PDB-9ga6: The crystal structure of human Annexin A4 derived from crystals g...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9ga6

タイトル

The crystal structure of human Annexin A4 derived from crystals grown in 40 mM of CaCl2

要素

Annexin A4

キーワード

SIGNALING PROTEIN / Calcium/phospholipid-binding protein / complex with calcium

機能・相同性

機能・相同性情報

phospholipase inhibitor activity / zymogen granule membrane / negative regulation of interleukin-8 production / calcium-dependent phospholipid binding / vesicle membrane / phosphatidylserine binding / negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / NF-kappaB binding / transcription regulator inhibitor activity / Notch signaling pathway ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.27 Å

データ登録者

Vitagliano, L. / Barra, G. / Ghilardi, O. / Di Micco, S. / Bifulco, G. / Campiglia, P. / Sala, M. / Scala, M.C. / Ruggiero, A.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2025
タイトル: Computational, crystallographic, and biophysical characterizations provide insights into calcium and phosphate binding by human annexin A4.
著者: Di Micco, S. / Scala, M.C. / Sala, M. / Barra, G. / Ghilardi, O. / Campiglia, P. / Bifulco, G. / Vitagliano, L. / Ruggiero, A.

履歴

登録	2024年7月26日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年6月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9ga6.cif.gz	88.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9ga6.ent.gz	62 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9ga6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9ga6_validation.pdf.gz	5.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9ga6_full_validation.pdf.gz	5.1 MB	表示
XML形式データ	9ga6_validation.xml.gz	19 KB	表示
CIF形式データ	9ga6_validation.cif.gz	27.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ga/9ga6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ga/9ga6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9ga7C 9ga8C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.15151/ESRF-ES-771453717 / データの種類: diffraction image data

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Annexin A4

ヘテロ分子

37.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, Gel filtration coupled with LS (SEC-LS)

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.742, 39.906, 73.456
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 93.910, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Annexin A4 / 35-beta calcimedin / Annexin IV / Annexin-4 / Carbohydrate-binding protein p33/p41 / Chromobindin-4 ...35-beta calcimedin / Annexin IV / Annexin-4 / Carbohydrate-binding protein p33/p41 / Chromobindin-4 / Endonexin I / Lipocortin IV / P32.5 / PP4-X / Placental anticoagulant protein II / PAP-II / Protein II 分子量: 36760.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ANXA4, ANX4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P09525
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 285 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.36 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1 M sodium acetate (pH 4.6), 0.2 M ammonium sulfate, and 25 % (v/v) PEG 4000.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.991874 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年7月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.991874 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.27→58.6 Å / Num. obs: 86437 / % possible obs: 95.8 % / 冗長度: 2.2 % / R_merge(I) obs: 0.059 / R_pim(I) all: 0.059 / R_rim(I) all: 0.089 / Net I/σ(I): 7.8
反射シェル	解像度: 1.27→1.29 Å / R_merge(I) obs: 0.6 / Num. unique obs: 4117 / % possible all: 91.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.27→58.6 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.963 / SU B: 0.825 / SU ML: 0.034 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.046 / ESU R Free: 0.046 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1891	4312	4.99 %
R_work	0.1739	82107	-
all	0.175	-	-
obs	-	86419	95.599 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 11.972 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.002 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.002 Å²	0 Å²
3-	-	-	0 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.27→58.6 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2499	0	51	285	2835

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.012	2592
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2477
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.896	1.835	3482
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.666	1.791	5706
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.039	5	326
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	7.84	5	24
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.381	10	494
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.851	10	122
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.093	0.2	392
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	3056
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	598
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.255	0.2	557
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.171	0.2	2152
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.185	0.2	1315
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.072	0.2	1405
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.124	0.2	168
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.055	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.313	0.2	27
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.301	0.2	95
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.213	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.1	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.285	1.078	1280
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.252	1.079	1280
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.868	1.938	1602
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.877	1.94	1603
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.92	1.398	1312
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.774	1.371	1289
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.018	2.424	1876
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.974	2.374	1841
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.391	14.414	3086
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.355	12.646	3018

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.27-1.301	0.324	325	0.299	5859	X-RAY DIFFRACTION	93.4139
1.301-1.336	0.312	319	0.294	5867	X-RAY DIFFRACTION	95.0376
1.336-1.375	0.269	288	0.268	5644	X-RAY DIFFRACTION	94.3684
1.375-1.417	0.244	282	0.244	5696	X-RAY DIFFRACTION	97.5841
1.417-1.464	0.225	233	0.216	5568	X-RAY DIFFRACTION	98.3054
1.464-1.515	0.186	267	0.181	5383	X-RAY DIFFRACTION	98.1584
1.515-1.572	0.201	324	0.171	5131	X-RAY DIFFRACTION	98.0762
1.572-1.636	0.183	289	0.164	4668	X-RAY DIFFRACTION	93.0717
1.636-1.709	0.161	253	0.154	4741	X-RAY DIFFRACTION	97.5391
1.709-1.792	0.167	248	0.156	4546	X-RAY DIFFRACTION	97.6574
1.792-1.889	0.173	180	0.153	4342	X-RAY DIFFRACTION	97.2892
1.889-2.004	0.178	193	0.155	4099	X-RAY DIFFRACTION	96.9286
2.004-2.142	0.182	225	0.153	3793	X-RAY DIFFRACTION	96.7261
2.142-2.313	0.165	165	0.144	3468	X-RAY DIFFRACTION	93.2974
2.313-2.534	0.161	196	0.14	3214	X-RAY DIFFRACTION	95.092
2.534-2.832	0.189	144	0.154	2904	X-RAY DIFFRACTION	93.7558
2.832-3.269	0.186	150	0.17	2511	X-RAY DIFFRACTION	92.8148
3.269-4.001	0.134	96	0.157	2102	X-RAY DIFFRACTION	90.1189
4.001-5.645	0.17	91	0.168	1647	X-RAY DIFFRACTION	91.1379
5.645-58.6	0.286	44	0.245	924	X-RAY DIFFRACTION	87.4435

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)