2-[4-[(3~{R})-2,6-bis(oxidanylidene)piperidin-3-yl]phenoxy]-~{N}-methyl-ethanamide


分子量: 276.288 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H16N2O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 107 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.89 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 100 mM Buffer system I (Molecular Dimensions), 15.45% v/v Precipitant mix 2 (MD), 180 mM Monosaccharides (MD)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年6月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.948→79.857 Å / Num. obs: 55330 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 12.7 % / Biso Wilson estimate: 38.81 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.144 / Net I/σ(I): 9.7
反射 シェル解像度: 1.948→1.982 Å / Num. unique obs: 2794 / CC1/2: 0.293

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2-4158-000精密化
autoPROCデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.95→73.98 Å / SU ML: 0.3243 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 35.401
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2863 2694 4.98 %
Rwork0.252 51438 -
obs0.2537 54132 96.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 49.21 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→73.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4935 0 42 107 5084
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00345083
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.69836912
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0468792
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0057887
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.9621689
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.95-1.980.4161130.42072034X-RAY DIFFRACTION73.33
1.98-2.020.43431290.39612717X-RAY DIFFRACTION98.72
2.02-2.060.43191570.37262664X-RAY DIFFRACTION97.21
2.06-2.110.37651190.35652559X-RAY DIFFRACTION92.89
2.11-2.160.34281380.31682759X-RAY DIFFRACTION99.83
2.16-2.210.34341420.30172777X-RAY DIFFRACTION99.93
2.21-2.270.34221360.30242757X-RAY DIFFRACTION99.28
2.27-2.340.31881580.29882738X-RAY DIFFRACTION99.76
2.34-2.410.31111510.27992767X-RAY DIFFRACTION99.79
2.41-2.50.31591390.27552746X-RAY DIFFRACTION99.79
2.5-2.60.34551380.28842799X-RAY DIFFRACTION99.9
2.6-2.720.35581300.29122674X-RAY DIFFRACTION95.8
2.72-2.860.28611410.27042818X-RAY DIFFRACTION99.93
2.86-3.040.31321530.28392781X-RAY DIFFRACTION99.97
3.04-3.280.31331580.28082783X-RAY DIFFRACTION99.97
3.28-3.610.28991460.25012695X-RAY DIFFRACTION95.43
3.61-4.130.28011290.2252527X-RAY DIFFRACTION88.74
4.13-5.20.21211520.18712858X-RAY DIFFRACTION99.93
5.2-73.980.23881650.20672985X-RAY DIFFRACTION99.15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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