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- PDB-9ga8: The crystal structure of human Annexin A4 from crystals grown at ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ga8
タイトルThe crystal structure of human Annexin A4 from crystals grown at 4 mM Calcium
要素Annexin A4
キーワードSIGNALING PROTEIN / Calcium/phospholipid-binding protein / complex with calcium
機能・相同性
機能・相同性情報


phospholipase inhibitor activity / zymogen granule membrane / negative regulation of interleukin-8 production / calcium-dependent phospholipid binding / vesicle membrane / phosphatidylserine binding / negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / NF-kappaB binding / transcription regulator inhibitor activity / Notch signaling pathway ...phospholipase inhibitor activity / zymogen granule membrane / negative regulation of interleukin-8 production / calcium-dependent phospholipid binding / vesicle membrane / phosphatidylserine binding / negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / NF-kappaB binding / transcription regulator inhibitor activity / Notch signaling pathway / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / epithelial cell differentiation / calcium-dependent protein binding / : / nuclear membrane / calcium ion binding / negative regulation of apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / cell surface / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / extracellular exosome / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Annexin A4 / Annexin repeat, conserved site / Annexin repeat signature. / Annexin / Annexin / Annexin repeats / Annexin repeat / Annexin superfamily / Annexin repeat profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Ruggiero, A. / Barra, G. / Ghilardi, O. / Scala, M.C. / Sala, M. / Di Micco, S. / Bifulco, G. / Campiglia, P. / Vitagliano, L.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2025
タイトル: Computational, crystallographic, and biophysical characterizations provide insights into calcium and phosphate binding by human annexin A4.
著者: Di Micco, S. / Scala, M.C. / Sala, M. / Barra, G. / Ghilardi, O. / Campiglia, P. / Bifulco, G. / Vitagliano, L. / Ruggiero, A.
履歴
登録2024年7月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年6月4日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Annexin A4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,2658
ポリマ－36,7611
非ポリマー5047
水3,081171
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area790 Å2
ΔGint-69 kcal/mol
Surface area15190 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)58.613, 39.620, 73.496
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.141, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Annexin A4 / 35-beta calcimedin / Annexin IV / Annexin-4 / Carbohydrate-binding protein p33/p41 / Chromobindin-4 ...35-beta calcimedin / Annexin IV / Annexin-4 / Carbohydrate-binding protein p33/p41 / Chromobindin-4 / Endonexin I / Lipocortin IV / P32.5 / PP4-X / Placental anticoagulant protein II / PAP-II / Protein II


分子量: 36760.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ANXA4, ANX4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P09525
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 171 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.29 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.1 M sodium acetate (pH 4.6), 0.2 M ammonium sulfate, and 25 % (v/v) PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.8856 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→73.2 Å / Num. obs: 52824 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.037 / Net I/σ(I): 11.9
反射 シェル解像度: 1.5→1.52 Å / Num. unique obs: 2410 / CC1/2: 0.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0425精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.5→58.377 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 1.715 / SU ML: 0.059 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.081 / ESU R Free: 0.077 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2158 2649 5.016 %
Rwork0.2021 50159 -
all0.203 --
obs-52808 96.398 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 21.672 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.001 Å2-0 Å2
3---0.001 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→58.377 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2499 0 23 171 2693
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0122544
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0162438
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8961.8393414
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.6821.7945606
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8485316
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg7.543524
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.73410487
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg15.09810122
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.2382
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.023014
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02592
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2410.2594
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1780.22199
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1860.21317
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0750.21390
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1310.2140
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0740.211
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2760.221
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2390.270
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.0910.26
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.072.0311267
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.0172.0331267
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.9083.6441582
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.9183.6461583
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.6512.4661277
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.5532.4311260
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.4184.3361832
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.3454.2841809
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it6.43622.0113051
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other6.3721.3993014
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5-1.5340.4631710.4933514X-RAY DIFFRACTION91.1227
1.534-1.5760.4671800.4463623X-RAY DIFFRACTION97.1144
1.576-1.6220.4792040.4213481X-RAY DIFFRACTION97.9532
1.622-1.6720.3751830.3383499X-RAY DIFFRACTION98.3703
1.672-1.7260.2951720.2793372X-RAY DIFFRACTION98.3625
1.726-1.7870.271690.2453219X-RAY DIFFRACTION98.4311
1.787-1.8540.2231460.2043164X-RAY DIFFRACTION98.4533
1.854-1.930.2151600.1913001X-RAY DIFFRACTION98.0155
1.93-2.0160.2281520.1932830X-RAY DIFFRACTION96.8496
2.016-2.1140.2211530.1882699X-RAY DIFFRACTION95.6726
2.114-2.2280.1851510.1942572X-RAY DIFFRACTION95.9817
2.228-2.3630.1871200.1732506X-RAY DIFFRACTION97.6571
2.363-2.5260.1931350.1652329X-RAY DIFFRACTION97.2376
2.526-2.7280.1661150.162143X-RAY DIFFRACTION96.8683
2.728-2.9870.21020.1791996X-RAY DIFFRACTION96.4598
2.987-3.3390.189880.171795X-RAY DIFFRACTION95.4384
3.339-3.8530.192870.1651521X-RAY DIFFRACTION92.7336
3.853-4.7140.158620.161315X-RAY DIFFRACTION92.4782
4.714-6.6450.238750.251018X-RAY DIFFRACTION92.7844
6.645-58.3770.202240.26562X-RAY DIFFRACTION86.9436

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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