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- PDB-9gag: Human PEX5 TPR domain in complex with PEX14 KIPSWQIPV peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9gag
タイトルHuman PEX5 TPR domain in complex with PEX14 KIPSWQIPV peptide
要素
  • Peroxisomal membrane protein PEX14
  • Peroxisomal targeting signal 1 receptor
キーワードPROTEIN TRANSPORT / Complex / PEX5 / PEX14 / Peroxisome / Import
機能・相同性
機能・相同性情報


peroxisome transport along microtubule / protein import into peroxisome matrix, substrate release / peroxisome targeting sequence binding / protein import into peroxisome matrix, translocation / peroxisome membrane targeting sequence binding / protein import into peroxisome membrane / protein targeting to peroxisome / peroxisomal importomer complex / peroxisome matrix targeting signal-1 binding / microtubule anchoring ...peroxisome transport along microtubule / protein import into peroxisome matrix, substrate release / peroxisome targeting sequence binding / protein import into peroxisome matrix, translocation / peroxisome membrane targeting sequence binding / protein import into peroxisome membrane / protein targeting to peroxisome / peroxisomal importomer complex / peroxisome matrix targeting signal-1 binding / microtubule anchoring / protein import into peroxisome matrix, receptor recycling / protein import into peroxisome matrix / protein import into peroxisome matrix, docking / protein carrier chaperone / Class I peroxisomal membrane protein import / very long-chain fatty acid metabolic process / cerebral cortex neuron differentiation / peroxisome organization / cell development / pexophagy / positive regulation of multicellular organism growth / endoplasmic reticulum organization / mitochondrial membrane organization / peroxisomal membrane / neuromuscular process / fatty acid beta-oxidation / beta-tubulin binding / cerebral cortex cell migration / peroxisomal matrix / protein transmembrane transporter activity / negative regulation of protein-containing complex assembly / Pexophagy / negative regulation of protein binding / Peroxisomal protein import / protein tetramerization / neuron migration / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / fibrillar center / small GTPase binding / cellular response to reactive oxygen species / transcription corepressor activity / peroxisome / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / protein-macromolecule adaptor activity / protein-containing complex assembly / microtubule binding / signaling receptor binding / negative regulation of DNA-templated transcription / Golgi apparatus / enzyme binding / protein-containing complex / mitochondrion / identical protein binding / membrane / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Peroxisome membrane anchor protein Pex14p, N-terminal / Peroxisomal membrane protein 14 / Pex14 N-terminal domain / PEX5/PEX5L / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat ...Peroxisome membrane anchor protein Pex14p, N-terminal / Peroxisomal membrane protein 14 / Pex14 N-terminal domain / PEX5/PEX5L / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Peroxisomal membrane protein PEX14 / Peroxisomal targeting signal 1 receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / molecular dynamics
データ登録者Emmanouilidis, L. / Gaussmann, S. / Sattler, M.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)FOR1905 ドイツ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Humain complexn PEX5 TPR domain with PEX14 KIPSWQIPV peptide
著者: Emmanouilidis, L. / Gaussmann, S. / Sattler, M.
履歴
登録2024年7月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peroxisomal targeting signal 1 receptor
B: Peroxisomal membrane protein PEX14


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,3152
ポリマ－36,3152
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: NMR Distance Restraints, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Peroxisomal targeting signal 1 receptor / PTS1 receptor / PTS1R / PTS1-BP / Peroxin-5 / Peroxisomal C-terminal targeting signal import ...PTS1 receptor / PTS1R / PTS1-BP / Peroxin-5 / Peroxisomal C-terminal targeting signal import receptor / Peroxisome receptor 1


分子量: 35246.699 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PEX5, PXR1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P50542
#2: タンパク質・ペプチド Peroxisomal membrane protein PEX14 / PTS1 receptor-docking protein / Peroxin-14 / Peroxisomal membrane anchor protein PEX14


分子量: 1068.287 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PEX14 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O75381

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
212isotropic13D 1H-13C NOESY
121isotropic22D 1H-1H NOESY
131isotropic22D 1H-1H TOCSY
141isotropic22D 1H-13C HSQC

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution11 mM PEX14 KIPSWQI, 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 93% H2O/7% D2OPEX14 KIPSWQI93% H2O/7% D2O
solution20.4 mM [U-100% 13C; U-100% 15N; U-80% 2H] human PEX5 TPR domain, 4 mM PEX14 KIPSWQI, 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 1 mM DTT, 93% H2O/7% D2OPEX5-PEX14 complex93% H2O/7% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMPEX14 KIPSWQInatural abundance1
20 mMsodium phosphatenatural abundance1
50 mMsodium chloridenatural abundance1
0.4 mMhuman PEX5 TPR domain[U-100% 13C; U-100% 15N; U-80% 2H]2
4 mMPEX14 KIPSWQInatural abundance2
20 mMsodium phosphatenatural abundance2
50 mMsodium chloridenatural abundance2
1 mMDTTnatural abundance2
試料状態
Conditions-IDイオン強度LabelpH圧 (kPa)温度 (K)
183 mMPEX14 KIPSWQI6.51 atm298 K
283 mMPEX5-PEX14 complex6.51 atm298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III9001
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III5002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin3.6Bruker Biospincollection
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRFAM-SPARKY3T. D. Goddard and D. G. Kneller, SPARKY 3, University of California, San Franciscopeak picking
CcpNmr Analysis2.4.2CCPNpeak picking
NMRFAM-SPARKYT. D. Goddard and D. G. Kneller, SPARKY 3, University of California, San Franciscochemical shift assignment
CYANA3.3Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
HADDOCK2.4Bonvinstructure calculation
HADDOCK2.4Bonvin精密化
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 4
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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