PDB-9ga7: The crystal structure of human Annexin A4 derived from crystal gr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9ga7

タイトル

The crystal structure of human Annexin A4 derived from crystal grown at 4 mM CaCl2 and retro-soaking

要素

Annexin A4

キーワード

SIGNALING PROTEIN / Calcium/phospholipid-binding protein / complex with calcium (from retro-soaking)

機能・相同性

機能・相同性情報

phospholipase inhibitor activity / zymogen granule membrane / negative regulation of interleukin-8 production / calcium-dependent phospholipid binding / vesicle membrane / phosphatidylserine binding / negative regulation of NF-kappaB transcription factor activity / NF-kappaB binding / Notch signaling pathway / epithelial cell differentiation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.446 Å

データ登録者

Vitagliano, L. / Barra, G. / Ghilardi, O. / Di Micco, S. / Scala, M.C. / Sala, M. / Campiglia, P. / Bifulco, G. / Ruggiero, A.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2025
タイトル: Computational, crystallographic, and biophysical characterizations provide insights into calcium and phosphate binding by human annexin A4.
著者: Di Micco, S. / Scala, M.C. / Sala, M. / Barra, G. / Ghilardi, O. / Campiglia, P. / Bifulco, G. / Vitagliano, L. / Ruggiero, A.

履歴

登録	2024年7月26日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年6月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9ga7.cif.gz	83 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9ga7.ent.gz	58.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9ga7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ga/9ga7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ga/9ga7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9ga6C 9ga8C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.15151/ESRF-ES-771453717 / データの種類: diffraction image data

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Annexin A4

ヘテロ分子

37.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.384, 39.926, 65.904
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 99.094, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Annexin A4 / 35-beta calcimedin / Annexin IV / Annexin-4 / Carbohydrate-binding protein p33/p41 / Chromobindin-4 ...35-beta calcimedin / Annexin IV / Annexin-4 / Carbohydrate-binding protein p33/p41 / Chromobindin-4 / Endonexin I / Lipocortin IV / P32.5 / PP4-X / Placental anticoagulant protein II / PAP-II / Protein II 分子量: 36760.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ANXA4, ANX4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P09525
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 171 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.39 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.1 M sodium acetate (pH 4.6), 0.2 M ammonium sulfate, and 25 % (v/v) PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.99 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2002年7月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.99 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.4→65.1 Å / Num. obs: 51347 / % possible obs: 95.3 % / 冗長度: 2.5 % / R_merge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 8.9
反射シェル	解像度: 1.45→1.47 Å / R_merge(I) obs: 0.495 / Num. unique obs: 2372

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.446→65.076 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.962 / SU B: 1.602 / SU ML: 0.058 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.074 / ESU R Free: 0.073 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2086	2538	4.944 %
R_work	0.1863	48798	-
all	0.187	-	-
obs	-	51336	95.077 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.001 Å²	-0 Å²	0.001 Å²
2-	-	-0 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.001 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.446→65.076 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2479	0	21	171	2671

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.012	2524
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2427
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.787	1.841	3387
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.613	1.793	5579
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.859	5	313
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	9.035	5	24
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.807	10	485
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.599	10	120
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.084	0.2	380
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	2985
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	589
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.25	0.2	543
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.182	0.2	2169
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.183	0.2	1280
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.074	0.2	1345
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.247	0.2	113
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.013	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.144	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.23	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.176	0.2	65
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.198	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.025	1.852	1255
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.005	1.85	1254
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.25	3.327	1567
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.251	3.327	1568
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.398	2.305	1269
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.363	2.269	1254
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.261	4.048	1820
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.219	3.98	1797
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.794	21.837	2934
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.734	21.375	2911

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.446-1.484	0.363	187	0.331	3479	0.333	3989	0.9	0.915	91.9027	0.297
1.484-1.524	0.298	190	0.296	3590	0.296	3856	0.933	0.934	98.029	0.254
1.524-1.568	0.31	181	0.278	3477	0.28	3759	0.934	0.944	97.3131	0.238
1.568-1.617	0.296	184	0.251	3350	0.253	3634	0.95	0.956	97.2482	0.21
1.617-1.67	0.236	172	0.24	3288	0.24	3571	0.962	0.96	96.8916	0.194
1.67-1.728	0.265	184	0.217	3120	0.219	3409	0.956	0.969	96.9199	0.183
1.728-1.793	0.255	146	0.201	3061	0.204	3303	0.963	0.973	97.0936	0.171
1.793-1.866	0.208	131	0.19	2930	0.191	3172	0.969	0.977	96.5006	0.167
1.866-1.949	0.209	152	0.183	2813	0.184	3060	0.974	0.98	96.8954	0.165
1.949-2.044	0.22	150	0.167	2652	0.17	2919	0.97	0.984	95.9918	0.153
2.044-2.155	0.188	130	0.168	2573	0.169	2805	0.979	0.985	96.3636	0.161
2.155-2.285	0.175	139	0.161	2387	0.162	2639	0.981	0.986	95.7181	0.156
2.285-2.443	0.17	106	0.156	2241	0.157	2476	0.983	0.986	94.79	0.157
2.443-2.639	0.19	108	0.156	2069	0.158	2334	0.977	0.986	93.2733	0.162
2.639-2.89	0.194	84	0.174	1884	0.175	2126	0.978	0.981	92.5682	0.186
2.89-3.23	0.214	90	0.176	1696	0.178	1946	0.976	0.981	91.778	0.193
3.23-3.728	0.193	70	0.169	1480	0.17	1720	0.978	0.983	90.1163	0.192
3.728-4.563	0.15	70	0.151	1220	0.151	1455	0.988	0.987	88.6598	0.181
4.563-6.437	0.221	42	0.205	955	0.205	1161	0.983	0.985	85.8742	0.251
6.437-65.076	0.244	22	0.22	533	0.221	660	0.97	0.97	84.0909	0.294

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関連情報:EMDBヘッダ

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